1、2、微生物分类学、微生物分类学经典分类学：按微生物表型分类微生物系统学：按亲缘关系和进化规律分类发展表型特征：形态学、生理生化学、生态学等，推断微生物的系统发育。表型特征结合分子水平上比较微生物的基因型特征（如16S rRNA)探讨微生物进化、系统发育和分类鉴定。o分类：分类：通过收集大量描述有关个体的文献资料，经过科学通过收集大量描述有关个体的文献资料，经过科学的归纳和理性的思考，整理成一个科学分类系统。的归纳和理性的思考，整理成一个科学分类系统。或是根据微生物的相似性和亲缘关系，将微生物归入不或是根据微生物的相似性和亲缘关系，将微生物归入不同的分类类群。同的分类类群。o鉴定：鉴定：通过详细
2、观察和描述一个未知名称纯种微生物的各通过详细观察和描述一个未知名称纯种微生物的各种性状特征，然后查找现成的分类系统，以达到对其知类、种性状特征，然后查找现成的分类系统，以达到对其知类、辨名的目的。辨名的目的。或是确定一个新的分离物属于已经确认的分类单元的过或是确定一个新的分离物属于已经确认的分类单元的过程。程。o命名：是为一个新发现的微生物确定一个新学名，亦即当命名：是为一个新发现的微生物确定一个新学名，亦即当你详细观察和描述某一具体菌种后，经过认真查找现有的你详细观察和描述某一具体菌种后，经过认真查找现有的权威性分类鉴定手册，发现这是一个以往从未记载过的新权威性分类鉴定手册，发现这是一个以往
3、从未记载过的新种，这时，就的按微生物的国际命名法规给予一个新的学种，这时，就的按微生物的国际命名法规给予一个新的学名。名。种是最基本的分类单位以啤酒酵母为例，它在分类学上的地位是：以啤酒酵母为例，它在分类学上的地位是：界界(Kindom)：真菌界：真菌界 门门(Phyllum)：真菌门：真菌门 纲纲(Class)：子囊菌纲：子囊菌纲 目目(Order)：内孢霉目：内孢霉目 科科(Family)：内孢霉科：内孢霉科 属属(Genus)：酵母属：酵母属 种种(Species)：啤酒酵母：啤酒酵母名称：地区性的俗名、学名。如：红色面包霉粗糙脉孢霉 绿脓杆菌铜绿假单胞菌学名是按“国际命名法规：进行命名
4、并受国际学术界公认的通用正式名称。学名是用拉丁词或拉丁化的词组成的。在出版物中，学名应排斜体字。学名的表示方法分双名法与三名法两种。学名学名 =属名属名+种名加词种名加词+（首次定名人）（首次定名人）+现名定名人）现名定名人）+现名定名年份现名定名年份 排斜体字排斜体字 排正体字（一般省略）排正体字（一般省略）属名属名：拉丁文的名词或用作名词的形容词，单数，首字母大，：拉丁文的名词或用作名词的形容词，单数，首字母大，表示微生物的主要特征，由微生物构造，形状或由科学家命表示微生物的主要特征，由微生物构造，形状或由科学家命名。名。种名种名：拉丁文形容词，字首小写，为微生物次要特征，如微：拉丁文形容
5、词，字首小写，为微生物次要特征，如微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。生物色素、形状、来源或科学家姓名等。例例1 1：大肠埃希氏菌：大肠埃希氏菌 （大肠杆菌）（大肠杆菌）Escherichia coliEscherichia coli（MigulaMigula）CastellaniCastellani et Chalmers 1919 et Chalmers 1919例例2 2：枯草芽孢杆菌（简称枯草杆菌）：枯草芽孢杆菌（简称枯草杆菌）Bacillus subtilisBacillus subtilis （EhrenbergEhrenberg）Cohn 1872Cohn 1872当某种微生物
6、是一个亚种（subspecies，简称“subsp”）或变种（variety，简称“var”，）时，学名应三名法拼写。学名=属名+种名加词+符号subsp或var+亚种和变种的加词 排斜体 排正体（可省略）排斜体（不可省略）例：苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种 Bacillus thuringiensis subsp galleria禽流感病毒 照片中的蓝色部分就是H5N1禽流感病毒，下面的红色部分则是健康人体细胞，照片显示H5N1正在攻击健康的细胞。H和N都是指病毒的糖蛋白（蛋白质），一种糖蛋白叫血凝素（HA），另一种叫神经氨酸酶（NA）。这两种糖蛋白容易发生变异。根据糖蛋白变异的情况，HA分为H1H
7、15十五个不同的型别，NA分为N1N9九个不同的型别。其中H5与H7为高致病亚型。一、生物的界级分类学说瑞典瑞典Carl von linne Hogg Copeland R.H.Whittaker Jahn C.R.Woese传统的、为多数学者所接受的是1969年魏塔克（R.H.Whittaker）在Science上提出的五界学说，它以纵向显示从原核生物到真核单细胞生物再到真核多细胞生物的三大进化过程。利用16SrRNA建立分子进化树的美国科学家 Carl Woese 三域学说的建立三域包括：（1）古生细菌域（Archaebacteria)，包括产甲烷细菌、极端嗜盐菌和嗜热嗜酸菌；（2）真细菌
8、域域（Eubacteria)，包括蓝细菌和各种除古细菌以外的其它原核生物；（3）真核生物域域（Eucaryotes），包括原生生物、真菌、动物和植物。三域学说理论：小细胞（公共远祖）细菌古生菌先、后吞噬朊细菌和蓝细菌内共生真核生物线粒体和叶绿体古生菌现今一切生物(Bergeys Manual of Determinative Bacteriology)美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(1860-1937)所以它的近代版本反映了出版年代细菌分类学的最新成果，因而逐渐确立了在国际上对细菌进行全面分类的权威地位。伯杰氏手册伯杰氏手册是目前进行细菌分类、鉴定的最重要依据，其特点是
9、描述非常详细，包括对细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验的具体方法。真菌界分类系统很多，各国采用不同的系统，比较混乱。近年来为较多人接受的是Ainsworth的纲要。弧菌纲丝壶菌纲卵菌纲接合菌纲毛菌纲层菌纲腹菌纲锈菌纲黑粉菌纲腔孢菌纲丝孢菌纲菌物界（一）通过核酸分析鉴定微生物遗传型（G+C）mol%=G+CA+T+G+C 100%各大类生物GC比的范围不同，有的很宽，有的很窄。每个生物种都有特定的GC%范围，因此后者可以作为分类鉴定的指标。细菌的GC%范围为25-75%，变化范围最大，因此更适合于细菌的分类鉴定。在疑难菌株鉴定、新种命名、建立一个新的分类单位时，G+C含量是一项重要的，必不
10、可少的鉴定指标。G+C含量的比较主要用于分类鉴定中的否定否定 其分类学意义主要是作为建立新分类单元的一项基本特征和把那些G+C含量差别大的种类排除出某一分类单元。不同生物DNA碱基排列顺序的异同直接反映生物之间亲缘关系的远近，碱基排列顺序差异越小，它们之间的亲缘关系就越近，反之亦然。核酸分子杂交(hybridization)间接比较不同微生物DNA碱基排列顺序的相似性a）DNA-DNA杂交；（亲缘关系相对近的微生物之间的亲缘关系比较）b）DNA-rRNA杂交；（亲缘关系相对远的微生物之间的亲缘关系比较）c）核酸探针；（利用特异性的探针，用于细菌等的快速鉴定）16S、18S RNA大肠杆菌酿酒酵母甲烷球菌
