1、第六章第六章 蛋白质翻译后修饰的鉴定蛋白质翻译后修饰的鉴定 许多蛋白质在翻译中或翻译后在氨基许多蛋白质在翻译中或翻译后在氨基酸链上共价结合各种非肽类基团，形成酸链上共价结合各种非肽类基团，形成翻译后修饰。修饰约有翻译后修饰。修饰约有3030多种类型。多种类型。Post-Translational Modifications(PTM)酰胺化酰胺化甲硫基化甲硫基化氨甲酰化氨甲酰化次磺酸次磺酸亚磺酸亚磺酸脱酰胺化脱酰胺化甲酰化甲酰化豆蔻酸化豆蔻酸化辛基化辛基化棕榈酰化棕榈酰化硫辛酸化硫辛酸化亚硝基化亚硝基化磷酸吡哆醇化磷酸吡哆醇化磷酸泛酰巯基乙胺化磷酸泛酰巯基乙胺化三棕榈酸 三棕榈酸化三棕榈酸化瓜氨
2、酸化瓜氨酸化最常见修饰包括磷酸化，糖基化。最常见修饰包括磷酸化，糖基化。蛋白质的糖基化修饰和磷酸化修饰在生命活蛋白质的糖基化修饰和磷酸化修饰在生命活动中具有重要的调控作用，因此也是目前蛋动中具有重要的调控作用，因此也是目前蛋白质组中翻译后修饰研究的热点。白质组中翻译后修饰研究的热点。第一节第一节 磷酸化蛋白质的鉴定磷酸化蛋白质的鉴定一一 生物体内的蛋白质磷酸化修饰及其功能生物体内的蛋白质磷酸化修饰及其功能Analysis of the entire complement of phosphorylated proteins in cells:“phosphoproteome”。蛋白质磷酸化是最
3、常见、最重要的共价修饰方式。在蛋白质磷酸化是最常见、最重要的共价修饰方式。在哺乳动物细胞周期中，大约有哺乳动物细胞周期中，大约有1 13 3的蛋白质发生过磷酸的蛋白质发生过磷酸化的修饰，在脊推动物基因组中，有化的修饰，在脊推动物基因组中，有5 5的基因编码的蛋的基因编码的蛋白质是参与磷酸化和去磷酸化过程的蛋白激酶白质是参与磷酸化和去磷酸化过程的蛋白激酶(kinase)kinase)和磷酸和磷酸(酯酯)酶酶(phosphatase)phosphatase)。蛋内质的磷酸化和去磷酸化这一可逆过程几乎调节蛋内质的磷酸化和去磷酸化这一可逆过程几乎调节着生命活动的所有过程，包括细胞的增殖、发育和分化着生
4、命活动的所有过程，包括细胞的增殖、发育和分化 ，细胞骨架调控、细胞凋亡等。细胞骨架调控、细胞凋亡等。真核细胞蛋白质的磷酸化翻译后修饰真核细胞蛋白质的磷酸化翻译后修饰一般是一般是O-O-磷酸化即磷酸化位点在蛋白磷酸化即磷酸化位点在蛋白质的质的丝氨酸丝氨酸(Ser)Ser)、苏氨酸苏氨酸(Thr)Thr)和和酪氨酪氨酸酸(Tyr)Tyr)残基侧链的羟基上。残基侧链的羟基上。原核生物中蛋白质的磷酸化位点常在原核生物中蛋白质的磷酸化位点常在组氨酸组氨酸(His)His)、天冬氨酸天冬氨酸(Asp)Asp)和和谷氨酸谷氨酸(Glu)Glu)，此外，此外，在赖氨酸在赖氨酸(Lys)Lys)、精氨酸精氨酸(
5、Arg)Arg)和和半胱氨酸半胱氨酸(Cys)Cys)也会发生磷酸化也会发生磷酸化修饰。修饰。不同的蛋白激酶可识别和修饰不同蛋不同的蛋白激酶可识别和修饰不同蛋白质的不同位点白质的不同位点(不同的氨基酸顺序不同的氨基酸顺序)。真核细胞蛋白质中常见的几种磷酸真核细胞蛋白质中常见的几种磷酸化修饰氨基酸残基的结构化修饰氨基酸残基的结构二二.磷酸化蛋白质分析概述磷酸化蛋白质分析概述 传统的磷酸化蛋白质的分析有许多是利用传统的磷酸化蛋白质的分析有许多是利用体外激酶反应使蛋白质被磷酸化修饰，产生体外激酶反应使蛋白质被磷酸化修饰，产生足够用于分析的磷酸化蛋白，经化学或质谱足够用于分析的磷酸化蛋白，经化学或质谱
6、分析确定磷酸化位点，例如分析确定磷酸化位点，例如EdmanEdman测序和串联测序和串联质谱测序。同时为了证明体外研究确定的磷质谱测序。同时为了证明体外研究确定的磷酸化位点确实具有生物学意义，还必须证实酸化位点确实具有生物学意义，还必须证实在体内存在相同的磷酸化位点。在体内存在相同的磷酸化位点。通常通过比较磷酸化蛋白质的二维磷酸肽通常通过比较磷酸化蛋白质的二维磷酸肽图得以证实。当体内和体外同一磷酸化蛋白图得以证实。当体内和体外同一磷酸化蛋白质酶切后各自的磷酸肽在二维谱图中共迁移质酶切后各自的磷酸肽在二维谱图中共迁移时，可认为体内、体外磷酸化蛋白有相同的时，可认为体内、体外磷酸化蛋白有相同的磷酸
