美国医学文献数据库课件.ppt

1、2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室1医学文献数据库MEDLINE2012.122022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室2一、数据库概况一、数据库概况（一）编制单位：美国国立医学图书馆（一）编制单位：美国国立医学图书馆(NLM)(NLM)。（二）收录学科内容：（二）收录学科内容：n主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关文献。文献。n包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学、基础研究；临床、护理、公共卫生、卫生艺学、基础研究；临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。政策发

2、展或相关教育活动的内容。n20002000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。方面的研究内容。2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室3（三）文献来源：（三）文献来源：n7070多个国家和地区；近多个国家和地区；近56005600种生物医学期刊种生物医学期刊n美国卫生研究院文献选择技术评估委员会美国卫生研究院文献选择技术评估委员会Literature Selection Technical Review Literature Selection Te

3、chnical Review Committee(LSTRC)Committee(LSTRC)评估挑选评估挑选nNLMNLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐。和各专业协会的数据协作采集专家推荐。n近年数据涉及近年数据涉及3939种语种，回溯至种语种，回溯至19461946年的数据涉及年的数据涉及6060种语种。种语种。45%45%为美国本土出版文献，为美国本土出版文献，91%91%为英文文为英文文献，献，83%83%的文献有文摘。的文献有文摘。(根据根据20122012年数据库年数据库helphelp文文档）档）一、数据库概况一、数据库概况2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室4二、

4、二、MEDLINE的检索平台的检索平台n广域网免费平台：广域网免费平台：nNCBI-PubMed（含非（含非MEDLINE数据）数据）2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室5n校园网内可用平台（校园网内可用平台（IP控制）：控制）：nOvid SPnWeb of KnowledgenEBSCOnOCLC First Search二、二、MEDLINE的检索平台的检索平台2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室6校园网内可用平台的校园网内可用平台的Medline2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室7PubMed数据库检索数据库检索http:/www.pubmed.gov2

5、022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室8（一）开发机构：（一）开发机构：nNCBI（美国国立生物技术信息中心）（美国国立生物技术信息中心）http:/www.ncbi.nlm.nih.gov nNCBI的任务的任务:n利用计算机信息处理技术，建立分子生物学、生物化利用计算机信息处理技术，建立分子生物学、生物化学、遗传学知识的自动存储和分析系统，并开展相关学、遗传学知识的自动存储和分析系统，并开展相关先进方法的研究。先进方法的研究。n促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。的使用。n促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。促进全世

6、界范围内生物技术信息收集的合作。一、一、PubMed简介简介2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室9NCBI网站网站2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室10NCBI提供的数据库提供的数据库n检索大分子生物学数据检索大分子生物学数据n获取获取GenBank,EMBL等数据库的核酸序列；等数据库的核酸序列；n获取获取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白质序列，等蛋白质序列，从核酸序列翻译到蛋白质的序列；从核酸序列翻译到蛋白质的序列；n获取基因和染色体图谱；蛋白质三维结构数获取基因和染色体图谱；蛋白质三维结构数据及大分子模式（据及大分子模式（MMDB）等其他生物信息）

7、等其他生物信息数据库检索。数据库检索。nPubMed等文献数据。等文献数据。2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室11n广域网免费提供题录和文摘广域网免费提供题录和文摘n提供与原文的网址链接提供与原文的网址链接(部分免费获取）部分免费获取）n提供检索词智能转换匹配提供检索词智能转换匹配n界面简洁，操作简便界面简洁，操作简便(须须IE7.0IE7.0以上版本以上版本)（二）（二）PubMed的特点的特点2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室12nMEDLINE Indexed1966 to prensent的的MEDLINE已标引数据，已标引数据，有有MeSH字段和摘要，每条记录

8、标有：字段和摘要，每条记录标有：PubMed-indexed for MEDLINE nOldMEDLINE1946-1965年间的年间的MEDLINE数据，无数据，无MeSH字段和摘要，每条记录标有：字段和摘要，每条记录标有：PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966（三）（三）PubMed收录数据收录数据2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室13nMEDLINE Inprocess最新的最新的MEDLINE处理中数据，未标引，无处理中数据，未标引，无MeSH字字段。每条记录标有：段。每条记录标有：PubMed-in process。nPublisher-Suppli

