1、目目 录录第第 一一 节节基本概念与原理基本概念与原理Basic Conceptions and Principle目目 录录一、基因表达的概念一、基因表达的概念*基因组基因组(genome)一个细胞或病毒所携带的全部遗传信息或一个细胞或病毒所携带的全部遗传信息或整套基因。整套基因。基因经过转录、翻译，产生具有特异生物学基因经过转录、翻译，产生具有特异生物学功能的蛋白质分子的过程。功能的蛋白质分子的过程。*基因表达基因表达(gene expression)基因表达是受调控的基因表达是受调控的目目 录录目目 录录二、基因表达的特异性二、基因表达的特异性（一）时间特异性（一）时间特异性按功能需要，
2、某一特定基因的表达严格按按功能需要，某一特定基因的表达严格按特定的时间顺序发生，称之为基因表达的特定的时间顺序发生，称之为基因表达的时间时间特异性特异性(temporal specificity)。多细胞生物基因表达的时间特异性又称多细胞生物基因表达的时间特异性又称阶阶段特异性段特异性(stage specificity)。目目 录录目目 录录（二）空间特异性（二）空间特异性基因表达伴随时间、空间顺序所表现出的基因表达伴随时间、空间顺序所表现出的这种空间分布差异，实际上是由细胞在器官的这种空间分布差异，实际上是由细胞在器官的分布决定的，所以空间特异性又称分布决定的，所以空间特异性又称细胞或组织
3、细胞或组织特异性特异性(cell or tissue specificity)。在个体生长全过程，某种基因产物在个体在个体生长全过程，某种基因产物在个体按不同组织空间顺序出现，按不同组织空间顺序出现，称之为基因表达的称之为基因表达的空间特异性空间特异性(spatial specificity)。目目 录录目目 录录三、基因表达的方式三、基因表达的方式按对刺激的反应性，基因表达的方式分为：按对刺激的反应性，基因表达的方式分为：（一）组成性表达（一）组成性表达某些基因在一个个体的几乎所有细胞中持某些基因在一个个体的几乎所有细胞中持续表达，通常被称为续表达，通常被称为管家基因管家基因(houseke
4、eping gene)。目目 录录无论表达水平高低，管家基因无论表达水平高低，管家基因较少受环境较少受环境因素影响因素影响，而是在个体各个生长阶段的大多数，而是在个体各个生长阶段的大多数或几乎全部组织中持续表达，或变化很小。区或几乎全部组织中持续表达，或变化很小。区别于其他基因，这类基因表达被视为别于其他基因，这类基因表达被视为组成性基组成性基因表达因表达(constitutive gene expression)。目目 录录（二）诱导和阻遏表达（二）诱导和阻遏表达在特定环境信号刺激下，相应的基因被激在特定环境信号刺激下，相应的基因被激活，基因表达产物增加，这种基因称为活，基因表达产物增加，这
5、种基因称为可诱导可诱导基因基因。可诱导基因在特定环境中表达增强的过程，可诱导基因在特定环境中表达增强的过程，称为称为诱导诱导(induction)。如果基因对环境信号应答是被抑制，这种如果基因对环境信号应答是被抑制，这种基因是基因是可阻遏基因可阻遏基因。可阻遏基因表达产物水平。可阻遏基因表达产物水平降低的过程称为降低的过程称为阻遏阻遏(repression)。目目 录录在一定机制控制下，功能上相关的一组基在一定机制控制下，功能上相关的一组基因，无论其为何种表达方式，均需协调一致、因，无论其为何种表达方式，均需协调一致、共 同 表 达，即 为共 同 表 达，即 为 协 调 表 达协 调 表 达(