7、化位点。磷酸化位点。传统分析方法的局限性传统分析方法的局限性 这个方法间接确定了体内蛋白质的磷酸这个方法间接确定了体内蛋白质的磷酸化位点，并未直接分析体内磷酸化蛋白化位点，并未直接分析体内磷酸化蛋白质；质；在分析中为了追踪磷酸化蛋白质和磷酸在分析中为了追踪磷酸化蛋白质和磷酸化肽段，一般都要采用放射性标记，所化肽段，一般都要采用放射性标记，所以存在放射性污染的问题；以存在放射性污染的问题；一次只能分析一个目的蛋白质，不适应一次只能分析一个目的蛋白质，不适应蛋白质组大规模、整体分析的策略蛋白质组大规模、整体分析的策略。现在技术现在技术 从蛋白质组的规模上分析磷酸化蛋白质，从蛋白质组的规模上分析磷酸
8、化蛋白质，目前最常用的分离技术还是二维凝胶电泳技目前最常用的分离技术还是二维凝胶电泳技术。术。细胞蛋白质经二维凝胶电泳分离后，磷酸细胞蛋白质经二维凝胶电泳分离后，磷酸化蛋白质的检测通常用化蛋白质的检测通常用3232P P放射性标记放射自放射性标记放射自显影和抗磷酸氨基酸抗体免疫反应的方法。显影和抗磷酸氨基酸抗体免疫反应的方法。磷酸化蛋白质的鉴定可以用肽质量指纹谱方磷酸化蛋白质的鉴定可以用肽质量指纹谱方法或串联质谱测序方法；磷酸化位点的鉴定法或串联质谱测序方法；磷酸化位点的鉴定可用磷酸酶法、串联质谱侧序法等。有些情可用磷酸酶法、串联质谱侧序法等。有些情况下，在质谱分析前还需要对磷酸肽进行富况下，
9、在质谱分析前还需要对磷酸肽进行富集，如金属螯合离子亲和提取法。集，如金属螯合离子亲和提取法。三三.磷酸化蛋白质的检测磷酸化蛋白质的检测1.1.32 32P P放射性标记法放射性标记法 从蛋白质组水平检测磷酸化蛋白质最从蛋白质组水平检测磷酸化蛋白质最经典的方法是经典的方法是3232P P放射性标记法。也就是放射性标记法。也就是用放射性用放射性3232P P标记的标记的ATPATP处理细胞，使处理细胞，使3232P P接入磷酸化蛋白质。接入磷酸化蛋白质。具体方法是：具体方法是：培养待标记的细胞至适当的生长期，培养待标记的细胞至适当的生长期，在生长旺盛的细胞中磷酸盐的转运达到在生长旺盛的细胞中磷酸盐
10、的转运达到最高峰用不含磷酸盐的标记培养液最高峰用不含磷酸盐的标记培养液(如如DMEM)DMEM)替换原来的细胞培养液，并加替换原来的细胞培养液，并加入入3232P P标记磷酸盐共培养，使细胞标记磷酸盐共培养，使细胞ATPATP库库与与3232P P平衡，蛋白激酶利用被放射标记的平衡，蛋白激酶利用被放射标记的ATPATP使底物磷酸化。培养约使底物磷酸化。培养约2 2h h后裂解细后裂解细胞提取蛋白质，随后进行胞提取蛋白质，随后进行2 2D D电泳分离，电泳分离，放射自显影检测磷酸化蛋白质。放射自显影检测磷酸化蛋白质。局限性局限性对某些磷酸转换速率较低的磷酸化蛋白质，对某些磷酸转换速率较低的磷酸化
11、蛋白质，只能掺入少量的放射性磷酸盐，有可能检测只能掺入少量的放射性磷酸盐，有可能检测不到。不到。不同的氨基酸有不一样的磷酸化去磷酸化不同的氨基酸有不一样的磷酸化去磷酸化代谢速率，所以掺入代谢速率，所以掺入3232P P磷酸盐的速率也是不磷酸盐的速率也是不一样的，在不同磷酸化氨基酸之间进行定量一样的，在不同磷酸化氨基酸之间进行定量比较时要注意这一问题。比较时要注意这一问题。放射性标记方法虽然灵敏而且直观，但是因放射性标记方法虽然灵敏而且直观，但是因为存在放射性污染的问题，所以在相当多的为存在放射性污染的问题，所以在相当多的实验室是不适用的。实验室是不适用的。2 2抗体免疫印迹检测法抗体免疫印迹检
12、测法用抗磷酸氨基酸抗体与磷酸化蛋白质用抗磷酸氨基酸抗体与磷酸化蛋白质进行免疫印迹反应来检出磷酸化蛋白质进行免疫印迹反应来检出磷酸化蛋白质也是目前较常用的磷酸化蛋白质分析方也是目前较常用的磷酸化蛋白质分析方法。法。1.1.抗酪氨酸磷酸盐抗体的特异性最好抗酪氨酸磷酸盐抗体的特异性最好 2.2.抗磷酸化丝氨酸和苏氨酸抗体的特抗磷酸化丝氨酸和苏氨酸抗体的特 异性不太高。异性不太高。一般步骤：一般步骤：a)细胞蛋白质样品的制备细胞蛋白质样品的制备 细胞培养结束后加裂解液提取细胞蛋细胞培养结束后加裂解液提取细胞蛋白质。裂解液中要加入一定浓度的酶抑白质。裂解液中要加入一定浓度的酶抑制剂。以避免细胞裂解后发生