9、ed出版商提供的电子文献题录，每条记录标有出版商提供的电子文献题录，每条记录标有:PubMed-as supplied by publisher，分为两类：，分为两类：n MEDLINE 收录，逐步转为收录，逐步转为In Process,Indexed状态。状态。n Not MEDLINE：PubMed 收录，收录，MEDLINE不收录，不收录，一直标注一直标注PubMed-as supplied by publisher或或PubMed（三）（三）PubMed收录数据收录数据PubMed记录状态子集PubMed记录状态子集2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室16二、二、PubMed

10、的检索功能的检索功能基本检索输入框基本检索输入框检索限制检索限制高级检索高级检索检索指南检索指南检索工具：检索工具：特定文献检索特定文献检索临床查询临床查询专题查询专题查询其他资源：其他资源：规范词数据库规范词数据库期刊数据库期刊数据库临床试验等临床试验等个人空间个人空间2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室17n检索栏可输入检索栏可输入一一个或多个检索词（系统默认空格个或多个检索词（系统默认空格为为AND检索）检索）如：如：aloe psoriasis（芦荟治疗银屑病的文献）（芦荟治疗银屑病的文献）三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则多个检索词输入多个检索词输入2022-7

11、-25复旦大学图书馆文献检索教研室18n检索栏可输入布尔逻辑运算式：（运算符须大写）检索栏可输入布尔逻辑运算式：（运算符须大写）如：如：asthma AND(therapy OR treatment)n字段限定符：字段限定符：，空格按词组匹配，空格按词组匹配如：如：aloe AND psoriasisti如：如：Stem cell transplantationti三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室19逻辑运算式输入：逻辑运算式输入：aloe AND psoriasisti银屑病出现在篇名中银屑病出现在篇名中2022-7-25复旦大学图

12、书馆文献检索教研室20字段限定字段限定 stem cell transplantationti2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室21n著者检索：姓全称在前，名首字母在后，著者检索：姓全称在前，名首字母在后，au。如如:smith abau “paulsen e”au三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则逻辑运算式输入：逻辑运算式输入：Paulsen E撰写的芦荟撰写的芦荟治疗银屑病的文章治疗银屑病的文章2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室22n刊名检索：全称或刊名检索：全称或MEDLINE认可的标准缩写认可的标准缩写,so如：如：Journal of invest

13、igative dermatologyso J invest dermatolso三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则输入刊名检索发表在该刊上输入刊名检索发表在该刊上的文献（限定出处字段的文献（限定出处字段SO）2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室23PubMed记录字段说明记录字段说明文摘文摘第一著者单位地址第一著者单位地址出版商提供文献识别号出版商提供文献识别号著者群著者群版权说明版权说明参考评论文献参考评论文献合著者合著者文献参考评论文献参考评论定稿版定稿版校样版校样版输入日期输入日期输入完成日期输入完成日期电子出版日期电子出版日期2022-7-25复旦大学图书馆文献

14、检索教研室24电子出版日期电子出版日期文献出版日期文献出版日期数据加入数据加入PubMed日期日期文献勘误文献勘误参考文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部著者姓名全部调研者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称作为文章主题的著者全称文献相关注释文献相关注释基金编号基金编号基因符号基因符号期编号期编号资助调研者资助调研者资助调研单位资助调研单位国际标准期刊号国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号美国立医学图书馆识别号期刊全称期刊全称2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室25最后修订日期最后修订日期规范词表词规范词表词规范词确立日期规范词确立日期系统组织的文摘系统组织的文摘版权拥有者版权拥

15、有者题录提供机构的识别号题录提供机构的识别号病史相关与原始记录病史相关与原始记录其他关键词其他关键词提供其他关键词的机构提供其他关键词的机构数据提供者机构数据提供者机构文章总页数文章总页数出版商提供数据时间出版商提供数据时间期刊出版国期刊出版国数据库文献编号数据库文献编号2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室26作为主题词的个人姓名作为主题词的个人姓名出版状态出版状态文献类型文献类型出版模式（纸张或电子）出版模式（纸张或电子）参考文献数参考文献数已撤回的文献已撤回的文献酶或化学物质代码酶或化学物质代码正在撤消中的文章正在撤消中的文章初版文献初版文献修订和再版的文章修订和再版的文章子专题

