白血病突变组分析基因突变筛查课件.pptx

1、We Promote the Applications&Innovations of Molecular Hematology肿瘤突变组（肿瘤突变组（mutaome）于于2012年年8月陆道培血液月陆道培血液肿瘤中心主办的血液病诊断肿瘤中心主办的血液病诊断和治疗研讨会上和治疗研讨会上首次提出首次提出“突变组突变组”的概念的概念每一个肿瘤细胞都是多种基因突变积累的结果每一个肿瘤细胞都是多种基因突变积累的结果 在特定的患者、特定时间，其肿瘤细胞携带的突变组合不同在特定的患者、特定时间，其肿瘤细胞携带的突变组合不同 不同的突变组合决定了每个不同的突变组合决定了每个患者独特的患者独特的发病过程、病理生

2、理学表发病过程、病理生理学表现、治疗反应和病情现、治疗反应和病情发展发展 有明确意义的基因突变越来越多被鉴定有明确意义的基因突变越来越多被鉴定全面了解肿瘤基因突变情况全面了解肿瘤基因突变情况 更精细地诊断分型、评估预后、制定个体化治疗方案更精细地诊断分型、评估预后、制定个体化治疗方案 基因突变筛查是经济有效的方法基因突变筛查是经济有效的方法We Promote the Applications&Innovations of Molecular Hematology常见的肿瘤基因异常类型常见的肿瘤基因异常类型融合基因：融合基因：染色体宏观结构异常基因突变：基因突变：单个或多个碱基异常GTJAK2

3、 V617F基因表达基因表达异常异常：原癌基因活化或抑癌基因失活，WT1等We Promote the Applications&Innovations of Molecular Hematology白血病分子诊断应用现状和展望白血病分子诊断应用现状和展望融合基因融合基因 历史：发现染色体易位历史：发现染色体易位 鉴定融合基因鉴定融合基因 转录组测序转录组测序 将发现更多隐匿性易位或微缺失形将发现更多隐匿性易位或微缺失形成的融合基因成的融合基因基因突变基因突变 传统方法不易发现，目前鉴定较少传统方法不易发现，目前鉴定较少 肿瘤外显子组测序大大促进了肿瘤基因突变的鉴定肿瘤外显子组测序大大促进了肿

4、瘤基因突变的鉴定原癌基因原癌基因 正常组织器官也可能表达，特异性和灵敏性的问题正常组织器官也可能表达，特异性和灵敏性的问题TranslocationWe Promote the Applications&Innovations of Molecular Hematology肿瘤的肿瘤的N次打击和克隆演变次打击和克隆演变Michael R.Stratton et.al,NATURE,Vol 458,9 April 2009We Promote the Applications&Innovations of Molecular Hematology每个肿瘤都是基因变异的团伙在犯罪每个肿瘤都是基因变

5、异的团伙在犯罪主犯主犯 JAK2、MPL、CEBPA、NPM1等突变等突变帮凶帮凶 KIT、FLT3、DNMT3A、TET2、P53等突变等突变从犯从犯 原癌基因原癌基因活化：活化：WT1、HOX11不明不明真相的参与者真相的参与者 PIGA等等突变突变过客突变过客突变 无功能的突变。我只是来打酱油的。无功能的突变。我只是来打酱油的。We Promote the Applications&Innovations of Molecular Hematology不同突变在肿瘤发生中的作用不同不同突变在肿瘤发生中的作用不同信号信号传导传导 NRAS、KRAS、PTPN11、CBL、JAK2、MPL。

6、转录因子转录因子 RUNX1、ETV6。表观遗传学表观遗传学 TET2、DNMT3A、IDH1、IDH2、ASXL、EZH2。转录剪接转录剪接 SF3B1、SRSF2、U2AF1。抑癌基因失活、基因修复缺陷抑癌基因失活、基因修复缺陷 TP53、FA相关基因突变。相关基因突变。免疫监视缺陷免疫监视缺陷 HLA缺失、缺失、PRF1突变。突变。We Promote the Applications&Innovations of Molecular Hematology肿瘤突变组分析临床应用的范例肿瘤突变组分析临床应用的范例97.3%的的AML患者携带其中患者携带其中一种或以上的基因突变一种或以上的基