13、的蛋白质制剂。以避免细胞裂解后发生的蛋白质磷酸化或去磷酸化作用。磷酸化或去磷酸化作用。b)b)一维或二维电泳分离细胞蛋白质一维或二维电泳分离细胞蛋白质 按照常规按照常规SDS-PAGESDS-PAGE或双向电泳的操作步或双向电泳的操作步 骤进行蛋白质分离。骤进行蛋白质分离。c)c)转膜：电泳结束后将胶上蛋白质电转印到膜转膜：电泳结束后将胶上蛋白质电转印到膜上，如：上，如：PVDFPVDF膜膜(Po1yvinylidene fluorinePo1yvinylidene fluorine聚偏二氟乙烯聚偏二氟乙烯)。d)Western blotting d)Western blotting 反应转印
14、完成后转印膜反应转印完成后转印膜要进行封闭及与抗体反应要进行封闭及与抗体反应。e)e)蛋白质的鉴定蛋白质的鉴定 为了鉴定检测出的磷酸化蛋白质，可以平为了鉴定检测出的磷酸化蛋白质，可以平行运行两块行运行两块2 2D D胶。其中一块作为分析胶、另一胶。其中一块作为分析胶、另一块作为制备胶。将分析胶分离的细胞蛋白质电块作为制备胶。将分析胶分离的细胞蛋白质电转印到转印到PVDFPVDF膜上，进行免疫印迹反应检测出膜上，进行免疫印迹反应检测出磷酸化蛋白质，再染色显出其他全部蛋白质。磷酸化蛋白质，再染色显出其他全部蛋白质。制备胶分离的蛋白质直接染色后，与分析胶转制备胶分离的蛋白质直接染色后，与分析胶转膜后
15、的谱图及免疫印迹后的膜后的谱图及免疫印迹后的x x胶片进行对比，胶片进行对比，在制备胶上找出相应的磷酸化蛋白质进行进一在制备胶上找出相应的磷酸化蛋白质进行进一步分析、鉴定。步分析、鉴定。磷酸化蛋出质组的抗体免疫印迹分析策略磷酸化蛋出质组的抗体免疫印迹分析策略样品制备样品制备CBB染色染色膜转印膜转印磷酸氨基酸抗体免疫检测磷酸氨基酸抗体免疫检测 磷酸化蛋白质磷酸化蛋白质CBB染色得到染色得到全部蛋白质点全部蛋白质点磷酸化蛋白质鉴定磷酸化蛋白质鉴定制备型制备型2D胶电泳胶电泳分析型分析型2D胶电泳胶电泳 找出相应的找出相应的磷酸化蛋白质磷酸化蛋白质图谱比较图谱比较四、蛋白质磷酸化位点的分析四、蛋白
16、质磷酸化位点的分析 1磷酸肽的分离和富集磷酸肽的分离和富集 常用的分析方法是将蛋白质酶解成肽段，常用的分析方法是将蛋白质酶解成肽段，找到被磷酸化修饰的肽段，并对该肽段进行找到被磷酸化修饰的肽段，并对该肽段进行序列分析，确定发生磷酸化的氨基酸位点。序列分析，确定发生磷酸化的氨基酸位点。由于蛋白质磷酸化的化学计量值较低，由于蛋白质磷酸化的化学计量值较低，磷酸化肽段的信号丰度会比相应未磷酸化肽磷酸化肽段的信号丰度会比相应未磷酸化肽段的丰度要低。因此需要分离富集磷酸肽。段的丰度要低。因此需要分离富集磷酸肽。(1)(1)反相液相色谱反相液相色谱(RP-HPLC)RP-HPLC)分离磷酸肽分离磷酸肽 经经
17、RP-HPLCRP-HPLC分离，肽混合物成分可以被简分离，肽混合物成分可以被简化，磷酸肽可根据其疏水性被分离。化，磷酸肽可根据其疏水性被分离。RP-HPLCRP-HPLC系统可以与电喷雾系统可以与电喷雾(ESI)ESI)质谱连接，使用质谱连接，使用HPLC-HPLC-MSMSMSMS串联系统，可以直接检测和鉴定肽混合串联系统，可以直接检测和鉴定肽混合物中的磷酸肽，尤其适用于没有被放射性标记物中的磷酸肽，尤其适用于没有被放射性标记的分析样品。的分析样品。(2)IMAC分离富集磷酸肽分离富集磷酸肽 固相金属亲和色谱（固相金属亲和色谱（immobilized metal affinity chro
18、matography IMAC)原来用来纯原来用来纯化含组氨酸的蛋白质，现在也常被用来选择化含组氨酸的蛋白质，现在也常被用来选择性富集磷酸肽。性富集磷酸肽。磷酸基团与固相化的金属离子有高亲和力，磷酸基团与固相化的金属离子有高亲和力，可被选择性地吸附在上面，用高可被选择性地吸附在上面，用高pH溶液或溶液或磷酸盐洗脱后即为富集的磷酸肽。磷酸盐洗脱后即为富集的磷酸肽。L Limitation:non-specific binding to acidic side chains(D,E).Solution:Derivatize all peptides by methyl esterification