16、文档子专题文档太空署提供的数据太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号分子序列访问号原文来源原文来源引用了病例的文献内部处理代码引用了病例的文献内部处理代码标准期刊缩写标准期刊缩写文献标题文献标题翻译标题翻译标题更新文献更新文献文献正在更新文献正在更新期刊卷号期刊卷号2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室27n截词检索：截词检索：treat*可检出：可检出：treat,treated,treatment.n强迫短语检索：强迫短语检索：“”，不进行自动转换匹配，不进行自动转换匹配和扩展检索和扩展检索如：如：“acute low back pa

17、in”“ang 1”（血管紧张素（血管紧张素1缩写）检出缩写）检出1085篇篇比较：比较：ang 1 检出检出9956篇，误检多，其中有：篇，误检多，其中有：三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室282022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室29n自动转换匹配检索词：自动转换匹配检索词：对常用医学名词自动在规范词索引（主题词、对常用医学名词自动在规范词索引（主题词、副主题词、物质名称）中转换、并默认在所有记副主题词、物质名称）中转换、并默认在所有记录字段中匹配。录字段中匹配。如：如：liver cancer liver neoplasm

18、sMeSH Terms OR(liverAll Fields AND neoplasmsAll Fields)OR liver neoplasmsAll Fields OR(liverAll Fields AND cancerAll Fields)OR liver cancerAll Fields三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室30结果显示页右侧结果显示页右侧Details显示系统自动匹配转换显示系统自动匹配转换的检索词的检索词2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室31n自动转换匹配检索词：自动转换匹配检索词：如：如：hype

19、rtension therapyDetails:(hypertensionMeSH Terms OR hypertensionAll Fields)AND(therapySubheading OR therapyAll Fields OR therapeuticsMeSH Terms OR therapeuticsAll Fields)三、三、PubMed 基本检索规则基本检索规则2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室32四、四、PubMed 检索滤过检索滤过(filter)：nPubMed结果显示页结果显示页2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室33五、五、PubMed 高级

20、检索功能高级检索功能n一个网页中集多种功能于一体一个网页中集多种功能于一体基本检索基本检索检索细节检索细节检索式编制检索式编制检索历史检索历史其他检索资源其他检索资源结果预览结果预览检索框中只能输入检索词，不能输入检索式。检索框中只能输入检索词，不能输入检索式。多个字段检索要分多次输入。多个字段检索要分多次输入。检索历史中显示历次检索式、时间和检出篇数。检索历史中显示历次检索式、时间和检出篇数。可组配检索式，如：可组配检索式，如：#1 OR#2，#1 AND child 点击编号可对检索式进行删除、保存等操作。点击编号可对检索式进行删除、保存等操作。在在History中快速显示检索式与检出篇数

21、中快速显示检索式与检出篇数显示转换规范词及运算的详细过程，可确定规范词显示转换规范词及运算的详细过程，可确定规范词高级检索界面高级检索界面检索历史2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室35六、六、PubMed其他资源其他资源1.Mesh Database（规范化医学主题词表）（规范化医学主题词表）n功能：功能：n确定规范化主题词确定规范化主题词n查看主题词词义注释、树状结构表查看主题词词义注释、树状结构表n选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词n进入途径：进入途径：nMeSH Database链接：链接：PubMed主页，主页，Adva

22、nced Search界面界面nMeSH选项：基本检索框前选项：基本检索框前Search下拉菜单的下拉菜单的2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室36进入进入 MeSHMeSH 词表字顺界面词表字顺界面主题词主题词定义MeSH详细注释界面详细注释界面副主题词同义词主题词族系2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室39选钩副主题词确定副主题词之间的关系添加检索需求重要主题词确认不扩展检索确认MeSH词检索词检索n课题：果蝇的神经发育学研究课题：果蝇的神经发育学研究n关键词：关键词：Drosophila neural developmentn主题词结合自由词检索：主题词结合自由词检索

