1-刘红星-综合性血液病分子诊断体系课件.pptx

1、综合性血液病分子诊断体系综合性血液病分子诊断体系的建立和实践的建立和实践刘红星刘红星 陆道培血液陆道培血液 肿瘤中心肿瘤中心 分子诊断室分子诊断室我们一直在进步我们一直在进步n更强的团队力量更强的团队力量n更好的硬件支持更好的硬件支持n更多的新项目更多的新项目n优化的项目设置优化的项目设置血液病诊断和治疗已经进入分子生物学时代血液病诊断和治疗已经进入分子生物学时代分类标准：1985 FAB WHO 2001 20081960年 1973年 1985年 1995年 1997年 2001年 2008年 2011年 鉴定Ph染色体鉴定t(9;22)易位鉴定BCR-ABL1STI571临床试验FDA批

2、准ImatinibBCR-ABL1定量标准化会议19851988 年Mullis等发明PCR技术HGP，1985年提出，1990年启动2000年，人类基因组草图完成2003年，HGP完成，后基因组时代开始第二代测序技术荧光定量PCR技术第一台毛细管基因测序仪生物信息：检测技术：第二代测序临床应用定量PCR临床应用定性PCR临床应用基因组学的研究推动疾病分子标记基因组学的研究推动疾病分子标记的发现和临床应用的发现和临床应用n 97.3%的的AML患者携带其中患者携带其中一种或以上的基因突变一种或以上的基因突变n 预后差：预后差：FLT3-ITD、MLL-PTD、ASXL1、PHF6n 预后好：预

3、后好：CEBPA、IDH2、NPM1伴伴IDH1/IDH2突变突变n 伴伴DNMT3A、NPM1突变、突变、MLL易位患者，采用大剂量的易位患者，采用大剂量的柔红霉素治疗可提高生存率柔红霉素治疗可提高生存率Prognostic Relevance of Integrated Genetic Profiling in Acute Myeloid LeukemiaJay P.Patel,et al.,N Engl J Med 2012;366:1079-89肿瘤的突变组肿瘤的突变组n 每一个肿瘤的发生都是一个基因团伙在犯罪每一个肿瘤的发生都是一个基因团伙在犯罪 每一个肿瘤基因组都是不同的基因突变的

4、组合每一个肿瘤基因组都是不同的基因突变的组合n 白血病分子诊断白血病分子诊断 只根据一种融合基因分类的患者仍有异质性只根据一种融合基因分类的患者仍有异质性 AML1-ETO VS.AML1-ETO+KIT突变突变 只检测一种突变也是不够的只检测一种突变也是不够的 NPM1 VS.FLT3 VS.NPM1+FLT3 新的突变出现提前可能预示临床进展新的突变出现提前可能预示临床进展 急变、耐药等急变、耐药等n 对肿瘤突变组的全面了解有助于指导个性化治疗对肿瘤突变组的全面了解有助于指导个性化治疗分子诊断的发展趋势及挑战分子诊断的发展趋势及挑战Lucy A.Godley,DOI:0.1056/NEJM

5、e1200409分子诊断临床应用遇到的问题分子诊断临床应用遇到的问题n 临床医师如何认识新的项目？临床医师如何认识新的项目？n 实验室如果向临床医师推荐新的项目？实验室如果向临床医师推荐新的项目？n 如何提高突变的检测灵敏度？如何提高突变的检测灵敏度？n 如何降低检测费用？提高发现分子标记的速度？如何降低检测费用？提高发现分子标记的速度？综合性血液病分子诊断体系综合性血液病分子诊断体系融合基因筛查融合基因筛查定量监测定量监测MRDMRD耐药、疾病进展监测耐药、疾病进展监测基因突变筛查基因突变筛查定量监测定量监测MRDMRD原癌基因表达谱定量监测原癌基因表达谱定量监测个体差异相关的药物代谢、药物

6、不良反应等个体差异相关的药物代谢、药物不良反应等其它项目：移植后嵌合状态；其它项目：移植后嵌合状态；IGIG、TCRTCR克隆性；克隆性；BCR-ABL1BCR-ABL1变异分析等变异分析等孟德尔遗传病：先天性免疫缺陷、范可尼贫血等孟德尔遗传病：先天性免疫缺陷、范可尼贫血等n“活在当下活在当下”与与“追本溯源追本溯源”用初治时的石蜡、形态涂片标本进行基因突变筛查用初治时的石蜡、形态涂片标本进行基因突变筛查n 从实验方案和流程设计上加快报告速度从实验方案和流程设计上加快报告速度 新技术的应用和技术创新新技术的应用和技术创新n 融合基因和基因突变筛查融合基因和基因突变筛查 针对性监测针对性监测 降