19、 to reduce non-specific binding by carboxylate.groups.(3)(3)磷酸基团亲和取代磷酸基团亲和取代 将磷酸肽上的磷酸基团用另一种亲和将磷酸肽上的磷酸基团用另一种亲和配基取代，再用亲和提取的方法从混合配基取代，再用亲和提取的方法从混合中分离富集磷酸肽。目前有中分离富集磷酸肽。目前有2 2种亲和配基种亲和配基取代方法。取代方法。一种方法是使磷酸基团在碱性条件下发一种方法是使磷酸基团在碱性条件下发生生消除，然后由疏基乙醇取代磷酸基团的位消除，然后由疏基乙醇取代磷酸基团的位置，最后在疏基上通过交联剂连接上生物素，置，最后在疏基上通过交联剂连接上生物
20、素，生物素取代的磷酸肽由亲和素色谱柱分离。这生物素取代的磷酸肽由亲和素色谱柱分离。这种方法只适合于磷酸化丝氨酸和磷酸化苏氨酸种方法只适合于磷酸化丝氨酸和磷酸化苏氨酸磷酸肽的取代。磷酸肽的取代。另一种方法是通过化学反应在磷酸另一种方法是通过化学反应在磷酸基 团 上 连 接 一 个 半 胱 胺 基 团基 团 上 连 接 一 个 半 胱 胺 基 团(cysteamine)cysteamine)，修饰的磷酸肽用固相修饰的磷酸肽用固相化的碘乙酰凝胶亲和提取。这种方法化的碘乙酰凝胶亲和提取。这种方法适合各种磷酸氨基酸的修饰。适合各种磷酸氨基酸的修饰。(二碳酸二叔丁酯二碳酸二叔丁酯)(半胱胺基半胱胺基)（碘
21、乙酰凝胶）（碘乙酰凝胶）这两种亲和取代方法都需要进行这两种亲和取代方法都需要进行化学反应，化学反应，为了避免副反应的影响，为了避免副反应的影响，都需要对蛋白质中的一些活性基团进都需要对蛋白质中的一些活性基团进行保护，行保护，所以整个反应体系还是比较所以整个反应体系还是比较复杂的。复杂的。磷酸化蛋白质染料磷酸化蛋白质染料 (1)MALDI-TOF-MS(1)MALDI-TOF-MS结合磷酸酶水解分析结合磷酸酶水解分析法，这是蛋白质磷酸肽鉴定的常用手段。法，这是蛋白质磷酸肽鉴定的常用手段。首先将磷酸化蛋白用蛋白水解酶水解为首先将磷酸化蛋白用蛋白水解酶水解为肽片段，再用磷酸肽片段，再用磷酸(酯酯)酶
22、处理肽段，使肽段酶处理肽段，使肽段脱磷酸。磷酸化氨基酸残基脱磷酸后，肽段脱磷酸。磷酸化氨基酸残基脱磷酸后，肽段失去了一个失去了一个HPOHPO3 3分子，相应肽段的质量减少分子，相应肽段的质量减少8080DaDa用质谱分析磷酸酶作用前后肽质量谱的用质谱分析磷酸酶作用前后肽质量谱的差异，寻找质量数减少差异，寻找质量数减少8080DaDa或或8080倍数的肽段。倍数的肽段。这样不仅可以用这样不仅可以用PMFPMF的方法鉴定蛋白质，又的方法鉴定蛋白质，又可基本确定发生磷酸化的肽段及磷酸化的数可基本确定发生磷酸化的肽段及磷酸化的数目。肽谱分析最常用的质谱仪是目。肽谱分析最常用的质谱仪是MALDI-TO
23、F-MALDI-TOF-MSMS质谱仪。质谱仪。2 2磷酸肽的识别磷酸肽的识别图图7-4是这一是这一方法的简要示意图。方法的简要示意图。(2)(2)PSD-MALDI-MSPSD-MALDI-MS分析分析 源后衰变源后衰变(PSD)PSD)是指发生在源内离子化之后的分子是指发生在源内离子化之后的分子裂解，也就是裂解，也就是MALDI-TOF-MSMALDI-TOF-MS离子源内产生的离子在真离子源内产生的离子在真空无电场飞行管道飞行过程中发生结构断裂，丢失一空无电场飞行管道飞行过程中发生结构断裂，丢失一个中性分子后产生了碎片离子。由于是在无电场区飞个中性分子后产生了碎片离子。由于是在无电场区飞
24、行行,所以碎片离子都具有与其前体离子相同的飞行速度，所以碎片离子都具有与其前体离子相同的飞行速度，但由于质量小，所以其动能比前体离子的动能小，称但由于质量小，所以其动能比前体离子的动能小，称为亚稳离子。由于前体离子和碎片离子具有相同的表为亚稳离子。由于前体离子和碎片离子具有相同的表观质荷比，飞行速度也一样，所以将同时到达线性检观质荷比，飞行速度也一样，所以将同时到达线性检测器在线性测器在线性TOFTOF分析器中，不能分辨碎片离子与前体分析器中，不能分辨碎片离子与前体离子。而碎片离子与前体离子存在动能差异，所以在离子。而碎片离子与前体离子存在动能差异，所以在具有反射器的具有反射器的MALDI-T
25、OF-MSMALDI-TOF-MS质谱仪上可以通过改变反质谱仪上可以通过改变反射器电压分析到碎片离子。射器电压分析到碎片离子。前述的固相金属离子亲和色谱法也是选择性检测磷前述的固相金属离子亲和色谱法也是选择性检测磷酸肽的方法。它有一个好处是可以直接用酸肽的方法。它有一个好处是可以直接用MALDI-MALDI-TOF-MSTOF-MS分析，即直接用此分析，即直接用此IMACIMAC填料与肽混合物共孵填料与肽混合物共孵育，使磷酸肽与色谱填料结合，离心后填料与磷酸育，使磷酸肽与色谱填料结合，离心后填料与磷酸肽共同沉淀在底部，弃上清，将沉淀清洗几遍后，肽共同沉淀在底部，弃上清，将沉淀清洗几遍后，可直接
