1、OverviewOverview EditSeq EditSeq 是能够迅速、正确地输入，并是能够迅速、正确地输入，并且修改且修改DNA DNA 或蛋白质序列工具。每个或蛋白质序列工具。每个EditSeq EditSeq 文件都可以分为三个可编辑的文件都可以分为三个可编辑的部分，上边的一部分为序列文件，中间部分，上边的一部分为序列文件，中间的一部分里是评论，底部是序列的注释。的一部分里是评论，底部是序列的注释。EditSeq EditSeq 能读取大部分的序列格式能读取大部分的序列格式包括包括FASTAFASTA，GenBankGenBank，ABIABI、GCG GCG 和和ASCII AS
2、CII 格式。你可以使用菜单命令或拖格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外，序列也许拽方式输入序列文件。另外，序列也许通过使用键盘输入，或者从其他地方复通过使用键盘输入，或者从其他地方复制、粘贴得到。经制、粘贴得到。经Entrez Entrez 或或BLAST BLAST 检索检索得到的序列可以直接从因特网或企业内得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。部互联网服务器下载。序列被打开后，序列被打开后，EditSeq EditSeq 能使用标准或能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译，或者反翻者指定的遗传密码进行翻译，或者反翻译，寻找开放读框，还可以进行阅读校译，寻找开
3、放读框，还可以进行阅读校对。另外，对。另外，EditSeqEditSeq能以能以GenBankGenBank，FASTA FASTA 和和GCG GCG 格式输出序列。格式输出序列。打开已有序列打开已有序列在在WindowsWindows里里打开打开“tethis21.seqtethis21.seq”。从文件菜单（从文件菜单（FILE MENUFILE MENU），选择），选择OpenOpen。打开文件夹单击选定序列打开文件夹单击选定序列“TETHIS21TETHIS21”。当当EditSeqEditSeq窗口打开时，序列长度显示在右窗口打开时，序列长度显示在右上角。上角。寻找开放读框寻找开放
4、读框在这一部分中，我们将确定序列中的在这一部分中，我们将确定序列中的ORFORF，并翻，并翻译它。译它。从从SEARCH MENU SEARCH MENU 找到找到ORFORF，点击打开会出现下，点击打开会出现下边的对话框。边的对话框。单击单击Find Next Find Next 寻找第一个寻找第一个ORF ORF 的位置。的位置。继续点击继续点击Find Next Find Next 直到你把直到你把ORF ORF 的位置选定的位置选定在某一位置。在某一位置。ORFORF的坐标会出现在的坐标会出现在EditSeq EditSeq 窗窗口的顶端附近。口的顶端附近。DNA DNA 序列翻译序列
5、翻译对对ORFORF进行翻译，当然任何序列中的读框内进行翻译，当然任何序列中的读框内部分（三联）都可以用下面的方法进行部分（三联）都可以用下面的方法进行翻译。翻译。选定选定ORFORF，从，从GOODIES MENU GOODIES MENU 菜单中选择菜单中选择翻译（翻译（TranslateTranslate）。）。翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗口中（如下图）。它是使用标准的名窗口中（如下图）。它是使用标准的遗传密码翻译的。遗传密码翻译的。序列的反向互补及反向转换序列的反向互补及反向转换下面的步骤可以用于反向测定的序列的正下面的步骤可以用于反向测定的
6、序列的正确输入。确输入。选定序列。选定序列。从从GOODIES MENU GOODIES MENU 菜单，选反向互补序列菜单，选反向互补序列（Reverse ComplementReverse Complement），或者把序列），或者把序列颠倒过来（颠倒过来（Reverse SequenceReverse Sequence）命令，）命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。来了。序列信息查看序列信息查看现在我们要使用现在我们要使用EditSeq EditSeq 菜单指令查看有菜单指令查看有关打开的关打开的TETHIS21.seq TETHIS21.seq
