1、第三章第三章 病毒的分类与命名病毒的分类与命名第一节第一节 病毒分类与命名的沿革病毒分类与命名的沿革第二节第二节 病毒的命名病毒的命名第三节第三节 病毒的分类原则病毒的分类原则第四节第四节 病毒分类系统病毒分类系统本章重点本章重点1.1.病毒分类机构病毒分类机构2.2.病毒分类原则病毒分类原则3.3.病毒的分类系统病毒的分类系统1961年以前，年以前，这个时期是各自研究领域的科学家提出或建立一些分这个时期是各自研究领域的科学家提出或建立一些分类系统，进展缓慢，缺乏国际间的协作。类系统，进展缓慢，缺乏国际间的协作。1962-1966年，年，建立了国际病毒学命名委员会（建立了国际病毒学命名委员会（
2、International Committee on Nomenclature of Viruses,ICNV）1966-1970年，年，Wildy任国际病毒学命名委员会主席期间，组织国际任国际病毒学命名委员会主席期间，组织国际间协作，发表了间协作，发表了ICNV的第一次报告。的第一次报告。1971-现在，现在，病毒分类与命名的工作得到了巩固和发展，国际病毒病毒分类与命名的工作得到了巩固和发展，国际病毒学命名委员会更名为国际病毒学分类委员会（学命名委员会更名为国际病毒学分类委员会（International Committee on Taxonomy of Viruses,ICTV）第一节第一
3、节 病毒分类与命名的沿革病毒分类与命名的沿革一、一、1961年以前年以前 各研究领域独立进行病毒分类与命名各研究领域独立进行病毒分类与命名（一）植物病毒分类（一）植物病毒分类 Johnson和和Hoggan（1935）：）：1 1、病毒的传播方式及昆虫介体、病毒的传播方式及昆虫介体 2 2、自然的寄主范围及鉴别寄主、自然的寄主范围及鉴别寄主 3 3、在活体外的存活期、在活体外的存活期 4 4、致死温度、致死温度 5 5、症状特点、症状特点（二）动物病毒分类法（二）动物病毒分类法二、二、1962-1966年年 1966年在莫斯科举行的第九届国际微生物学代表年在莫斯科举行的第九届国际微生物学代表会
4、议上，成立会议上，成立国际病毒命名委员会（国际病毒命名委员会（International Committee on Nomenclature of Viruses;ICNV）。）。下下设设4个小组委员会：个小组委员会：动物病毒小组委员会动物病毒小组委员会植物病毒小组委员会植物病毒小组委员会无脊椎动物病毒小组委员会无脊椎动物病毒小组委员会噬菌体小组委员会噬菌体小组委员会 1963年年 国际微生物命名委员会病毒分会根据安德鲁国际微生物命名委员会病毒分会根据安德鲁斯斯(Andrewes)提出的分类建议提出了新的提出的分类建议提出了新的8项分类原则：项分类原则：核酸的类型、结构和分子量；核酸的类型、结
5、构和分子量；病毒粒子的形状和大小；病毒粒子的形状和大小；病毒粒子的结构；病毒粒子的结构；病毒粒子对乙醚、氯仿等脂溶剂的敏感性；病毒粒子对乙醚、氯仿等脂溶剂的敏感性；血清学性质和抗原关系；血清学性质和抗原关系；病毒在细胞培养上的繁殖特性；病毒在细胞培养上的繁殖特性；对除脂溶剂以外的理化因子的敏感性；对除脂溶剂以外的理化因子的敏感性；流行病学的特征。流行病学的特征。三、三、1966-1970年年 1970年年8月，在第十届国际微生物学代表大会上，月，在第十届国际微生物学代表大会上，报告了国际病毒命名委员会的第一次报告。将当时了报告了国际病毒命名委员会的第一次报告。将当时了解得比较清楚的解得比较清楚