26、与可直接与MALDI-MSMALDI-MS的基质溶液混合并进行质谱分析。的基质溶液混合并进行质谱分析。或者使用或者使用IMACIMAC柱将磷酸肽富集洗脱后质谱分析。通柱将磷酸肽富集洗脱后质谱分析。通过比较过比较IMACIMAC处理前后肽谱的变化找到磷酸肽。处理前后肽谱的变化找到磷酸肽。用用MALDI-TOF-MSMALDI-TOF-MS分析分析ZipTipZipTip处理前后的肽段处理前后的肽段m/z 2061.93333到到4848位，序列为位，序列为FQFQS SEEQQQTEDELDKEEQQQTEDELDK，该肽段质荷比的理论值为，该肽段质荷比的理论值为m mz 1981.9z 198
27、1.9，但是在其中的第，但是在其中的第3535位丝氨酸残基上有一个磷酸基位丝氨酸残基上有一个磷酸基团，使该肽段的质量数增加了团，使该肽段的质量数增加了8080而成为质荷比为而成为质荷比为m mz 2061.9z 2061.9的的峰峰(3 3)磷酸化氨基酸位点的确定磷酸化氨基酸位点的确定 要确定其磷酸化位点，需要用串联质谱要确定其磷酸化位点，需要用串联质谱产物离子扫描模式（产物离子扫描模式（product ion scanning)product ion scanning)对磷酸肽进行序列分析。对磷酸肽进行序列分析。MS/MS spectraTrypsinGTVQPASNFNDDSSQGLGTD
28、EGSIVLTQRGTVQPASNFNDDSSQGLGTDEGSIVLTQRSNAQAVEGAGTDESTLIELMATRILVSLALGNRDEGPENLTQAVVAETLNKLLALXGGDDFKLMAAG 将选定的磷酸肽在碰撞诱导解离将选定的磷酸肽在碰撞诱导解离(CID)CID)室打室打碎。检测其产生的全部碎片离子，根据碎片碎。检测其产生的全部碎片离子，根据碎片离子质量数推断肽段序列和磷酸化位点。磷离子质量数推断肽段序列和磷酸化位点。磷酸肽在酸肽在CIDCID室碰撞诱导解离易产生丢失室碰撞诱导解离易产生丢失80 80 Da(HPODa(HPO3 3)和和9898Da(HDa(H3 3PO
29、PO4 4)的子离子，此离子峰的子离子，此离子峰的丰度很高，往往在整个碎片离子谱中占据的丰度很高，往往在整个碎片离子谱中占据主导地位。一般较短的磷酸肽比较长的磷酸主导地位。一般较短的磷酸肽比较长的磷酸肽更易于丢失磷酸肽更易于丢失磷酸磷酸肽的串联质谱图例磷酸肽的串联质谱图例五、蛋白质磷酸化的定量分析五、蛋白质磷酸化的定量分析 蛋白质磷酸化的定量问题，即磷酸化蛋白质磷酸化的定量问题，即磷酸化蛋白质与其相应非磷酸化蛋白质的比例，蛋白质与其相应非磷酸化蛋白质的比例，也是蛋白质组研究非常关心的问题。也是蛋白质组研究非常关心的问题。下面介绍一种稳定同性素标记磷酸化下面介绍一种稳定同性素标记磷酸化蛋白质定量
30、的方法。蛋白质定量的方法。1515N N稳定同位素标记法稳定同位素标记法 将两种细胞在不同的培养基中分别培养，将两种细胞在不同的培养基中分别培养，一种为正常培养基，另一种培养基的氮源有一种为正常培养基，另一种培养基的氮源有1515N N提供，混合两种培养物，提取细胞蛋白。提供，混合两种培养物，提取细胞蛋白。分离目标蛋白质分离目标蛋白质(磷酸化蛋白磷酸化蛋白)后，酶解，提后，酶解，提取肽段，用质谱分析。因为两种细胞蛋白分取肽段，用质谱分析。因为两种细胞蛋白分别掺入别掺入1414N N和和1515N N，所以在质谱图中，每个水解所以在质谱图中，每个水解肽段表现为一对峰。肽段表现为一对峰。14 14
31、N/N/1515N N的同位素丰度比可以体现出两种细胞的同位素丰度比可以体现出两种细胞来源蛋白质表达量的相对水平。来源蛋白质表达量的相对水平。六、小结六、小结 目前，现有的磷酸化蛋白质研究手段还目前，现有的磷酸化蛋白质研究手段还不能满足研究的需要，尤其是对微量磷酸化不能满足研究的需要，尤其是对微量磷酸化蛋白的富集、鉴定、磷酸化的定量，还需要蛋白的富集、鉴定、磷酸化的定量，还需要更持异地富集磷酸化蛋白和磷酸肽的方法。更持异地富集磷酸化蛋白和磷酸肽的方法。磷酸化修饰是蛋白质组研究中一个非常重要磷酸化修饰是蛋白质组研究中一个非常重要的内容，蛋白质磷酸化与其功能密切相关，的内容，蛋白质磷酸化与其功能密