7、 序列的信息。序列的信息。选定序列的一部分。如果你是希望全选选定序列的一部分。如果你是希望全选序列，从序列，从EDIT MENU EDIT MENU 菜单，选择菜单，选择Select Select AllAll。从从GOODIES MENU GOODIES MENU 菜单，选菜单，选DNA DNA StatisticsStatistics，就会出现下面的窗口，显就会出现下面的窗口，显示序列信息。示序列信息。序列的保存与输出序列的保存与输出首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单，选首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单，选NewNew中的中的New DNANew DNA，或者，或者New Pro
8、teinNew Protein。将序列写入出现的窗口。将序列写入出现的窗口。如果你输入非法字符，计算机会发出警告。如果你输入非法字符，计算机会发出警告。然后，我们将序列保存为然后，我们将序列保存为EditSeqEditSeq文件：文件：从文件菜单，选从文件菜单，选SaveSave。选定保存位置。选定保存位置。给序列命名。给序列命名。单击保存则可。单击保存则可。以以GenBankGenBank或或GCGGCG格式保存序列：格式保存序列：从文件菜单，选从文件菜单，选ExportExport。选定保存位置。选定保存位置。为为sequence(s)sequence(s)选格式。选格式。给给sequen
9、ce(s)sequence(s)命名。命名。单击保存则可。单击保存则可。以以FASTAFASTA格式保存序列：格式保存序列：从文件菜单，选从文件菜单，选ExportExport（1 1个序列），或者个序列），或者Export All As OneExport All As One（多个序列）。当使用（多个序列）。当使用Export All As OneExport All As One的时候，如果的时候，如果DNADNA和蛋白质和蛋白质文件同时存在，激活窗口的序列类型与你保存文件同时存在，激活窗口的序列类型与你保存的类型是一致的。的类型是一致的。EditSeqEditSeq仅仅将写入的序列仅仅
10、将写入的序列保存为保存为FASTAFASTA格式。格式。选定保存位置。选定保存位置。选选FASTAFASTA格式。格式。给给sequence(s)sequence(s)命名。命名。单击保存则可。单击保存则可。GeneQuestGeneQuest可以帮助你发现和注释可以帮助你发现和注释DNADNA序列中序列中的基因，并帮助您操作生物学所关心的的基因，并帮助您操作生物学所关心的DNADNA的其的其他他featurefeature：包括：包括ORFSORFS、拼接点连接，转录因子、拼接点连接，转录因子结合位点、重复序列、限制性内切酶酶切位点等。结合位点、重复序列、限制性内切酶酶切位点等。通过应用通过
11、应用“methods”methods”到序列，序列的到序列，序列的featurefeature可可以以图形的形式展示出来。你可以在序列上注释以以图形的形式展示出来。你可以在序列上注释任何你发现的任何你发现的featurefeature。和其它的应用程序一样，。和其它的应用程序一样，GeneQuestGeneQuest也提供整合的也提供整合的BLASTBLAST和和EntrezEntrez寻找功能。寻找功能。GeneQuestGeneQuest能直接打开能直接打开DNASTARDNASTAR，ABIABI和和GenBankGenBank文件。其他格式的序列文件也可文件。其他格式的序列文件也可以使
12、用以使用EditSeqEditSeq改为改为DNASTARDNASTAR格式。如果格式。如果你知道你知道GenbankGenbank序列的登录号或名称，你序列的登录号或名称，你可以直接打开序列。另外，你还可以在可以直接打开序列。另外，你还可以在EntrezEntrez数据库进行序列查找和输入。数据库进行序列查找和输入。GeneQuestGeneQuest的的DNADNA分析方法分析方法 打开打开GeneQuestGeneQuest文件后，下一步是选择应文件后，下一步是选择应用方法。应用方法后，结果的图形显示用方法。应用方法后，结果的图形显示可以帮助你了解序列上感兴趣的可以帮助你了解序列上感兴趣