7、因突变预后差：预后差：FLT3-ITD、MLL-PTD、ASXL1、PHF6预后好：预后好：CEBPA、IDH2、NPM1伴伴IDH1/IDH2突变突变伴伴DNMT3A、NPM1突变、突变、MLL易位患者，采用大剂量的易位患者，采用大剂量的柔红霉素治疗可提高生存率柔红霉素治疗可提高生存率Prognostic Relevance of Integrated Genetic Profiling in Acute Myeloid LeukemiaJay P.Patel,et al.,N Engl J Med 2012;366:1079-89We Promote the Applications&In

8、novations of Molecular Hematology历史：发现染色体易位 鉴定融合基因兼容二代测序，特别设计的测序引物Prognostic Relevance of Integrated Genetic Profiling in Acute Myeloid Leukemia实验室如果向临床医师推荐新的项目？有明确意义的基因突变越来越多被鉴定1056/NEJMe1200409后续根据融合基因、基因突变结果定点监测TP53、FA相关基因突变。MDS中常见的基因突变不同类型白血病间的分子克隆演变检验科其它实验室和临床协作正常组织器官也可能表达，特异性和灵敏性的问题伴DNMT3A、NPM

9、1突变、MLL易位患者，采用大剂量的柔红霉素治疗可提高生存率分子诊断的发展趋势及挑战3%的AML患者携带其中一种或以上的基因突变基因表达异常：原癌基因活化或抑癌基因失活，WT1等同一的反应条件、多重PCR、巢式PCREmail:lhongxinggmail.HLA缺失、PRF1突变。后续根据融合基因、基因突变结果定点监测MPN中常见的基因突变中常见的基因突变We Promote the Applications&Innovations of Molecular HematologyMDS中常见的基因突变中常见的基因突变We Promote the Applications&Innovation

10、s of Molecular Hematology不同类型白血病间的分子克隆演变不同类型白血病间的分子克隆演变We Promote the Applications&Innovations of Molecular Hematology肿瘤突变组分析临床应用肿瘤突变组分析临床应用的的意义意义只只根据一种融合基因分类的患者仍有异质性根据一种融合基因分类的患者仍有异质性 AML1-ETO VS.AML1-ETO+KIT突变突变只检测一种突变也是不够的只检测一种突变也是不够的 NPM1 VS.FLT3 VS.NPM1+FLT3新的突变新的突变出现可预示出现可预示临床进展临床进展 急变、耐药急变、耐药

11、等等对肿瘤突变组的全面了解有助于指导对肿瘤突变组的全面了解有助于指导个体化治疗个体化治疗We Promote the Applications&Innovations of Molecular Hematology分子诊断的发展趋势及挑战分子诊断的发展趋势及挑战Lucy A.Godley,DOI:0.1056/NEJMe1200409We Promote the Applications&Innovations of Molecular Hematology分子诊断临床应用遇到的问题分子诊断临床应用遇到的问题临床医师如何认识新发现的基因突变的意义？临床医师如何认识新发现的基因突变的意义？实验室

12、如果向临床医师推荐新的项目？实验室如果向临床医师推荐新的项目？如何提高突变的检测灵敏度？如何提高突变的检测灵敏度？如何降低检测费用？提高发现分子标记的速度？如何降低检测费用？提高发现分子标记的速度？We Promote the Applications&Innovations of Molecular Hematology我们的解决方案我们的解决方案-基因突变筛查基因突变筛查AML基因突变筛查（基因突变筛查（11种）种）CEBPA；DNMT3A；FLT3-ITD/TKD；IDH1；IDH2；KIT；KRAS；NPM1；NRAS；TET2；WT1ALL基因突变筛查（基因突变筛查（11种）种）FB