6、c o o r d i n a t e e x p re s s i o n)，这 种 调 节 称 为 协 调 调 节这 种 调 节 称 为 协 调 调 节(coordinate regulation)。目目 录录四、基因表达调控的生物学意义四、基因表达调控的生物学意义（一）适应环境、维持生长和增殖（一）适应环境、维持生长和增殖（二）维持个体发育与分化（二）维持个体发育与分化目目 录录 第二节第二节 基因表达调控的基本原理基因表达调控的基本原理一、基因表达调控的多层次和复杂性一、基因表达调控的多层次和复杂性基因基因激活激活转录起始转录起始 转录后加工转录后加工mRNA降解降解蛋白质降解等蛋白质
7、降解等蛋白质翻译蛋白质翻译翻译后加工修饰翻译后加工修饰转录起始转录起始目目 录录二、基因转录激活调节基本要素二、基因转录激活调节基本要素基因表达的调节与基因表达的调节与基因基因的结构、性的结构、性质，生物个体或细胞所处的内、外质，生物个体或细胞所处的内、外环境环境，以及细胞内所存在的转录以及细胞内所存在的转录调节蛋白调节蛋白均有均有关。关。（一）特异（一）特异DNA序列和调节蛋白质序列和调节蛋白质目目 录录原核生物原核生物 蛋白质因子蛋白质因子 操纵子操纵子(operon)机制机制特异特异DNA序列序列编码序列编码序列 启动序列启动序列 操纵序列操纵序列 其他调节序列其他调节序列(promot
8、er)(operator)目目 录录是是RNA聚合酶结合并启动转录聚合酶结合并启动转录的特异的特异DNA序列。序列。1)启动序列启动序列RNA转录起始转录起始-35区区-10区区TTGACATTAACTTTTACATATGATTTTACATATGTTTTGATATATAATCTGACGTACTGTN17N16N17N16N16N7N7N6N7N6AAAAAtrp tRNATyrlacrecAAra BAD TTGACA TATAAT共有序列共有序列目目 录录共有序列共有序列(consensus sequence)决定启动决定启动序列的转录活性大小。序列的转录活性大小。某些特异因子（蛋白质）某些
9、特异因子（蛋白质）决定决定RNA聚合聚合酶酶对一个或一套启动序列的特异性识别和结对一个或一套启动序列的特异性识别和结合能力。合能力。目目 录录2 2 操纵序列操纵序列 阻遏蛋白阻遏蛋白(repressor)的结合位点的结合位点当操纵序列结合有当操纵序列结合有阻遏蛋白阻遏蛋白时，会阻碍时，会阻碍RNA聚合酶与启动序列的结合，或使聚合酶与启动序列的结合，或使RNA聚聚合酶不能沿合酶不能沿DNA向前移动向前移动，阻碍转录。，阻碍转录。启动序列启动序列编码序列编码序列操纵序列操纵序列pol阻遏蛋白阻遏蛋白目目 录录3)3)其他调节序列、调节蛋白其他调节序列、调节蛋白例如例如激活蛋白激活蛋白(activ
10、ator)可结合启动序列邻近可结合启动序列邻近的的DNA序列，促进序列，促进RNA聚合酶与启动序列的聚合酶与启动序列的结合，增强结合，增强RNA聚合酶活性。聚合酶活性。有些基因在没有激活蛋白存在时，有些基因在没有激活蛋白存在时，RNA聚合酶很少或完全不能结合启动序列。聚合酶很少或完全不能结合启动序列。目目 录录真核生物真核生物1)顺式作用元件顺式作用元件(cis-acting element)可影响自身基因表达活性的可影响自身基因表达活性的DNA序列序列BADNA编码序列编码序列转录起始点转录起始点不同真核生物的顺式作用元件中也会发现不同真核生物的顺式作用元件中也会发现一些共有序列一些共有序列
11、，如，如TATA盒、盒、CAAT盒等，这盒等，这些共有序列是些共有序列是RNA聚合酶或特异转录因子的聚合酶或特异转录因子的结合位点。结合位点。目目 录录2)2)真核基因的调节蛋白真核基因的调节蛋白还有蛋白质因子可特异识别、结合自还有蛋白质因子可特异识别、结合自身基因的调节序列身基因的调节序列，调节自身基因的表达，调节自身基因的表达，称称顺式作用顺式作用。由某一基因表达产生的蛋白质因子，由某一基因表达产生的蛋白质因子，通过与另一基因的特异的顺式作用元件相通过与另一基因的特异的顺式作用元件相互作用，调节其表达。互作用，调节其表达。反式作用因子反式作用因子(trans-acting factor)这