23、：2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室402022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室41主题词结合自由词检索检索结果2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室42自由词检索：Drosophila neural development genes2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室43尚未标引主题词的最新文献补充尚未标引主题词的最新文献补充2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室44点击标题显示点击标题显示文摘增强格式文摘增强格式文献归类功能文献归类功能PMC免费全文链接免费全文链接七七.显示结果显示结果2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室45文摘增强

24、格式文摘增强格式相关论文相关论文MeSH词、物质名、词、物质名、文献类型等信息文献类型等信息LinkOut外部资源链接外部资源链接全文链接，我校订购的数据库可链全文链接，我校订购的数据库可链全文，需在校园网内设免费代理全文，需在校园网内设免费代理相关的网上免费医学指南信息相关的网上免费医学指南信息全文链接，部分需连外网全文链接，部分需连外网2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室462022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室47八八.输出方式选择（输出方式选择（send to）nFile：保存检索结果为文本文件：保存检索结果为文本文件nClipboard 剪贴板，多次检索，可暂存每剪

25、贴板，多次检索，可暂存每次检索需下载的记录，最后一起保存。次检索需下载的记录，最后一起保存。最最多允许存储多允许存储500条，保留条，保留8小时。小时。nEmail:通过邮件发送通过邮件发送nCollections：将检索结果存到：将检索结果存到My NCBI中中nOrder：全文传递服务，需帐号、收费。：全文传递服务，需帐号、收费。2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室48选择文件选择文件保存格式保存格式MEDLINE格式提供格式提供所有字段信息所有字段信息2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室49虽然没有提示有全文，2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室50文摘里提

26、示有更多资源链接2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室51最终获取到全文2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室52订阅最新结果订阅最新结果点击后点点击后点“XML”按按钮钮2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室53需需IE7.0以上版本以上版本2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室54定期点击链接，接收定期点击链接，接收课题最新相关论文课题最新相关论文2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室55MeSH词检索词检索例例2：用：用MeSH检索检索2003-09年期间关于霉酚酸年期间关于霉酚酸酯在肾衰竭治疗中疗效观察的文献。酯在肾衰竭治疗中疗效观察的文献。n课

27、题分析：课题分析：n匹配物质名称：匹配物质名称：mycophenolate mofetiln匹配主题词：匹配主题词：renal failure,treatment effect（AND）n匹配副主题词：匹配副主题词：drug therapy,surgery,therapy,rehabilitation药物名称药物名称MeSH检索检索2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室57疾病概念疾病概念MeSH检索检索疗效观察疗效观察MeSH检索检索MeSH检索的优点检索的优点n查全同义词查全同义词:如：如：renal/kidney insufficiency;tongue cancer/tumor

28、n查全子概念查全子概念:如：如：acute kidney injury;ATN;chronic kidney insufficiency;查全子概念：查全子概念：自动扩展检索下位词自动扩展检索下位词勾选后不扩展勾选后不扩展下位词下位词树树形形结结构构上位词上位词MeSH检索的优点检索的优点查全同义词查全同义词2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室63MeSH检索的优点检索的优点n根据树形结构调整检索词根据树形结构调整检索词缩小：不扩展下位词，或选用某个下位词；缩小：不扩展下位词，或选用某个下位词；扩大：选用上位词，或选用多个同位词；扩大：选用上位词，或选用多个同位词；n了解同一概念的同

29、义词、近义词，供自由词检索参考了解同一概念的同义词、近义词，供自由词检索参考款目词：规范词款目词：规范词所替代的不同表所替代的不同表达形式的自由词达形式的自由词2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室64MeSH检索的优点检索的优点n提高文献相关度提高文献相关度n标有标有MeSH词的都是文章的主题，筛去非主题的文章词的都是文章的主题，筛去非主题的文章nMajor Topic Headings（加权，重点论述的主题）（加权，重点论述的主题）带带*的是文献的是文献重点论述的主题重点论述的主题2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室65MeSH检索的缺陷检索的缺陷n人工标引费时，最新论文

30、还未标人工标引费时，最新论文还未标MeSH词词（In Process），用），用MeSH会漏检。会漏检。nMedline不收录的文献，不收录的文献，Supplied by publisher的文献，不标的文献，不标MeSH词。词。n新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。如：如：SARS（03年词表中没有），舌根癌年词表中没有），舌根癌n查上述类型的文献需查上述类型的文献需结合自由词检索结合自由词检索2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室66九、九、PubMed其他资源其他资源2.Journal in NCBI Database（期刊信息库）（期