13、的featuresfeatures。打开序列后，你会发现只有。打开序列后，你会发现只有几种方法应用后的结果展示在窗口内。几种方法应用后的结果展示在窗口内。在这一部分中，我们将学习如何把其它在这一部分中，我们将学习如何把其它方法用于我们序列的分析。方法用于我们序列的分析。TitleTitle给文件取名。给文件取名。RulerRuler在文件中加入标尺。在文件中加入标尺。SequenceSequence显示文件中的序列。显示文件中的序列。Patterns-MatrixPatterns-Matrix方法的运算参数。方法的运算参数。Patterns-SignalPatterns-Signal转录因子结
14、合位点转录因子结合位点数据库。数据库。Patterns-Type-In PatternsPatterns-Type-In Patterns使用键使用键盘输入运算所需的盘输入运算所需的PatternPattern参数。参数。Repeats-Inverted RepeatsRepeats-Inverted Repeats寻找反向重复寻找反向重复序列。序列。Repeats-Dyad RepeatsRepeats-Dyad Repeats寻找寻找DyadDyad重复和重复和palindromespalindromes。Repeats-Direct RepeatsRepeats-Direct Repea
15、ts寻找正向重复序寻找正向重复序列。列。Gene Finding-DNA FinderGene Finding-DNA Finder在打开在打开的的DNADNA序列中寻找指定序列中寻找指定DNADNA序列。分别显示正义序列。分别显示正义链和反义链的寻找结果。链和反义链的寻找结果。Gene Finding-Protein FinderGene Finding-Protein Finder在打开在打开的蛋白质序列中寻找指定的蛋白质序列中寻找指定DNADNA序列的翻译序列。序列的翻译序列。显示结果为全部显示结果为全部6 6个读框。个读框。Enzymes-Restriction MapEnzymes-
16、Restriction Map用用DNASTARDNASTAR酶目酶目录中的酶分析打开的序列，并以图形方式展示。录中的酶分析打开的序列，并以图形方式展示。Coding Prediction-BorodovskyCoding Prediction-Borodovsky用用Borodovskys MarkovBorodovskys Markov方法来识别潜在的基因方法来识别潜在的基因编码区，并以图形方式展示。编码区，并以图形方式展示。Coding Prediction-Starts Stops ORFsCoding Prediction-Starts Stops ORFs根据指定的根据指定的ORF
17、sORFs的最小长度，寻找可能的开的最小长度，寻找可能的开放读框，可以选择是否需要起始密码子。读框放读框，可以选择是否需要起始密码子。读框的启始和中止点分别展示。的启始和中止点分别展示。Coding PredictionCoding PredictionLocal Compositional Local Compositional ComplexityComplexity根据根据ShannonShannon信息学原理寻找信息学原理寻找有基因编码提示信息的区域。有基因编码提示信息的区域。Base Contents-Base DistributionBase Contents-Base Distr
18、ibution序列序列上上4 4种碱基、种碱基、A+TA+T和和G+CG+C的频率、分布，以及的频率、分布，以及ATAT和和gcgc分布区域。分布区域。Bent DNA-Bending IndexBent DNA-Bending IndexDNADNA折叠预测。折叠预测。用分析方法操作用分析方法操作 调用新的调用新的GeneQuestGeneQuest方法的步骤是：从方法的步骤是：从More More MethodsMethods中选择方法，加入方法帘（中选择方法，加入方法帘（method method curtaincurtain），待方法运行完毕后，选择性的拖），待方法运行完毕后，选择性的