12、种调节作用称为这种调节作用称为反式作用反式作用。目目 录录cDNAaDNA反式调节反式调节C顺式调节顺式调节 mRNA C蛋白质蛋白质CBA mRNA蛋白质蛋白质AA目目 录录指的是反式作用因子与顺式作用元件之指的是反式作用因子与顺式作用元件之间的特异识别及结合。通常是非共价结合，间的特异识别及结合。通常是非共价结合，被识别的被识别的DNA结合位点通常呈对称、或不完结合位点通常呈对称、或不完全对称结构。全对称结构。绝大多数调节蛋白质结合绝大多数调节蛋白质结合DNA前，需通前，需通过蛋白质过蛋白质-蛋白质相互作用，形成蛋白质相互作用，形成二聚体二聚体(dimer)或或多聚体多聚体(polymer
13、)。2.DNA-蛋白质蛋白质蛋白质蛋白质-蛋白质蛋白质的相互作用的相互作用目目 录录3.RNA聚合酶聚合酶 原核启动序列原核启动序列/真核启动子与真核启动子与RNA聚合酶聚合酶活性活性 RNA聚合酶与其的亲和力，影响转录。聚合酶与其的亲和力，影响转录。调节蛋白与调节蛋白与RNA聚合酶活性聚合酶活性一些特异调节蛋白在适当环境信号刺激下表一些特异调节蛋白在适当环境信号刺激下表达，然后通过达，然后通过DNA-蛋白质、蛋白质蛋白质、蛋白质-蛋白质相互蛋白质相互作用影响作用影响RNA聚合酶活性。聚合酶活性。目目 录录第第 三三 节节 原核基因表达调节原核基因表达调节Regulation of Proka
14、ryotic Gene Expression目目 录录调节的主要环节在调节的主要环节在转录起始转录起始一、原核基因转录调节特点一、原核基因转录调节特点（一）（一）因子决定因子决定RNA聚合酶识别特异性聚合酶识别特异性（二）操纵子模型的普遍性（二）操纵子模型的普遍性（三）阻遏蛋白与阻遏机制的普遍性（三）阻遏蛋白与阻遏机制的普遍性目目 录录二、乳糖操纵子调节机制二、乳糖操纵子调节机制（一）乳糖操纵子（一）乳糖操纵子(lac operon)的结构的结构 调控区调控区CAP结合位点结合位点启动序列启动序列操纵序列操纵序列 结构基因结构基因Z：-半乳糖苷酶半乳糖苷酶Y：透酶透酶A：乙酰基转移酶：乙酰基转
15、移酶ZYAOPDNA目目 录录mRNA阻遏蛋白阻遏蛋白IDNAZYAOPpol没有乳糖存在时没有乳糖存在时（二）阻遏蛋白的负性调节（二）阻遏蛋白的负性调节阻遏基因阻遏基因目目 录录mRNA阻遏蛋白阻遏蛋白有乳糖存在时有乳糖存在时IDNAZYAOPpol启动转录启动转录mRNA乳糖乳糖半乳糖半乳糖-半乳糖苷酶半乳糖苷酶目目 录录+转录转录无葡萄糖，无葡萄糖，cAMP浓度高时浓度高时有葡萄糖，有葡萄糖，cAMP浓度低时浓度低时（三）（三）CAP的正性调节的正性调节ZYAOPDNACAPCAPCAPCAPCAPCAP目目 录录（四）协调调节（四）协调调节当阻遏蛋白封闭转录时，当阻遏蛋白封闭转录时，C
16、AP对该系统不能对该系统不能发挥作用；发挥作用；如无如无CAP存在，即使没有阻遏蛋白与操纵序存在，即使没有阻遏蛋白与操纵序列结合，操纵子仍无转录活性。列结合，操纵子仍无转录活性。单纯乳糖存在时，细菌利用乳糖作碳源；单纯乳糖存在时，细菌利用乳糖作碳源；若有葡萄糖或葡萄糖若有葡萄糖或葡萄糖/乳糖共同存在时，细乳糖共同存在时，细菌首先利用葡萄糖。菌首先利用葡萄糖。葡萄糖对葡萄糖对 lac 操纵子的阻遏作用称操纵子的阻遏作用称分解代分解代谢阻遏谢阻遏(catabolic repression)。目目 录录mRNA低半乳糖时低半乳糖时高半乳糖时高半乳糖时 葡萄糖低葡萄糖低 cAMP浓度高浓度高 葡萄糖高