31、刊信息库）n通过输入刊名全称或缩写、通过输入刊名全称或缩写、ISSN号等浏览期刊出号等浏览期刊出版社等详细信息。版社等详细信息。n提供期刊：提供期刊：n在在PMC中的免费全文链接中的免费全文链接n在在Nucleotide，Protein，Pubmed等库中的记录链接。等库中的记录链接。n相关的其他期刊相关的其他期刊输入待检期刊名输入待检期刊名期刊详细信息期刊详细信息全文等链接全文等链接2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室68十、十、PMC(PubMed Central)n生命科学免费期刊资源中心生命科学免费期刊资源中心n免费提供免费提供900多种期刊的多种期刊的10多万篇全文多万篇全

32、文n其中部分文献被其中部分文献被PubMed涵盖涵盖2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室69进入进入PubMed Central下拉主页滚动条下拉主页滚动条至底至底2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室70PMC首页进入高级检索首页进入高级检索2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室71查找肾衰竭的药物疗法查找肾衰竭的药物疗法2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室71全文链接 GoPubmed文献分析文献分析2022-7-25复旦大学图书馆文献检索教研室73文献分析文献分析工具工具lGoPubMed是德国是德国Transinsight公司和德国德累斯公司和德国德

33、累斯顿大学合作开发，对顿大学合作开发，对PubMed检索结果进行筛选、检索结果进行筛选、分析的工具。分析的工具。l智能搜索、交互式筛选找出重要论文。智能搜索、交互式筛选找出重要论文。包括生物医学包括生物医学所有概念及其所有概念及其语义关系语义关系WWWGopubmed的统计分析功能GoPubMed可以告诉我们可以告诉我们4WWhatWhoWhere When自动显示备选主自动显示备选主题词题词鼠标移动至主题鼠标移动至主题词可显示注解、词可显示注解、同义词等同义词等最近检索最近检索历史历史四个四个“W”查看发表文献最多的作者查看发表文献最多的作者案案 例例 分分 析析v H1N1流感的研究进展

34、利用GoPubMed查找相关文献，并了解以下四个“W”：；了解涉及的文章；查找中国内地（不含省港澳）关于治疗的研究文章输入规则同输入规则同PubMed分析功能分析功能时间分析时间分析国家分析国家分析城市分析城市分析刊物分析刊物分析地区分布图地区分布图主题分析主题分析作者分析作者分析研究人员关系网研究人员关系网线条越多，线形越多，地位越重要课题发展趋势课题发展趋势高频词列表高频词列表按研究领域分类按研究领域分类What了解专家们的研究了解专家们的研究了解研究的分布了解研究的分布用稿期刊分析用稿期刊分析按时间分析按时间分析找寻最新文献，找寻最新文献，了解研究进展了解研究进展了解抗病毒药物应用于甲流

35、了解抗病毒药物应用于甲流的情况的情况Antiviral Agents 382 相关的相关的Mesh词词链接到维基百科链接到维基百科摘要摘要期刊信息期刊信息查找中国内地使用达菲查找中国内地使用达菲治疗甲流的研究文章治疗甲流的研究文章点击知识点选择框+表示逻辑与AND-表示逻辑非NOT空白表示无限制自动同步生成检索式，点击“Find it”检索即可检索结果处理显示所有记录的摘要打开结果输出菜单显示文献统计分析显示当前记录显示当前记录摘要摘要将当前记录加将当前记录加入剪贴板入剪贴板管理者模式管理者模式用户可以以管理者的角度对计算出来的相关概念进行评价。还可以进行概念检索评价的时候用鼠标点击即可评价的时候用鼠标点击即可从本记录中从本记录中计算出来的计算出来的相关概念相关概念检索结果处理显示文摘输出文件（Endnote）显示统计数据输出记录输出记录可以链接可以链接到全文到全文挑选文献并添加至剪贴板将记录从剪贴板中去除将记录从剪贴板中去除获取全文获取全文