6、的500多种病毒分为多种病毒分为RNA和和DNA病毒两病毒两大类大类，描述并划定了，描述并划定了43个属及其成员。其中动物病毒个属及其成员。其中动物病毒22个属，还确定了两个科，乳多空病毒科和细小病毒个属，还确定了两个科，乳多空病毒科和细小病毒科；植物病毒科；植物病毒15个组群；细菌病毒分成个组群；细菌病毒分成6个组群。个组群。四、四、1971-现在现在 1973年年5月，在伦敦召开的月，在伦敦召开的ICNV执行委员会上，国际病执行委员会上，国际病毒命名委员会改为国际病毒分类委员会（毒命名委员会改为国际病毒分类委员会（International Committee on Taxonomy of
7、 Viruses,ICTV）。）。1995年国际病毒分类委员会第六次报告中，植物病毒不年国际病毒分类委员会第六次报告中，植物病毒不再采用组、亚组，而统一采用科、属、种的分类系统。再采用组、亚组，而统一采用科、属、种的分类系统。同时将病毒分为同时将病毒分为3大类：大类：DNA病毒、病毒、DNA及及RNA反转录反转录病毒、病毒、RNA病毒。病毒。2005年，国际病毒分类委员会发布了第八年，国际病毒分类委员会发布了第八次病毒分类报告。次病毒分类报告。在这个长达在这个长达1259页的报告中，将目前页的报告中，将目前ICTV所承认所承认的的5450多个病毒归属为多个病毒归属为3个目、个目、73个科、个科
8、、11个亚科、个亚科、289个属、个属、1950多个种。在亚病毒感染因子下设多个种。在亚病毒感染因子下设类病毒、卫类病毒、卫星体和朊毒星体和朊毒，其中类病毒有，其中类病毒有2个科、个科、7个属；卫星病毒有个属；卫星病毒有2个亚组，卫星核酸有个亚组，卫星核酸有3个亚组；朊毒分为哺乳动物朊毒个亚组；朊毒分为哺乳动物朊毒和真菌朊毒。和真菌朊毒。第八次报告的特点第八次报告的特点:1、进一步明确了、进一步明确了“种种”作为病毒分类系统中的最作为病毒分类系统中的最小分类阶元，在每一个确定种下面列出了至少一小分类阶元，在每一个确定种下面列出了至少一个、至多几十个不同的分离物以及它们在个、至多几十个不同的分离
9、物以及它们在GenBank上的登录号。上的登录号。2、增加了许多反映病毒基因序列同源性关系的系、增加了许多反映病毒基因序列同源性关系的系统树图。统树图。3、将原子分辨率的粒子三维结构插入到相应的科、将原子分辨率的粒子三维结构插入到相应的科或属中，使读者对病毒粒子空间结构有更详细的或属中，使读者对病毒粒子空间结构有更详细的了解。了解。有关病毒分类的论文及信息在有关病毒分类的论文及信息在ICTV的的官方期刊官方期刊“Archivesa:kaivz of Virology”发表，发表，1990年前年前“Intervirology”是其官方是其官方期刊。期刊。第二节第二节 病毒的命名病毒的命名（一）一
10、般规则（一）一般规则 （1）病毒分类和命名应该是国际性的，并且普遍适用）病毒分类和命名应该是国际性的，并且普遍适用于所有的病毒。于所有的病毒。（2）国际病毒分类系统采用目（）国际病毒分类系统采用目（order）、科）、科(family)、亚科亚科(subfamily)、属、属(genus)、种、种(species)、分类阶元。、分类阶元。（3）ICTV不负责病毒种以下的分类和命名，病毒种以不负责病毒种以下的分类和命名，病毒种以下的血清型、基因型、毒力株、变异株和分离株的名称下的血清型、基因型、毒力株、变异株和分离株的名称由公认的国际专家小组确定。由公认的国际专家小组确定。（4）人工产生的病毒和