17、葡萄糖高cAMP浓度低浓度低RNA-polOOOO目目 录录Trp Trp 高时高时 Trp 低时低时 mRNA OPtrpR调节区调节区 结构基因结构基因 RNA RNA聚合酶聚合酶 RNA RNA聚合酶聚合酶 三、其他转录调节机制三、其他转录调节机制（一）转录衰减（一）转录衰减色氨酸操纵子色氨酸操纵子目目 录录UUUUUUUU调节区调节区 结构基因结构基因 trpROP前导序列前导序列 衰减子区域衰减子区域 UUUU前导前导mRNA1234衰减子结构衰减子结构 第第1010、1111密码子为密码子为trptrp密码子密码子 终止密码子终止密码子 14aa14aa前导肽编码区前导肽编码区:包
18、含序列包含序列1 1 形成发夹结构能力强弱：形成发夹结构能力强弱：序列序列1/21/2序列序列2/32/3序列序列3/4 3/4 trp 密码子密码子 UUUU目目 录录UUUU34UUUU 334核糖体核糖体 前导肽前导肽 前导前导mRNA1.1.当色氨酸浓度高时当色氨酸浓度高时 转录衰减机制转录衰减机制 125 trp 密码子密码子 衰减子结构衰减子结构就是终止子就是终止子可使转录可使转录前导前导DNA UUUU 3 RNA RNA聚合酶聚合酶 终止终止目目 录录UUUU342423UUUU核糖体核糖体 前导肽前导肽 前导前导mRNA 15 trp 密码子密码子 结构基因结构基因前导前导D
19、NA RNA RNA聚合酶聚合酶 2.2.当色氨酸浓度低时当色氨酸浓度低时 Trp合成酶系相关合成酶系相关结构基因被转录结构基因被转录 序列序列3 3、4 4不能不能形成衰减子结构形成衰减子结构 目目 录录（二）基因重组（二）基因重组沙沙门门菌菌鞭鞭毛毛素素基基因因的的调调节节 H2鞭毛素鞭毛素 阻遏蛋白阻遏蛋白 Hin重组酶重组酶转位片段转位片段hinH2IH1 H1鞭毛素鞭毛素hinH2IDNA启动序列启动序列H1启动序列启动序列目目 录录（三）（三）SOS反应反应 SOS基因基因紫外线紫外线激活激活Rec ALex A阻遏蛋白阻遏蛋白 与与DNA 损伤修复有损伤修复有关的酶和蛋白质关的酶
20、和蛋白质基因基因表达表达Lex A阻遏蛋白阻遏蛋白操纵序列操纵序列DNA目目 录录四、原核生物翻译水平调节四、原核生物翻译水平调节（一）蛋白质分子的自我调节（一）蛋白质分子的自我调节 调节蛋白结合调节蛋白结合mRNA靶位点，阻止核蛋白体识别靶位点，阻止核蛋白体识别翻译起始区，从而阻断翻译。调节蛋白一般作用翻译起始区，从而阻断翻译。调节蛋白一般作用于自身于自身mRNA，抑制自身的合成，故称自我控制，抑制自身的合成，故称自我控制（autogenous control）。）。（二）反义（二）反义RNA对翻译的调节作用对翻译的调节作用 反义反义RNA含有与特定含有与特定mRNA翻译起始部位互补的翻译起
21、始部位互补的序列，通过与序列，通过与mRNA杂交阻断杂交阻断30S小亚基对起始密小亚基对起始密码子的识别及与码子的识别及与SD序列的结合，抑制翻译起始，序列的结合，抑制翻译起始，称为反义控制（称为反义控制（antisense control）。目目 录录第第 四四 节节 真核基因表达调节真核基因表达调节Regulation of Eukaryotic Gene Expression目目 录录一、真核基因组结构特点一、真核基因组结构特点（一）真核基因组结构庞大（一）真核基因组结构庞大哺乳类动哺乳类动物基因组物基因组DNA 约约 3 10 9 碱基对碱基对编码基因编码基因约约 有有 35000 个
22、个，占总长的占总长的6%rDNA等重复基因等重复基因约约 占占 5%10%目目 录录（二）单顺反子（二）单顺反子单顺反子单顺反子(monocistron)即一个编码基因转录生成一个即一个编码基因转录生成一个mRNA分子，经翻译生成一条多肽链。分子，经翻译生成一条多肽链。（三）重复序列（三）重复序列单拷贝序列（一次或数次）单拷贝序列（一次或数次）高度重复序列（高度重复序列（106 次）次）中度重复序列（中度重复序列（103 104次）次）多拷贝序列多拷贝序列（四）基因不连续性（四）基因不连续性目目 录录二、真核基因表达调控特点二、真核基因表达调控特点（一）（一）RNA聚合酶聚合酶（二）活性染色体
