1、分子进化分析分子进化分析 系统发生树的构建系统发生树的构建分子系统发育分析分子系统发育分析 系统发育分析是研究物种系统发育分析是研究物种进化和系统分类进化和系统分类的一种的一种方法，研究对象为携带遗传信息的方法，研究对象为携带遗传信息的生物大分子生物大分子序序列，采用特定的数理统计算法来计算生物间的列，采用特定的数理统计算法来计算生物间的生生物系统发生物系统发生的关系。并用的关系。并用系统进化树系统进化树来概括生物来概括生物间的这种亲缘关系。间的这种亲缘关系。2 系统发育进化树（系统发育进化树（Phylogenetic tree)用一种类似树状分支的图形来概括各种生物之间的亲缘关系。用一种类似
2、树状分支的图形来概括各种生物之间的亲缘关系。系统进化树的主要构成：系统进化树的主要构成：结点（结点（node)：每个结点表示一个分类单元（属、种群）。：每个结点表示一个分类单元（属、种群）。进化分枝进化分枝(Clade)：是指由同一生物进化而来的单一系统群。是指由同一生物进化而来的单一系统群。实体抽象为节点，实体间的进化关系抽象为连接实体抽象为节点，实体间的进化关系抽象为连接 研究对象：研究对象：包括基因序列，基因组的排列方式，二级结构，编码的蛋白序列包括基因序列，基因组的排列方式，二级结构，编码的蛋白序列及高级结构等及高级结构等分子系统发育的分子系统发育的核心核心是是构建系统发育进化树构建系
3、统发育进化树分子系统发育分析分子系统发育分析3人人猩猩猩猩狒狒狒狒外 群分支 长度根进化支结 点系统发育进化树示例系统发育进化树示例 n结点：结点：表示一个分类单元。表示一个分类单元。n进化支：进化支：两种以上生物（两种以上生物（DNADNA序列序列）及其祖先组成的树枝。）及其祖先组成的树枝。n进化分支长度：进化分支长度：用数值表示的进用数值表示的进化枝的变化程度（遗传距离）化枝的变化程度（遗传距离）n距离标尺：距离标尺：生物体或序列之间差生物体或序列之间差异的的数字尺度。异的的数字尺度。n根：根：所有分类的共同祖先。所有分类的共同祖先。n外群：外群：一个或多个无可争议的同一个或多个无可争议的
4、同源物种源物种,与分析序列相关且具有适与分析序列相关且具有适当的亲缘关系当的亲缘关系距离标尺距离标尺一个单位系统进化树系统进化树0.54找到建树目的基因（基因组）找到建树目的基因（基因组）进行多序列比对进行多序列比对选择建树方法选择建树方法建立进化树建立进化树进化树评估进化树评估系统发育树构建分析步骤系统发育树构建分析步骤6 ClustalX（）Modeltest&MrModeltest()PHYLIP MEGA PHYML PAUP BEAST Figtree(）TreeView（）系统发育树构建的相关软件系统发育树构建的相关软件7pDistance-based methods 基于距离的方
5、法Unweightedpair group method using arithmetic average(UPGMA)非加权分组平均法Minimum evolution(ME)最小进化方法Neighbor joining(NJ)邻位归并法pCharacter-based methods 基于特征的方法Maximum parsimony(MP)最大简约法Maximum likelihood method(ML)最大似然法p计算速度 距离法 最大简约法 最大似然法系统发育树构建的基本方法系统发育树构建的基本方法8系统发育树建立方法NCBIBLAST输入序列对比记录好以下几方面：名 称：Uncul
6、tured bacterium clone YU201H10序列号：FJ694683/FJ694514文 献：TITLE Circumpolar synchrony in big river bacterioplankton 序列长度：353相 似 比：99%核酸序列分类地位 CLUSTALX是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提 打开软件clustalx具体步骤 根据需要，选定要比对的菌株及相应的序列。将序列COPY至记事本 1）File Load sequences 找序列 2）Alignment Do complete alignment Align 自动生成文件于桌面（序列所 在文件夹）.aln是所需文件