19、拖取结果放入分析界面（取结果放入分析界面（assay surfaceassay surface）即可）即可（见下图）。在本节中，我们使用（见下图）。在本节中，我们使用Bent DNA-Bent DNA-Bending IndexBending Index方法进行分析。方法进行分析。从从ANALYSIS MENUANALYSIS MENU选择选择Show Available Show Available MethodsMethods可以打开方法帘，也可以通过拖动分可以打开方法帘，也可以通过拖动分析界面左上角的小环打开方法帘。方法帘中包析界面左上角的小环打开方法帘。方法帘中包括已经用于分析的全部方
20、法。括已经用于分析的全部方法。你将注意到方法帘没有你将注意到方法帘没有Bent DNA-Bending Bent DNA-Bending Index methodIndex method。在方法帘的顶端，点击。在方法帘的顶端，点击More More MethodsMethods打开一个下拉菜单，其中有可以用于打开一个下拉菜单，其中有可以用于分析的所有方法，点击分析的所有方法，点击Bent DNA-Bending Bent DNA-Bending Index methodIndex method，该方法就进入了方法帘。，该方法就进入了方法帘。若查看方法帘中的方法是否已经被应用，点击若查看方法帘中
21、的方法是否已经被应用，点击其右边的三角形。如果图标前有数字表明该方其右边的三角形。如果图标前有数字表明该方法已经使用，数字表示应用的次数。因为我们法已经使用，数字表示应用的次数。因为我们还没有应用还没有应用Bent DNA-Bending IndexBent DNA-Bending Index，所以，所以点击三角形，会发现图标前没有数字。点击三角形，会发现图标前没有数字。点击白颜色的位置去除对图标的选择。点击白颜色的位置去除对图标的选择。单击选定单击选定“Bend Region,”Bend Region,”，将其拖到分析界，将其拖到分析界面，释放鼠标。序列中可能会折叠的区域就会面，释放鼠标。序
22、列中可能会折叠的区域就会以小盒子的形式显示出来。以小盒子的形式显示出来。以以RNARNA折叠形式查看序列的一折叠形式查看序列的一部分部分 选定目的序列，在选定目的序列，在ANALYSIS MENURNAANALYSIS MENURNA菜菜单中选择单中选择Fold as RNAFold as RNA命令。命令。序列酶切，模仿序列酶切，模仿agaroseagarose凝胶凝胶电泳判定大小电泳判定大小 打开方法帘（打开方法帘（method curtainmethod curtain）。）。从从More MethodsMore Methods中选择中选择Enzymes-Enzymes-Restrict
23、ion Map Restriction Map 加入方法帘。加入方法帘。单击图标左边的蓝色三角形，打开内切单击图标左边的蓝色三角形，打开内切酶一览表。注意方法帘仅仅显示那些最酶一览表。注意方法帘仅仅显示那些最少切割一次少切割一次DNADNA序列的酶。刚打开酶一览序列的酶。刚打开酶一览表时，所有的酶都被选中了，在空白处表时，所有的酶都被选中了，在空白处单击一下去除选定。单击一下去除选定。选定特定的酶，拖入分析界面，即可以选定特定的酶，拖入分析界面，即可以看见该酶的酶切位点在序列上的位置。看见该酶的酶切位点在序列上的位置。从从SITES&FEATURES MENUSITES&FEATURES ME
24、NU菜单选择菜单选择Agarose Gel SimulationAgarose Gel Simulation。新窗口即显示酶切片段在新窗口即显示酶切片段在electrophoreticelectrophoretic的分离情况（如图）。的分离情况（如图）。保存分析文件保存分析文件 从文件菜单，选保存。从文件菜单，选保存。选定文件的保存位置，给文件命名。选定文件的保存位置，给文件命名。单击保存。单击保存。你所应用和展示的所有信息都会被保存。你所应用和展示的所有信息都会被保存。根据实验设计，分析和实验结果的展示根据实验设计，分析和实验结果的展示需要的不同，需要的不同，MapDrawMapDraw可以
25、制作可以制作6 6种类的种类的酶切图。从简单的线性图到有注释的环酶切图。从简单的线性图到有注释的环形图，在展示限制性酶切位点的同时，形图，在展示限制性酶切位点的同时，还可以同时展示序列的还可以同时展示序列的featurefeature，六个读，六个读框及其翻译结果。框及其翻译结果。MapDrawMapDraw也以自动展示也以自动展示从从GenBankGenBank输入序列的输入序列的featuresfeatures。你可以按照位置、酶切频率等来排列你的酶切你可以按照位置、酶切频率等来排列你的酶切位点。另外，你可以用手工选任何酶切位点的位点。另外，你可以用手工选任何酶切位点的结合。酶切位点过滤器