11、实验室构建的杂种病毒在病毒）人工产生的病毒和实验室构建的杂种病毒在病毒分类上不予考虑，其分类由公认的国际专家小组负责。分类上不予考虑，其分类由公认的国际专家小组负责。（5）只有在病毒代表种的特性得到了充分了解和在公）只有在病毒代表种的特性得到了充分了解和在公开出版物上进行过描述，才能确定建立一个分类阶元，开出版物上进行过描述，才能确定建立一个分类阶元，以便与其他类似的分类阶元相区别。以便与其他类似的分类阶元相区别。（6）当病毒有明确的科、而分属未确定时，这一病毒）当病毒有明确的科、而分属未确定时，这一病毒种在分类学上称为该科的未确定种（种在分类学上称为该科的未确定种（unassigned sp
12、ecies）。）。（7）与规则）与规则2各分类阶元相关联，并得到各分类阶元相关联，并得到ICTV批准的批准的名称是唯一可以接受的。名称是唯一可以接受的。（二）关于分类单元的命名规定（二）关于分类单元的命名规定 在分类单元和病毒的命名中不遵循优先律。在分类单元和病毒的命名中不遵循优先律。在提出新的分类单元时不使用人名。在提出新的分类单元时不使用人名。在提出新名称时，不使用下标、上标、连字符、斜线和在提出新名称时，不使用下标、上标、连字符、斜线和希腊字母。希腊字母。新名称不应与已通过的名称重复。新名称不应与已通过的名称重复。病毒名称由病毒名称由ICTV认定，其命名与细菌不同，不再采用认定，其命名与
13、细菌不同，不再采用拉丁文双名法，而是采用英文或英语化的拉丁文，只用拉丁文双名法，而是采用英文或英语化的拉丁文，只用单名。目、科、亚科、属分别用拉丁文后缀单名。目、科、亚科、属分别用拉丁文后缀“-virales”、“-viridae”、“-virinae”和和“-virus”，并采用斜体。，并采用斜体。（三）关于种的规定（三）关于种的规定 一个病毒种应是一类具有多种共同特征的病毒，一个病毒种应是一类具有多种共同特征的病毒，并组成一个正在复制的世代谱系，且在生态位中并组成一个正在复制的世代谱系，且在生态位中占有特定的位置。占有特定的位置。1、病毒种应当是群体，是类别。、病毒种应当是群体，是类别。2
14、、病毒种所共有的特征不是一种而是多种。、病毒种所共有的特征不是一种而是多种。3、病毒种是演化谱系中某时期的一分子。、病毒种是演化谱系中某时期的一分子。4、病毒种应当占据某特定生态位。、病毒种应当占据某特定生态位。一新种不能确定，或不能将这一新种确定到已设一新种不能确定，或不能将这一新种确定到已设立的属中时，新种将作为暂定种。立的属中时，新种将作为暂定种。种名必须赋予种恰如其分的鉴别特征。种名必须赋予种恰如其分的鉴别特征。（四）关于属的规则（四）关于属的规则 属是具有某些共同特征的种。属是具有某些共同特征的种。属名应是一个以属名应是一个以“-virus”结尾的单词。结尾的单词。Lyssaviru
15、s（狂犬病毒属）（狂犬病毒属）T4 like viruses（T4样病毒属）样病毒属）通过一个新属名的同时，必须承认一个代表种。通过一个新属名的同时，必须承认一个代表种。鉴定一个种的归属时，有用的特征鉴定一个种的归属时，有用的特征 基因组序列相关性基因组序列相关性 天然寄主范围天然寄主范围 细胞和组织的趋向性细胞和组织的趋向性 致病性和细胞病理学致病性和细胞病理学 传播方法传播方法 病毒蛋白的抗原性病毒蛋白的抗原性（五）关于亚科的规则（五）关于亚科的规则 亚科是一群具有某些共同特征的属，这一分类单亚科是一群具有某些共同特征的属，这一分类单元只在需要解决复杂等级结构问题时才使用亚科。元只在需要解
16、决复杂等级结构问题时才使用亚科。亚科名应是一个以亚科名应是一个以“-virinae”结尾的单词。结尾的单词。Parvovirinae（细小病毒亚科）（细小病毒亚科）（六）关于科的规则（六）关于科的规则 科是一群具有某些共同特征的属（不管这些属是科是一群具有某些共同特征的属（不管这些属是否组成了亚科）否组成了亚科）科名应是一个以科名应是一个以“-viridae”结尾的单词。结尾的单词。Parvoviridae（细小病毒科）（细小病毒科）区分属或科区分属或科 毒粒形态毒粒形态 基因组结构基因组结构 复制方法复制方法 结构蛋白和非结构蛋白的数目和大小结构蛋白和非结构蛋白的数目和大小（七）关于目的规则