32、切相关，所以磷酸化蛋白质组研究都应在一定的功能所以磷酸化蛋白质组研究都应在一定的功能环境下研究磷酸化蛋白，例如在某一信号转环境下研究磷酸化蛋白，例如在某一信号转导通路内或在某种外界刺激下细胞蛋白质磷导通路内或在某种外界刺激下细胞蛋白质磷酸化的变化。酸化的变化。第二节第二节 糖基化蛋白质的鉴定糖基化蛋白质的鉴定 糖蛋白在各种生命现象中起着重要的作用。糖蛋白在各种生命现象中起着重要的作用。如：细胞识别、信号传导、免疫与应答、分如：细胞识别、信号传导、免疫与应答、分化与反分化等等，都与存在于糖蛋白中的糖化与反分化等等，都与存在于糖蛋白中的糖链的结构与作用有关。自链的结构与作用有关。自1919世纪末人
33、们开始世纪末人们开始提出糖蛋白的概念并加以研究以来，先后明提出糖蛋白的概念并加以研究以来，先后明确了其糖基结构、成分、部分生物学功能，确了其糖基结构、成分、部分生物学功能，以及认识了糖蛋白中的糖苷键类型。以及认识了糖蛋白中的糖苷键类型。随着生物工程技术的发展，也出现了多随着生物工程技术的发展，也出现了多种颇具疗效的由真核细胞表达的糖蛋白类药种颇具疗效的由真核细胞表达的糖蛋白类药物，如干扰素物，如干扰素(IFN)IFN)、促红细胞生成素促红细胞生成素(EPO)EPO)等。由于糖蛋白本身的微不均一性，使得其等。由于糖蛋白本身的微不均一性，使得其结构、位点的差异直接影响到疗效。虽然对结构、位点的差异
34、直接影响到疗效。虽然对重组糖蛋白的质量或结构均一性的控制在某重组糖蛋白的质量或结构均一性的控制在某些方面是可行的，但这些手段都不足以保证些方面是可行的，但这些手段都不足以保证产生单一的糖蛋白产品。因此无论是自然产生单一的糖蛋白产品。因此无论是自然的还是重组的糖蛋白，其结构鉴定就成为一的还是重组的糖蛋白，其结构鉴定就成为一个十分重要的课题个十分重要的课题。传统的糖蛋白分析方法传统的糖蛋白分析方法 将糖蛋白中的糖链及蛋白分开来研究，即将糖蛋白中的糖链及蛋白分开来研究，即利用化学方法如肼解法、氧化还原法或衍生物利用化学方法如肼解法、氧化还原法或衍生物法先将糖链释放，然后用层析法，如法先将糖链释放，然
35、后用层析法，如SephadexSephadex(G-25(G-25或或G-50G-50）进行凝胶层析分离，收集含糖组进行凝胶层析分离，收集含糖组分，或用分，或用SDS-PAGESDS-PAGE、HPLCHPLC等传统的分离分析方等传统的分离分析方法，粗略地观察糖蛋白的分子质量。应用化学法，粗略地观察糖蛋白的分子质量。应用化学方法降解、还原多糖研究糖链结构的方法虽具方法降解、还原多糖研究糖链结构的方法虽具有普遍性，但反应周期长有普遍性，但反应周期长(几小时到几天不等几小时到几天不等)，反应条件难以控制，对糖蛋白的需要量非常大，反应条件难以控制，对糖蛋白的需要量非常大，而且并不是所有的糖蛋白都能适
36、应这种高温、而且并不是所有的糖蛋白都能适应这种高温、碱性的实验条件而不被降解碱性的实验条件而不被降解.现代分析技术现代分析技术 生物质谱法：主要用生物质谱法：主要用MALDI-TOF-MSMALDI-TOF-MS 和和ESI-MSESI-MS等，可以直接分析糖蛋白的相对分等，可以直接分析糖蛋白的相对分子质量、糖基化位点、氨基酸序列以及糖子质量、糖基化位点、氨基酸序列以及糖链结构等。链结构等。一、糖蛋白的结构特征一、糖蛋白的结构特征 糖蛋白是一类由糖类和蛋白质以共价键糖蛋白是一类由糖类和蛋白质以共价键连接而成的结合蛋白，修饰范围从蛋白质连接而成的结合蛋白，修饰范围从蛋白质上连接单糖到密集、复杂、
37、由侧链结构的上连接单糖到密集、复杂、由侧链结构的多糖，以及具有复杂的氨基葡聚糖侧链的多糖，以及具有复杂的氨基葡聚糖侧链的蛋白多糖。蛋白多糖。蛋白与多糖相连有两种最基本的形式蛋白与多糖相连有两种最基本的形式:1.1.N-N-糖苷键糖苷键 2.2.O-O-糖苷键糖苷键Asn经常处于经常处于Asn-x-Thr/Ser(x是除是除Pro以以外的任何氨基酸外的任何氨基酸)的序列子中，我们称的序列子中，我们称其为天冬酰胺序列子，只有处于该序列其为天冬酰胺序列子，只有处于该序列子中的子中的Asn才会发生糖基化。才会发生糖基化。N-N-糖链常具有三甘露糖五糖核心糖链常具有三甘露糖五糖核心O-O-糖苷键它最主要
