1、R第一章R语言的下载及安装课程简介课程简介nR 是一个有着统计分析功能及强大作图功能的软件系统，是由奥克兰大学统计学系的Ross 和 Robert共同创立。nR是主要用于统计分析、绘图的语言，通过对R语言的学习，将有助于未来的生物信息领域的学习。n注意！R语言适合统计分析，不适合做文本分析，太慢！R R语言与生物信息学语言与生物信息学n生物信息学：运用计算机技术和信息技术开发新的算法和统计方法，对生物实验数据进行分析，确定数据所含的生物学意义，并开发新的数据分析工具以实现对各种信息的获取和管理的学科。n目前R语言是生物信息学常用的统计分析与绘图软件。课程特点与考核课程特点与考核特点：应用性较强
2、理论：R语言的基本命令授课方式：理论讲解、实例分析及操作课堂纪律：认真听讲、积极讨论、动手操作参考教材参考教材n书籍nR 的官方网页拥有大量英文学习资源，百度上也拥有大量资源。课程内容课程内容第一章：R语言的下载及安装第二章：R语言的向量操作第三章：R语言的数值计算第四章：R语言的绘图第五章：R语言的基本统计学分析第一章：第一章：R R语言的安装及调用语言的安装及调用1.1 R语言的下载及安装1.2 R语言的界面介绍()1.3 R语言的简单操作()1.1 R1.1 R语言的下载及安装语言的下载及安装n首先R语言是免费的，下载地址为nhttps:/www.r-project.org/R R语言界
3、面语言界面R语言命令提示符：在后面直接输入命令R界面虽然支持中文，但是不建议使用中文。因为R语言为英语开发，所以不会太支持中文。示例示例n下表为某中学6个同学的体重，请计算其体重均值n直接输入命令行：n x1 ave-mean(x1)n#结果 1 45.83333学生编号学生编号体重（体重（kg）学生编号学生编号体重（体重（kg）150440249545345646注意！R的一切操作符都必须为英文格式,在中文格式下输入会出错。如果该变量大家不想用了，想删掉，那么可以输入rm(x1);程序说明程序说明n“#”为注释符号，一切#后面的命令均不执行，其作用是为了增强程序的可读性，方便反复使用时观看。
4、n“-”为赋值符号，相当于“=”R语言中常用“-”，而不是“=”，c()为连接函数，其内部数据表示向量，x1-c()表示用一组数据为变量赋值。nmean表示均值函数。简单绘图简单绘图nx1-c(20,30,40,50,21,32,54,11,22,45);nx2 安装程序包-选择镜像(随便选，只是下载站点)-选择安装的R包。n3、从网站下载R包，程序包-从本地zip文件安装程序包。如果没有找到如果没有找到R R包怎么办呢？包怎么办呢？n这可能是由于R包不存在于默认包库中，默认库为CRAN，所以我们可以将库设置为BioCsoftware，设置位置在程序包菜单栏下面。WindowsWindows下
5、升级下升级R R，但不想重装，但不想重装packages packages？n在其他目录下安装R，再将旧版本保留的library 目录下的文件拷贝至新版本library 目录下，然后nupdate.packages()；或卸载R，把R 装到旧的目录下，然后update.packages()包的调用包的调用n通常情况下，R包在安装完以后不能直接调用其函数，需要使用命令nlibrary(包名)进行调用，然后在使用其中的命令。示例示例nlibrary(mgcv)ny-c(rep(1,10),rep(0,20),rep(1,40),rep(0,10),rep(1,40),rep(0,40)nx-1:1
6、60nb-glm(yx,family=binomial)npar(mfrow=c(2,2)nqq.gam(b)nqq.gam(b,rep=50,level=1)R R函数帮助函数帮助nhelp(qq.gam)nhelp(“qq.gam”)n？qq.gamn输入以上任意一条命令均可以出现对该函数的介绍，其中有示例，我们可以通过示例进行简单的函数操作。n如何知道目前加载了哪些包？nsearch();n如何知道目前安装了哪些包？n.packages(all.available=TRUE)课堂练习课堂练习n1、下载R3.2.2以及2.15.3并且安装n2、建立R脚本文件，将代码nx1-c(50,49,45,40,45,46)nave-mean(x1)写入文本，并保存成exam1.R并运行。n3、尝试修改工作目录到D盘。n4、加载foreign包。n5、通过镜像下载RODBC包，使用命令行下载survival包(查询survival包)。n6、查看qq.gam()的功能并且分析参数(如果示例中包含其他未知参数继续查)。n把qq.gam()的功能和描述做成一个word，其中包括各种参数说明，并且附上一个示例，然后说明该示例每个函数的意思。谢谢！