17、（七）关于目的规则 目是一群具有某些共同特征的科。目是一群具有某些共同特征的科。ICTV对病毒目的建对病毒目的建立持谨慎态度，仅限于已有足够的证据说明其系统演立持谨慎态度，仅限于已有足够的证据说明其系统演化的相关性的病毒科。化的相关性的病毒科。目名应是一个以目名应是一个以“-virales”结尾的单词。结尾的单词。有尾噬菌体目（有尾噬菌体目（Caudovirales）单分子负链单分子负链RNA病毒目（病毒目（Mononegavirales）成套病毒目（成套病毒目（Nidovirales）（八）关于亚病毒因子的规则（八）关于亚病毒因子的规则 类病毒类病毒 有关病毒的分类规则，适用于类病毒的分类。
18、有关病毒的分类规则，适用于类病毒的分类。类病毒的分类单元的规范词尾是：种类病毒的分类单元的规范词尾是：种“viroid”、属属“viroid”、亚科亚科“viroinae”、科科“viroidae”。其他亚病毒因子其他亚病毒因子 卫星体和朊病毒不按病毒分类，采用任意分类卫星体和朊病毒不按病毒分类，采用任意分类（arbitrary classification），这种任意分类对专门，这种任意分类对专门领域的研究工作者似乎是有用的。领域的研究工作者似乎是有用的。（九）关于书写的规则（九）关于书写的规则 在规范的分类学惯例，病毒目、科、亚科、属的在规范的分类学惯例，病毒目、科、亚科、属的认可名称，均
19、用斜体印刷，名称的第一个字母需认可名称，均用斜体印刷，名称的第一个字母需大写。大写。Adenoviridae(腺病毒科腺病毒科)种的名称用斜体印刷，第一个词的首字母需大写，种的名称用斜体印刷，第一个词的首字母需大写，除专有名词或专有名词的一部分之外，其他词首除专有名词或专有名词的一部分之外，其他词首字母一律不大写。字母一律不大写。Human immunodeficiency virus 1(人免疫缺陷病毒人免疫缺陷病毒1型型)规范的惯例，各分类单元正式的描述是规范的惯例，各分类单元正式的描述是 Reovirideae(科科),Phytoreovirus(属属),Wound tumor viru
20、s（种）（种）呼肠孤病毒科，呼肠孤病毒科，植物呼肠孤病毒属，植物呼肠孤病毒属，伤瘤病毒伤瘤病毒 未通过或暂定的名称均印成标准体，并在西文中未通过或暂定的名称均印成标准体，并在西文中缀以缀以-like字样。字样。T1-like viruses(T1样噬菌体属样噬菌体属)第三节第三节 病毒的分类原理及依据病毒的分类原理及依据 稳定性稳定性：是指病毒名称及其隶属关系一旦确定下来，就：是指病毒名称及其隶属关系一旦确定下来，就应该尽可能的保留。应该尽可能的保留。实用性实用性：是指病毒分类体制应该对病毒学研究领域是有：是指病毒分类体制应该对病毒学研究领域是有用的。用的。认可性认可性：是指病毒分类阶元和名称
21、应该为病毒学研究者：是指病毒分类阶元和名称应该为病毒学研究者乐意接受和使用，所以，认可性也是实用性的必然结果。乐意接受和使用，所以，认可性也是实用性的必然结果。灵活性灵活性：是指病毒分类阶元可以依据某些新发现而进行：是指病毒分类阶元可以依据某些新发现而进行重新修订和再确定。重新修订和再确定。依据：依据：主要以病毒粒子特性、抗原性质和病毒生物学特性等作主要以病毒粒子特性、抗原性质和病毒生物学特性等作为依据。为依据。病毒粒子特性：病毒粒子特性：病毒形态：如大小、形状、包膜和包膜突起的有无，病毒形态：如大小、形状、包膜和包膜突起的有无，衣壳结构及其对称性衣壳结构及其对称性;病毒生理生化和物理性质：如