38、是由糖苷键它最主要是由N-N-乙酰氨基糖苷键的乙酰氨基糖苷键的异头碳与异头碳与Ser/ThrSer/Thr中的羟基缩水而成，中的羟基缩水而成，二二 生物质谱技术鉴定糖蛋白生物质谱技术鉴定糖蛋白 糖含量糖含量 糖基化位点糖基化位点 糖苷键类型糖苷键类型是糖蛋白一级结构的重要指标。是糖蛋白一级结构的重要指标。糖含量糖含量 糖苷内切酶可以切断糖链与蛋白链间连接糖苷内切酶可以切断糖链与蛋白链间连接的糖苷键，因此用糖苷内切酶将糖链切除，的糖苷键，因此用糖苷内切酶将糖链切除，将反应前后的质谱图进行比较，就能直接表将反应前后的质谱图进行比较，就能直接表述糖链的平均质量。而糖蛋白的平均糖含量述糖链的平均质量。
39、而糖蛋白的平均糖含量可由据链的平均质量占糖蛋白平均相对分子可由据链的平均质量占糖蛋白平均相对分子质量的百分比来表示。质量的百分比来表示。糖基化位点糖基化位点 在糖蛋白中，可以有一个或多个糖基化位点，在糖蛋白中，可以有一个或多个糖基化位点，采用采用蛋白酶酶解蛋白酶酶解与与糖苷内切酶酶解糖苷内切酶酶解相结合的方法，相结合的方法，先用蛋白酶将糖蛋白酶解成含有和不含有糖链的肽先用蛋白酶将糖蛋白酶解成含有和不含有糖链的肽片段，获得糖蛋白的肽质量指纹谱，再用糖苷内切片段，获得糖蛋白的肽质量指纹谱，再用糖苷内切酶将糖链切除，其肽质量指纹谱将发生变化，原含酶将糖链切除，其肽质量指纹谱将发生变化，原含糖肽段的质
40、量由于糖链的丢失在质谱图上发生了位糖肽段的质量由于糖链的丢失在质谱图上发生了位移，通过网上数据库检索可以得到位移肽片段的氨移，通过网上数据库检索可以得到位移肽片段的氨基酸序列，而在这个序列中必含有糖基化位点。由基酸序列，而在这个序列中必含有糖基化位点。由此可以确定糖蛋白分子中的糖基化位点。应用电喷此可以确定糖蛋白分子中的糖基化位点。应用电喷雾串联质谱技术，对肽质量指纹谱中的肽片段进行雾串联质谱技术，对肽质量指纹谱中的肽片段进行分析，可以得到蛋白某中间片段的序列。对已知蛋分析，可以得到蛋白某中间片段的序列。对已知蛋白，依靠此序列判断其归属，从而对糖蛋白的氨基白，依靠此序列判断其归属，从而对糖蛋白
41、的氨基酸序列加以证实。酸序列加以证实。糖苷键类型糖苷键类型 凝集素凝集素是一类糖结合蛋白是一类糖结合蛋白，能专一地识能专一地识别某一特定结构的单糖或寡糖中特定的糖基别某一特定结构的单糖或寡糖中特定的糖基序列而与之结合，它不但可用于寡糖或糖复序列而与之结合，它不但可用于寡糖或糖复合物的合物的分离纯化分离纯化，也可用于糖链的，也可用于糖链的结构分析结构分析，因此，用凝集素直接提取糖肽段可以同时因此，用凝集素直接提取糖肽段可以同时起到富集、浓缩以及分离的多重效果。起到富集、浓缩以及分离的多重效果。糖蛋白糖蛋白还原、烷基化、蛋白酶解还原、烷基化、蛋白酶解糖苷内切酶糖苷内切酶糖含量糖含量MALDI-TO
42、F-MSMALDI-TOF-MS相对分子量相对分子量MALDI-TOF-MSMALDI-TOF-MS糖基化位点糖基化位点凝集素提取凝集素提取糖肽片断糖肽片断ESIESI串联质谱串联质谱氨基酸序列氨基酸序列糖基化蛋白鉴定的一般思路糖基化蛋白鉴定的一般思路1.1.MALDI-TOF-MSMALDI-TOF-MS的应用的应用 例：核糖核酸酶例：核糖核酸酶B B的的MALDI-TOF-MSMALDI-TOF-MS分析分析 核糖核酸酶核糖核酸酶B B由由124124个氨基酸组成，个氨基酸组成，在在3434位位AsnAsn处连接有一个高甘露糖型处连接有一个高甘露糖型N-N-糖链。糖链。糖蛋白的平均相对分子
43、质量糖蛋白的平均相对分子质量 由于糖链的微不均一性与普通蛋白质由于糖链的微不均一性与普通蛋白质不同，其分子离子峰在不同，其分子离子峰在MALDI-TOF-MFMALDI-TOF-MF质谱图质谱图上表现为一簇峰上表现为一簇峰G G+，各峰之间约相差各峰之间约相差个糖个糖基同时还出现了双电荷峰基同时还出现了双电荷峰G G+2+2，其中其中T T+及及T T+2+2为样品中含少量不带糖链的蛋白峰及其双为样品中含少量不带糖链的蛋白峰及其双电荷峰电荷峰G G+五重峰的测定值，可以直接计算出五重峰的测定值，可以直接计算出糖蛋白的平均相对分子质量糖蛋白的平均相对分子质量(X=X=XiXin)n)。平均糖含量