13、XW7；FLT3；KRAS；IKZF1；JAK1；JAK2；NOTCH1；NRAS；PAX5；PHF6；MLL-PTDMPN基因突变筛查（基因突变筛查（7种）种）IDH1；IDH2；JAK2；KIT；MPL；SH2B3(LNK)；TET2MDS基因突变筛查（基因突变筛查（8种）种）DNMT3A；IDH1；IDH2；JAK2；MPL；SF3B1；SRSF2；TET2We Promote the Applications&Innovations of Molecular Hematology不远的将来：高通量基因测序的应用不远的将来：高通量基因测序的应用降低单位检测成本降低单位检测成本 加入更多的

14、检测内容加入更多的检测内容 外显子组突变分析，外显子组突变分析，真正的肿真正的肿瘤瘤“全突变组全突变组”分析成为可能分析成为可能深度测序深度测序 突变突变MRD监测监测IG、TCR免疫组库分析免疫组库分析We Promote the Applications&Innovations of Molecular Hematology基因突变筛查的特点和意义基因突变筛查的特点和意义同一患者可能同时存在多种基因突变同一患者可能同时存在多种基因突变 可与融合基因或其它基因突变同时存在可与融合基因或其它基因突变同时存在 同一患者的同一基因可能存在不同的突变同一患者的同一基因可能存在不同的突变 克隆性判断；

15、诊断分型；预后判断；个体化用药克隆性判断；诊断分型；预后判断；个体化用药基因突变在疾病发展过程中可能会变化基因突变在疾病发展过程中可能会变化 FLT3、IKZF1等，与疾病进展有关等，与疾病进展有关目前大多数基因突变作为目前大多数基因突变作为MRD监测指标有困难监测指标有困难 用高通量测序进行深度测序分析可帮助实现用高通量测序进行深度测序分析可帮助实现可以用初诊时的石蜡、涂片标本回顾性分析可以用初诊时的石蜡、涂片标本回顾性分析 帮助选择合适的治疗方案、评估预后等帮助选择合适的治疗方案、评估预后等We Promote the Applications&Innovations of Molecul

16、ar Hematology病例病例男，男，30岁，形态学为岁，形态学为M1型，柔红霉素型，柔红霉素+阿糖胞阿糖胞苷化疗一疗程后苷化疗一疗程后NPM1突变阳性突变阳性 定量定量42.15%FLT3突变阳性突变阳性31种融合基因阴性，种融合基因阴性，HOX11表达阳性表达阳性形态学证明未缓解，从当地医院转某大医院治疗形态学证明未缓解，从当地医院转某大医院治疗We Promote the Applications&Innovations of Molecular Hematology白血病分子诊断的建议白血病分子诊断的建议初诊患者初诊患者 骨髓或骨髓或外周血外周血标本，融合基因筛查、基因突变筛查标本

17、，融合基因筛查、基因突变筛查 后续根据融合基因、基因突变结果定点监测后续根据融合基因、基因突变结果定点监测外地治疗后来诊患者外地治疗后来诊患者 肿瘤细胞肿瘤细胞30%：骨髓或外周血标本，融合基因骨髓或外周血标本，融合基因筛查、基因突变筛查筛查、基因突变筛查 肿瘤细胞肿瘤细胞30%：骨髓或外周血标本，融合基因骨髓或外周血标本，融合基因筛查、基因突变筛查筛查、基因突变筛查 肿瘤细胞肿瘤细胞30%：骨髓或外周血标本，骨髓或外周血标本，融合基因筛查；融合基因筛查；初诊时骨髓片、病理组织、初诊时骨髓片、病理组织、DNA标本，基因突变筛查标本，基因突变筛查 后续根据融合基因、基因突变结果定点后续根据融合基

18、因、基因突变结果定点监测监测出现出现全面全面复发复发或或疾病类型转化时疾病类型转化时 基因突变筛查，需要时做融合基因筛查基因突变筛查，需要时做融合基因筛查We Promote the Applications&Innovations of Molecular HematologyTET2、DNMT3A、IDH1、IDH2、ASXL、EZH2。TP53、FA相关基因突变。肿瘤外显子组测序大大促进了肿瘤基因突变的鉴定基因突变筛查，需要时做融合基因筛查检验科其它实验室和临床协作传统方法不易发现，目前鉴定较少骨髓或外周血标本，融合基因筛查、基因突变筛查基因突变筛查方案的关键技术转录组测序 将发现更多隐