26、（结合。酶切位点过滤器（filtersfilters）也可以使）也可以使用用Boolean operatorsBoolean operators联合使用。联合使用。MapDrawMapDraw工具能使你规划酶切位点和克隆实验，工具能使你规划酶切位点和克隆实验，产生详细，充分地结果概括。和其他应用程序产生详细，充分地结果概括。和其他应用程序一样，一样，MapDrawMapDraw也提供整合的也提供整合的BLASTBLAST查找功能。查找功能。新酶切图制作新酶切图制作我们以一段我们以一段DNADNA序列序列Demo Sequences.Demo Sequences.”文文件夹下的件夹下的“teth
27、is21.seqtethis21.seq”为例。首先为例。首先我们寻找能够切割其序列的酶切位点。我们寻找能够切割其序列的酶切位点。从文件菜单选择从文件菜单选择NewNew打开右边的对话框。打开右边的对话框。打开打开“Demo SequencesDemo Sequences”文件夹。文件夹。双击打开双击打开TETHIS21.seqTETHIS21.seq（见下）。（见下）。过滤器类型过滤器类型过滤器（过滤器（filterfilter）是你定义的可以使用的酶切位）是你定义的可以使用的酶切位点的集合。在你自定义过滤器之前，所有酶切点的集合。在你自定义过滤器之前，所有酶切位点都会用于序列分析。你可以用
28、和或来组位点都会用于序列分析。你可以用和或来组合过滤器。合过滤器。MapDrawMapDraw内置的过滤器如下：内置的过滤器如下：OverhangOverhang过滤器是根据一套你定义的过滤器是根据一套你定义的OverhangOverhang准则归类的酶切位点。这些准则包括准则归类的酶切位点。这些准则包括3 3和和5 5端突出，与别的酶切位点互补以及兼并的末端端突出，与别的酶切位点互补以及兼并的末端突出。克隆试验中，可以使用这个过滤器寻找突出。克隆试验中，可以使用这个过滤器寻找互补末端。互补末端。频率（频率（FrequencyFrequency）过滤器是指根据出现于指）过滤器是指根据出现于指定
29、的范围序列上的频率归类的酶切位点。我们定的范围序列上的频率归类的酶切位点。我们将下面使用这个过滤器型。将下面使用这个过滤器型。种类和复杂性过滤器（种类和复杂性过滤器（Class&ComplexityClass&Complexity）是根据酶切位点种类归类的酶切位点。这些种是根据酶切位点种类归类的酶切位点。这些种类包括：类包括：I I型（随机）或型（随机）或IIII型（明确），或者型（明确），或者I I型型+II+II型。这过滤器也可以根据位点复杂性、型。这过滤器也可以根据位点复杂性、价钱和来源进行归类。价钱和来源进行归类。手动选择过滤器（手动选择过滤器（Manual PickManual Pi
30、ck）允许你按需）允许你按需要选定酶切位点。在随后的一部分中，我们学要选定酶切位点。在随后的一部分中，我们学习使用手动选择过滤器的方法。习使用手动选择过滤器的方法。频率过滤器应用频率过滤器应用首先让我们用频率过滤器来删除任何可以两次切首先让我们用频率过滤器来删除任何可以两次切割我们序列的酶。割我们序列的酶。从从ENZYME MENUENZYME MENU，选，选New FilterNew Filter，然后，然后FrequencyFrequency打开参数对话框。打开参数对话框。在在MinMin和和MaxMax对应的框中输入数字对应的框中输入数字1 1和和2 2，其他的，其他的参数不变。这个设
31、定将我们序列中切割多于两参数不变。这个设定将我们序列中切割多于两次的位点自动删除。次的位点自动删除。在过滤器名字框中，输入在过滤器名字框中，输入“Two-cuts-max.Two-cuts-max.”。单击单击ApplyApply将过滤器用于序列分析将过滤器用于序列分析然后然后OKOK退出参数对话框。你将注意到在图上酶切位点退出参数对话框。你将注意到在图上酶切位点的数目现在大大地减少了。的数目现在大大地减少了。应用手动过滤器应用手动过滤器应用手动过滤器应用手动过滤器,还可以挑选我们一些需要的酶，还可以挑选我们一些需要的酶，用来看看切割用来看看切割TETHIS21TETHIS21序列的情况。序列