7、低总体检测费用，争取宝贵时间降低总体检测费用，争取宝贵时间 内容将不断增加，价格一般不再调整内容将不断增加，价格一般不再调整综合性血液病分子诊断体系综合性血液病分子诊断体系高通量基因测序的应用高通量基因测序的应用n 降低单位检测成本降低单位检测成本 肿瘤肿瘤“突变组突变组”分析分析变为可能变为可能n 深度测序深度测序 突变突变MRD监测监测n IG、TCR免疫组库分析免疫组库分析白血病融合基因和基因突变检测白血病融合基因和基因突变检测V2.3版版31种融合基因筛查种融合基因筛查新的融合基因筛查项目新的融合基因筛查项目n AML融合基因筛查（融合基因筛查（13种）种）AML1-EAP(1)；AM

8、L1-ETO(1)；AML1-MDS1(2)；CBFB-MYH11(8)；DEK-CAN(1)；NPM-ALK(1)；NPM-MLF1(1)；NPM-RARA(2)；PLZF-RARA(2)；PML-RARA(5)；SET-CAN(1)；TEL-ABL1(2)；TLS-ERG(5)n ALL融合基因筛查（融合基因筛查（10种）种）BCR-ABL1(6)；E2A-HLF(3)；E2A-PBX1(2)；NPM-ALK(1)；NPM-MLF1(1)；SET-CAN(1)；SIL-TAL1(1)；TEL-ABL1(2)；TEL-AML1(2)；TLS-ERG(5)n MPN融合基因筛查（融合基因筛查（

9、23种）种）AML1-MDS1(2)；BCR-ABL1(6)；FIP1L1-PDGFRA(5)；TEL-ABL1(2)；18种种PDGFRB fusion gene；TLS-ERG(5)n MLL融合基因筛查融合基因筛查(11种种)MLL-PTD；MLL-AF1p(4)；MLL-AF1q(4)；MLL-AF4(12)；MLL-AF6(4)；MLL-AF9(8)；MLL-AF10(18)；MLL-AF17(1)；MLL-AFX(4)；MLL-ELL(8)；MLL-ENL(4)融合基因筛查的特点和意义融合基因筛查的特点和意义n 从分子水平快速鉴定患者基因异常从分子水平快速鉴定患者基因异常 节省时间

10、和总体费用节省时间和总体费用n 大多数情况下，某一患者只有一种融合基因阳性大多数情况下，某一患者只有一种融合基因阳性n 提供按提供按WHO2008标准分类的依据标准分类的依据n 预后判断和指导用药预后判断和指导用药n 提供灵敏的提供灵敏的MRD监测指标监测指标病例：病例：格列卫治疗格列卫治疗FIP1L1-PDGFRA白血病白血病n 男，男，43岁，贫血，血小板低，嗜酸粒细胞增多岁，贫血，血小板低，嗜酸粒细胞增多n 31种融合基因筛查：种融合基因筛查：FIP1L1-PDGFRA阳性阳性n 格列格列卫每周卫每周200mg每周每周100mg治疗治疗 血象很快转为血象很快转为正常正常 FIP1L1-P

11、DGFRA定量逐渐降低定量逐渐降低 20090728 32.56%20091021 5.83%20100426 0.0089%基因突变筛查项目基因突变筛查项目n AML基因突变筛查（基因突变筛查（11种）种）CEBPA；DNMT3A；FLT3-ITD/TKD；IDH1；IDH2；KIT；KRAS；NPM1；NRAS；TET2；WT1n ALL基因突变筛查（基因突变筛查（11种）种）FBXW7；FLT3；KRAS；IKZF1；JAK1；JAK2；NOTCH1；NRAS；PAX5；PHF6；MLL-PTDn MPN基因突变筛查（基因突变筛查（7种）种）IDH1；IDH2；JAK2；KIT；MPL；

12、SH2B3(LNK)；TET2n MDS基因突变筛查（基因突变筛查（8种）种）DNMT3A；IDH1；IDH2；JAK2；MPL；SF3B1；SRSF2；TET2基因突变筛查的特点和意义基因突变筛查的特点和意义n 同一患者可能同时存在多种基因突变同一患者可能同时存在多种基因突变 可与融合基因或其它基因突变同时存在可与融合基因或其它基因突变同时存在 同一患者的同一基因可能存在不同的突变同一患者的同一基因可能存在不同的突变 克隆性判断；诊断分型；预后判断；个体化用药克隆性判断；诊断分型；预后判断；个体化用药n 基因突变在疾病发展过程中可能会变化基因突变在疾病发展过程中可能会变化 FLT3、IKZF

