1、LncRNA数据生物信息学分析数据生物信息学分析主讲人：唐婷婷ppt课件Page 2第一节第一节 LncRNA的定义及来源的定义及来源 长链非编码RNA（Long non-coding RNA，LncRNA）是一类转录本超过200nt的RNA，它们本身不编码蛋白。近年来LncRNA不断被发现其潜在作用，在多种层面上调控基因的表达水平。图一：LncRNA与基因组的关系图编码蛋白质的基因组2%可能转录成无意义编码RNA（ncRNA）的基因组转录成关键非编码RNA的基因组ppt课件Page 3第一节第一节 LncRNA的定义及来源的定义及来源 目前 可以明确的是LncRNA与其附近编码基因的关系主要
2、有以下 种:外显子同义重叠(exon sense-overlapping)、内含子同义重叠(intron sense-overlapping)、天然反义(natural antisense)、内含子反义(intron antisense)、基因间(intergenic)和反向(bidirectional)。图二：LncRNA和附近编码基因的关系ppt课件Page 4第二节第二节 LncRNA相关信息查找相关信息查找 如果知道一个LncRNA的SeqID便可从网站上查询到LncRNA。下面以SeqID为NR_027983的LncRNA进行详述，首先可以确定的是开头为NR_的LncRNA来源于NC
3、BI的RefSeq数据库数据库。（1）打开NCBI首页http：/www.ncbi.nlm.gow（2）在检索窗口的数据库选择下拉菜单中选择Nucleotide，然后在检索栏中输入一、通过NCBI查找LncRNA信息ppt课件Page 5第二节第二节 LncRNA相关信息查找相关信息查找1、2步的图示：ppt课件Page 6第二节第二节 LncRNA相关信息查找相关信息查找(3)执行检索后，检索结果默认以Genbank格式显示注：通过Display菜单可以选择显示格式，常用的有Genbank和FASTA两种格式。Genbank格式显示较完整的基因序列记录及详细信息。FASTA格式仅包括该序列的
4、简要特征。ppt课件Page 7第二节第二节 LncRNA相关信息查找相关信息查找ppt课件Page 8第二节第二节 LncRNA相关信息查找相关信息查找ppt课件Page 9第二节第二节 LncRNA相关信息查找相关信息查找ppt课件Page 10第二节第二节 LncRNA相关信息查找相关信息查找检索结果详解ppt课件Page 11第二节第二节 LncRNA相关信息查找相关信息查找二、通过NCBI查找转录该LncRNA的基因相关信息如果想了解转录该LncRNA基因的信息，可以点击链接GeneID：680254进入以下界面：ppt课件Page 12第二节第二节 LncRNA相关信息查找相关信息
5、查找ppt课件Page 13第三节第三节 大鼠大鼠LncRNA全序列查找全序列查找 SeqIDsourceRefSeq_XRRefSeq_XRmisc_lncRNAmouse_orthologmouse_orthologmouse_orthologmisc_lncRNAmisc_lncRNARefSeq_XRmisc_lncRNAmouse_orthologmisc_lncRNAppt课件Page 14第三节第三节 大鼠大鼠LncRNA全序列查找全序列查找 mouse_orthologmouse_orthologmisc_lncRNAmisc_lncRNAmisc_lncRNAppt课件Pag
6、e 15第三节第三节 大鼠大鼠LncRNA全序列查找全序列查找网址为：http:/genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway具体操作方法如图Source为misc_lncRNA的查询方法ppt课件Page 16第三节第三节 大鼠大鼠LncRNA全序列查找全序列查找ppt课件Page 17第三节第三节 大鼠大鼠LncRNA全序列查找全序列查找ppt课件Page 18第三节第三节 大鼠大鼠LncRNA全序列查找全序列查找网址为http:/users.soe.ucsc.edu/jill/ultra.htmlSOURCE为UCR的lncRNA序列在人、小鼠、大鼠中同源，序列一样，因此以人为例。Source为UCR的查询方法ppt课件Page 19第三节第三节 大鼠大鼠LncRNA全序列查找全序列查找ppt课件Page 20第三节第三节 大鼠大鼠LncRNA全序列查找全序列查找网址为http:/ncbi.nlm.nih.gov/，在nucleotide中查找ID名即可source为RefSeq_XR、RefSeq_NR的查询办法ppt课件Page 21谢谢听讲ppt课件