32、的情况。从从MAP MENUMAP MENU选选Linear MinimapLinear Minimap。打开的窗口显。打开的窗口显示每个限制酶切割位点的位置。示每个限制酶切割位点的位置。从从ENZYME MENUENZYME MENU，选，选New FilterNew Filter然后然后Manual PickManual Pick。打开酶切位点过滤器编辑器。打开酶切位点过滤器编辑器。把把Apo IApo I从右边的窗口拖进左边的窗口。给过从右边的窗口拖进左边的窗口。给过滤器取名。在这我们把过滤器叫做滤器取名。在这我们把过滤器叫做“Apo I.Apo I.”。点击点击ApplyApply然后
33、然后OKOK，就保存并应用，就保存并应用“Apo Apo I.I.”过滤器了。过滤器了。显示酶信息显示酶信息内切酶编辑器（内切酶编辑器（Enzyme EditorEnzyme Editor）使你能够查看）使你能够查看内切酶的各种相关信息，包括其名字，识别序内切酶的各种相关信息，包括其名字，识别序列，列，isoschisomersisoschisomers，种类，价格，销售公司，种类，价格，销售公司和有效性等详细的信息。你对这些信息可以进和有效性等详细的信息。你对这些信息可以进行添加或删除操作。行添加或删除操作。打开酶编辑窗（如下），双击任意一个酶的名打开酶编辑窗（如下），双击任意一个酶的名字。
34、字。箭头显示酶识别序列和切割位点。箭头显示酶识别序列和切割位点。你可以按照你可以按照“GeneQuestGeneQuest”上的方法在序列上上的方法在序列上添加新添加新FeatureFeature，并作注释。，并作注释。环形展示环形展示 从从MAP MENUMAP MENU，选择，选择Circular IllustrationCircular Illustration，打开左边的窗口。（如果此时有太多的酶切位打开左边的窗口。（如果此时有太多的酶切位点，你可以加入其他的过滤器）。点，你可以加入其他的过滤器）。通过通过OPTIONS MENUOPTIONS MENU的的Drawing SizeDr
35、awing Size调整图画的调整图画的大小。大小。2 2条红线相会的角是你可以做的最小图条红线相会的角是你可以做的最小图画的范围。在窗口内点击任何位置，图形大小画的范围。在窗口内点击任何位置，图形大小将显示为那么大。将显示为那么大。单击同意。单击同意。ORFORF图图 从从MAP MENUMAP MENU，选，选ORF MapORF Map打开右边显示的六读打开右边显示的六读框的开放读框窗口。默认的终止和开始框的开放读框窗口。默认的终止和开始codonscodons可以使用指定的遗传密码。方法见可以使用指定的遗传密码。方法见EditSeqEditSeq。从从OPTIONS MENUOPTIO
36、NS MENU中选择中选择ORF CriteriaORF Criteria可以设定可以设定参数。你能调整最小的参数。你能调整最小的ORFORF长度，定义上游启长度，定义上游启动子和距上游启动子的距离，选定后单击同意动子和距上游启动子的距离，选定后单击同意即可。即可。放大放大ORFORF以查看翻译的序列。方法是点击调色以查看翻译的序列。方法是点击调色板工具中板工具中Zoom InZoom In（有的图标），接着，单（有的图标），接着，单击分析界面。重复这些击分析界面。重复这些2 2步直到你能看翻译。步直到你能看翻译。保存退出保存退出 从编辑菜单（从编辑菜单（EDIT MENUEDIT MENU）
37、，选保存地图），选保存地图（Save MapSave Map）。）。选择保存位置，命名。选择保存位置，命名。单击保存（苹果计算机）或同意（视窗）。单击保存（苹果计算机）或同意（视窗）。从文件菜单（从文件菜单（FILE MENFILE MEN），选择放弃（苹果计），选择放弃（苹果计算机）或者退出（视窗），电脑提示保存或放算机）或者退出（视窗），电脑提示保存或放弃；选择保存，则你操作的所有结果都会保存弃；选择保存，则你操作的所有结果都会保存起来，否则结果会全部丢失。起来，否则结果会全部丢失。4.安装结束后，打开安装结束后，打开C盘盘Program FilesDnastar文件夹。文件夹。5.将临时文件夹中的应用程序将临时文件夹中的应用程序Seqman，GeneQuest，Mapdraw逐个拷贝到逐个拷贝到Program FilesDnastar中的相应文件中的相应文件夹中，覆盖原来的应用程序。夹中，覆盖原来的应用程序。6.在在“开始开始”菜单中选择运行相应的应菜单中选择运行相应的应用程序。用程序。