44、平均糖含量 内糖苷键酶内糖苷键酶F F切断切断N-N-糖链五糖核心最糖链五糖核心最内侧的内侧的G1cNAc-G1cNAcG1cNAc-G1cNAc糖苷键，得到含一糖苷键，得到含一个个GlcNAc(M=203Da)GlcNAc(M=203Da)的肽链，从中减的肽链，从中减GlcNAc,GlcNAc,可以计算出准确的肽链相对分子可以计算出准确的肽链相对分子质量。肽链相对分子质量与糖蛋白平均相质量。肽链相对分子质量与糖蛋白平均相对分子质量之差为糖链的平均相对分子质对分子质量之差为糖链的平均相对分子质量，进而求得糖蛋白的平均糖含量。量，进而求得糖蛋白的平均糖含量。糖基化类型及糖基位点的确定糖基化类型及
45、糖基位点的确定 糖链和肽链中的氨基酸残基通过共价键糖链和肽链中的氨基酸残基通过共价键连接，用生物质谱的方法测定糖基化位点，连接，用生物质谱的方法测定糖基化位点，一般是通过蛋白酶切与糖苷内切酶切相结一般是通过蛋白酶切与糖苷内切酶切相结合的办法，寻找质谱图上的峰位移，从位合的办法，寻找质谱图上的峰位移，从位移峰的肽序列中，寻找出可能连接糖链的移峰的肽序列中，寻找出可能连接糖链的氨基酸，从而确定糖基化位点。氨基酸，从而确定糖基化位点。其中含有其中含有N N糖链持异连接位点天冬酰胺序糖链持异连接位点天冬酰胺序列于列于(Asn-x-Thr/Ser)Asn-x-Thr/Ser)，由此可以确定了由此可以确定
46、了3434位位AsnAsn为糖基化位点为糖基化位点 2 2液相色谱电喷雾串联质谱液相色谱电喷雾串联质谱 串联质谱测定糖蛋白的氨基酸序列串联质谱测定糖蛋白的氨基酸序列 对于已知蛋白，用串联质谱的方法，对于已知蛋白，用串联质谱的方法，可以测定蛋白质氨基酸序列中间某一片段，可以测定蛋白质氨基酸序列中间某一片段，从而判断其序列与理论序列是否一致，这从而判断其序列与理论序列是否一致，这一方法完全可以被延伸至糖蛋白的一级结一方法完全可以被延伸至糖蛋白的一级结构分析中来，可以将糖蛋白酶切后的肽段，构分析中来，可以将糖蛋白酶切后的肽段，包括含糖肽段，在串联质谱上直接选择离包括含糖肽段，在串联质谱上直接选择离子
47、进行碰撞活化，从而分析选择肽段的氨子进行碰撞活化，从而分析选择肽段的氨其酸序列，得到糖蛋白的一级结构信息。其酸序列，得到糖蛋白的一级结构信息。糖链结构的分析糖链结构的分析 随着电喷雾申联质谱仪器的发展，目随着电喷雾申联质谱仪器的发展，目前最直接的分析糖链结构的方法是应用串前最直接的分析糖链结构的方法是应用串联质谱的母离子扫描联质谱的母离子扫描(parent ion scan)parent ion scan)技技术，选择特定的糖链离子经碰撞活化室术，选择特定的糖链离子经碰撞活化室用惰性气体将其打碎，从而推断糖链结构。用惰性气体将其打碎，从而推断糖链结构。3.3.凝集素在糖蛋白分析中的应用凝集素在
48、糖蛋白分析中的应用 凝集素不但可用于寡糖或糖复合物的凝集素不但可用于寡糖或糖复合物的分离纯化，也可用于糖链的结构分析，比分离纯化，也可用于糖链的结构分析，比如：如：伴刀豆球蛋白伴刀豆球蛋白(ConA)ConA)对对高甘露糖型高甘露糖型N-N-糖糖链有专一性；链有专一性；麦胚凝集素麦胚凝集素(WGA)WGA)却对却对杂合杂合型型N-N-糖糖链有专一性；而亲和链有专一性；而亲和核心岩藻糖类核心岩藻糖类糖链应选用兵豆凝集素等。以核糖核酸酶糖链应选用兵豆凝集素等。以核糖核酸酶B B为例，用比为例，用比ConAConA提取其高甘露糖型糖链。提取其高甘露糖型糖链。六、小结六、小结 蛋白质的翻译后修饰，包括
49、糖基化，蛋白质的翻译后修饰，包括糖基化，对于发生在生物学体系中的新陈代谢具有对于发生在生物学体系中的新陈代谢具有控制作用，多糖结构中存在着可利用的广控制作用，多糖结构中存在着可利用的广泛的差异性这些差异性对于新陈代谢的泛的差异性这些差异性对于新陈代谢的调节细致入微。调节细致入微。2 2D D展示的糖蛋白阵列为我展示的糖蛋白阵列为我们提供了一个谱图，由它我们可以探索疾们提供了一个谱图，由它我们可以探索疾病发生、发展过程中的变化。重组糖蛋白病发生、发展过程中的变化。重组糖蛋白由于其能够提供足够的样品量应用质谱由于其能够提供足够的样品量应用质谱以及相关技术的分析工具已经能够较完善以及相关技术的分析工具已经能够较完善地鉴定其结构。地鉴定其结构。