13、1等，与疾病进展有关等，与疾病进展有关n 目前大多数基因突变作为目前大多数基因突变作为MRD监测指标有困难监测指标有困难 用高通量测序进行深度测序分析可帮助实现用高通量测序进行深度测序分析可帮助实现n 可以用初诊时的石蜡、涂片标本回顾性分析可以用初诊时的石蜡、涂片标本回顾性分析KIT基因突变基因突变n 主要见于主要见于伴伴inv(16)/CBFB-MYH11融合基因融合基因的的M4和和伴伴t(8;21)/AML1-ETO的的M2n 伴伴KIT突变的患者预后相对较差突变的患者预后相对较差n 伴伴KIT突变的患者用格列卫治疗有一定效果突变的患者用格列卫治疗有一定效果IKZF1基因突变基因突变n 主

14、要见于主要见于ALL 约约20%儿童儿童B-ALL；30%成人成人B-ALL；5%T-ALL 约约63.083.7%的的BCR-ABL1阳性阳性B-ALL 约约20%染色体核型正常的染色体核型正常的B-ALL患者患者 MLL融合基因阳性的融合基因阳性的ALL患者常伴患者常伴IKZF1突变突变 B-ALL患者独立的预后不良因素患者独立的预后不良因素n CML患者急淋变时约患者急淋变时约86%发生发生IKZF1突变突变 建议建议CML患者复诊时检测，可提前预警急变患者复诊时检测，可提前预警急变病例病例n男，男，30岁，形态学为岁，形态学为M1型，柔红霉素型，柔红霉素+阿糖胞苷化疗一疗程后阿糖胞苷化

15、疗一疗程后nNPM1突变阳性突变阳性 42.15%nFLT3突变阳性突变阳性n31种融合基因阴性，种融合基因阴性，HOX11表达阳性表达阳性血液系统遗传病分子诊断血液系统遗传病分子诊断血液系统遗传病检测项目血液系统遗传病检测项目n 噬血细胞综合征相关基因突变噬血细胞综合征相关基因突变 PRF1、UNC13D、STXBP2、STX11 SH2D1A、XIAPn 范可尼贫血基因突变范可尼贫血基因突变 FANCA 60%、FANCC 15%、FANCG 10%n WAS综合征综合征n 遗传性铁粒幼细胞性贫血遗传性铁粒幼细胞性贫血噬血细胞综合征相关基因突变噬血细胞综合征相关基因突变和疱疹病毒检查结果和

16、疱疹病毒检查结果基因突变谱型基因突变谱型疱疹病毒感染谱型疱疹病毒感染谱型先天遗传因素和疾病表型关系先天遗传因素和疾病表型关系先天遗传因素由弱到强的一组病因相关的症候群？FHL，XLPCAEBVEBVEBV相关相关淋巴瘤淋巴瘤IM范可尼贫血突变检测范可尼贫血突变检测n 部分患者可无显著的先天畸形部分患者可无显著的先天畸形n 部分患者可染色体断裂实验阴性而基因突变阳部分患者可染色体断裂实验阴性而基因突变阳性，不能相互替代性，不能相互替代n 可提供范可尼贫血与继发再障鉴别诊断的依据可提供范可尼贫血与继发再障鉴别诊断的依据范可尼贫血基因突变患者示例范可尼贫血基因突变患者示例n 女，女，6岁，患者骨髓造血衰竭、发育迟缓、身材矮小、皮肤黑、两眼岁，患者骨髓造血衰竭、发育迟缓、身材矮小、皮肤黑、两眼间距宽、多指。间距宽、多指。n 染色体断裂实验及彗星电泳实验结果阳性。染色体断裂实验及彗星电泳实验结果阳性。c.989_995delACAGCCC/p.H330LfsX2c.3971CT/p.P1324L致谢致谢n分子诊断室：分子诊断室：王芳、滕文、王岩、牛倩、王旭、郭磊、王昊、王芳、滕文、王岩、牛倩、王旭、郭磊、王昊、樊江燕、管少帅、王绵绵、尹青樊江燕、管少帅、王绵绵、尹青n检验科其它实验室和临床协作检验科其它实验室和临床协作n其它协作医院其它协作医院Email: 新浪微博：解码生命-刘红星