22、分子量，沉降系数，浮病毒生理生化和物理性质：如分子量，沉降系数，浮力密度，病毒粒子在不同力密度，病毒粒子在不同pH、温度、温度、Mg2+、Mn2+、变性剂、辐射中的稳定性；变性剂、辐射中的稳定性；病毒基因组，如基因组大小、核酸类型、单双链、线病毒基因组，如基因组大小、核酸类型、单双链、线状或环状，正负链，状或环状，正负链，G+C所占的比例、核苷酸序列等；所占的比例、核苷酸序列等；病毒蛋白，如结构蛋白和非结构蛋白的数病毒蛋白，如结构蛋白和非结构蛋白的数量、大小以及功能和活性，氨基酸序列等量、大小以及功能和活性，氨基酸序列等 病毒脂类含量和特性；病毒脂类含量和特性；碳水化合物含量和特性；碳水化合物
23、含量和特性；病毒基因组组成和复制。病毒基因组组成和复制。病毒抗原性质：病毒抗原性质：包括病毒血清学性质与其抗原的关系。包括病毒血清学性质与其抗原的关系。病毒生物学特性：病毒生物学特性：包括病毒天然的宿主范围；包括病毒天然的宿主范围；病毒在自然状态下的传播与媒介体的关系；病毒在自然状态下的传播与媒介体的关系；病毒的地理分布，致病机理，组织嗜亲性；病毒的地理分布，致病机理，组织嗜亲性；病毒引起的病理和组织病理学特点。病毒引起的病理和组织病理学特点。第四节第四节 病毒分类系统病毒分类系统 国际病毒分类委员会第七次报告（国际病毒分类委员会第七次报告（1999）认可病）认可病毒毒4000种，设有种，设有
24、3个病毒目。个病毒目。将所有已知的病毒根据核酸类型分为：将所有已知的病毒根据核酸类型分为：DNA病毒病毒单股单股DNA病毒，病毒，DNA病毒病毒双股双股DNA病毒，病毒，DNA与与RNA反转录病毒，反转录病毒，RNA病毒病毒双股双股RNA病毒，病毒，RNA病毒病毒正单链正单链RNA病毒，病毒，RNA病毒病毒负单链负单链RNA病毒，病毒，裸露裸露RNA病毒病毒（真菌病毒，（真菌病毒，+ssRNA与其编码的与其编码的RNA依赖的依赖的RNA聚合酶聚合酶结合在一起，存在于细胞质中）结合在一起，存在于细胞质中）类病毒类病毒（亚病毒因子）（亚病毒因子）第第8次报告动物病毒新增次报告动物病毒新增4个科个科
25、 线头病毒科（线头病毒科（Nimaviridae）白斑病毒属（）白斑病毒属（Whispovirus）白斑综合征病毒白斑综合征病毒型（型（White spot syndrane virus ）双顺反子病毒科（双顺反子病毒科（Dicistroviridae）桃拉综合征病毒）桃拉综合征病毒（TSV）杆状套病毒科（杆状套病毒科（Romviridae）黄头病毒（）黄头病毒（YHV）芜菁黄花叶病毒科（芜菁黄花叶病毒科（Tymoviridae）NoImage 病毒分类中文译名不统一的问题由来已久，病毒分类中文译名不统一的问题由来已久，一个科、属往往有好几个名称。有的含义基本一个科、属往往有好几个名称。有的含
26、义基本相同只是用词的差别，如：小相同只是用词的差别，如：小RNA病毒科、微病毒科、微RNA病毒科；反转录病毒科、逆转录病毒科；病毒科；反转录病毒科、逆转录病毒科；杯状病毒科、嵌杯病毒科；布尼亚病毒科、布杯状病毒科、嵌杯病毒科；布尼亚病毒科、布尼安病毒科；狂犬病病毒属、狂犬病毒属；慢尼安病毒科；狂犬病病毒属、狂犬病毒属；慢病毒属、慢性病毒属；细胞质弹状病毒属、质病毒属、慢性病毒属；细胞质弹状病毒属、质型弹状病毒属；细胞核弹状病毒属、核型弹状型弹状病毒属；细胞核弹状病毒属、核型弹状病毒属等。病毒属等。习题习题1.1.简述病毒分类机构和标准。简述病毒分类机构和标准。2.2.病毒分类现状如何？病毒分类现状如何？3.3.如何理解病毒种的概念？如何理解病毒种的概念？