19、匿性易位或微缺失形成的融合基因,N Engl J Med 2012;366:1079-89骨髓或外周血标本，融合基因筛查、基因突变筛查SF3B1、SRSF2、U2AF1。后续根据融合基因、基因突变结果定点监测只根据一种融合基因分类的患者仍有异质性白血病分子诊断应用现状和展望实验室如果向临床医师推荐新的项目？FLT3 VS.31种融合基因阴性，HOX11表达阳性对肿瘤突变组的全面了解有助于指导个体化治疗骨髓或外周血标本，融合基因筛查；可以用初诊时的石蜡、涂片标本回顾性分析不远的将来：高通量基因测序的应用TET2、DNMT3A、IDH1、IDH2、ASXL、EZH2。基因突变筛查，需要时做融合基因

20、筛查有明确意义的基因突变越来越多被鉴定新的突变出现可预示临床进展基因突变筛查方案的关键技术分子诊断临床应用遇到的问题基因突变筛查的特点和意义分子诊断的发展趋势及挑战后续根据融合基因、基因突变结果定点监测同一的反应条件、多重PCR、巢式PCRcom新浪微博：陆道培血液肿瘤中心刘红星TP53、FA相关基因突变。预后好：CEBPA、IDH2、NPM1伴IDH1/IDH2突变每一个肿瘤细胞都是多种基因突变积累的结果白血病分子诊断应用现状和展望可以用初诊时的石蜡、涂片标本回顾性分析肿瘤外显子组测序大大促进了肿瘤基因突变的鉴定3%的AML患者携带其中一种或以上的基因突变同一患者可能同时存在多种基因突变实验

21、室如果向临床医师推荐新的项目？白血病分子诊断应用现状和展望每一个肿瘤细胞都是多种基因突变积累的结果分子诊断的发展趋势及挑战Godley,DOI:0.高性能的基因工程改造的聚合酶NRAS、KRAS、PTPN11、CBL、JAK2、MPL。ALL基因突变筛查（11种）3%的AML患者携带其中一种或以上的基因突变提高效率、防污染控制、节省标本、保证成功率基因突变筛查，需要时做融合基因筛查对肿瘤突变组的全面了解有助于指导个体化治疗基因突变：单个或多个碱基异常3%的AML患者携带其中一种或以上的基因突变实验室如果向临床医师推荐新的项目？HLA缺失、PRF1突变。男，30岁，形态学为M1型，柔红霉素+阿糖

22、胞苷化疗一疗程后AML1-ETO VS.3%的AML患者携带其中一种或以上的基因突变NPM1突变阳性 定量42.同一患者可能同时存在多种基因突变分子诊断临床应用遇到的问题实验室如果向临床医师推荐新的项目？Email:lhongxinggmail.1056/NEJMe12004093%的AML患者携带其中一种或以上的基因突变王芳、滕文、王岩、牛倩、王旭、郭磊、王昊、樊江燕、管少帅、王绵绵、尹青高性能的基因工程改造的聚合酶传统方法不易发现，目前鉴定较少基因突变筛查，需要时做融合基因筛查TP53、FA相关基因突变。基因突变筛查，需要时做融合基因筛查AML1-ETO VS.com新浪微博：陆道培血液肿瘤中心刘红星历史：发现染色体易位 鉴定融合基因MDS中常见的基因突变抑癌基因失活、基因修复缺陷新的突变出现可预示临床进展肿瘤外显子组测序大大促进了肿瘤基因突变的鉴定31种融合基因阴性，HOX11表达阳性致谢致谢分子诊断室：分子诊断室：王芳、滕文、王岩、牛倩、王旭、郭磊、王昊、王芳、滕文、王岩、牛倩、王旭、郭磊、王昊、樊江燕、管少帅、王绵绵、尹青樊江燕、管少帅、王绵绵、尹青检验科其它实验室和临床协作检验科其它实验室和临床协作其它协作医院其它协作医院Email:新浪微博：陆道培血液肿瘤中心刘红星