23、结构变化（二）活性染色体结构变化1.对核酸酶敏感对核酸酶敏感活化基因常有超敏位点，位于调节蛋活化基因常有超敏位点，位于调节蛋白结合位点附近。白结合位点附近。目目 录录2.DNA拓扑结构变化拓扑结构变化天然双链天然双链DNA均以负性超螺旋构象存在；均以负性超螺旋构象存在；基因活化后基因活化后RNA-pol正超螺旋正超螺旋负超螺旋负超螺旋转录方向转录方向3.DNA碱基修饰变化碱基修饰变化真核真核DNA约有约有5%的胞嘧啶被甲基化，的胞嘧啶被甲基化，甲基化范围与基因表达程度呈反比。甲基化范围与基因表达程度呈反比。目目 录录4.组蛋白变化组蛋白变化 富含富含Lys组蛋白水平降低组蛋白水平降低 H2A,
24、H2B二聚体不稳定性增加二聚体不稳定性增加 组蛋白修饰：乙酰化、磷酸化及泛素化组蛋白修饰：乙酰化、磷酸化及泛素化 H3组蛋白巯基暴露组蛋白巯基暴露（三）正性调节占主导（三）正性调节占主导（四）转录与翻译分隔进行（四）转录与翻译分隔进行（五）转录后修饰、加工（五）转录后修饰、加工目目 录录三、三、RNA pol和和RNA pol的转录调节的转录调节 RNA pol转录产物为转录产物为rRNA前体，前体，RNA pol转录产物为转录产物为tRNA前体及前体及5SrRNA等。等。（一）（一）RNA pol转录体系的控制转录体系的控制 人rRNA前体基因的启动子只有两个元件，一个位于转录起始点附近，称
25、为核心元件或核心启动子；另一个元件位于起始点上游，称上游控制元件（UCE)。（二）（二）RNA pol转录体系的控制转录体系的控制 tRNA基因的ICR主要由A盒（TGGCNNAGTGG)和B盒（GGTTCGANNCC)两个元件组成，需TFB,C。5SrRNA的转录起始需三种转录因子TFA,B,C目目 录录四、四、RNA pol转录起始的调节转录起始的调节（一）顺式作用元件（一）顺式作用元件1.启动子启动子真核基因启动子是真核基因启动子是RNA聚合酶结聚合酶结合位点周围的一组转录控制组件，至合位点周围的一组转录控制组件，至少包括一个少包括一个转录起始点转录起始点以及一个以上以及一个以上的的功能
26、组件功能组件。TATA盒盒GC盒盒CAAT盒盒目目 录录目目 录录2.增强子增强子(enhancer)指远离转录起始点、决定基因的时间、指远离转录起始点、决定基因的时间、空间特异性表达、增强启动子转录活性的空间特异性表达、增强启动子转录活性的DNA序列。序列。3.沉默子沉默子(silencer)某些基因的负性调节元件，当其结合特异某些基因的负性调节元件，当其结合特异蛋白因子时，对基因转录起阻遏作用。蛋白因子时，对基因转录起阻遏作用。目目 录录（二）反式作用因子（二）反式作用因子 1.转录调节因子分类（按功能特性）转录调节因子分类（按功能特性）*基本转录因子基本转录因子(general tran
27、scription factors)是是RNA聚合酶结合启动子所必需的一组蛋聚合酶结合启动子所必需的一组蛋白因子，决定三种白因子，决定三种RNA(mRNA、tRNA及及rRNA)转录的类别。转录的类别。目目 录录*特异转录因子特异转录因子(special transcription factors)为个别基因转录所必需，决定该基因的为个别基因转录所必需，决定该基因的时间、空间特异性表达。时间、空间特异性表达。转录激活因子转录激活因子转录抑制因子转录抑制因子目目 录录2.转录调节因子结构转录调节因子结构DNA结合域结合域转录激活域转录激活域TF蛋白质蛋白质-蛋白质结合域蛋白质结合域（二聚化结构域
28、）（二聚化结构域）谷氨酰胺富含域谷氨酰胺富含域酸性激活域酸性激活域脯氨酸富含域脯氨酸富含域目目 录录最常见的最常见的DNA结合域结合域 1.锌指锌指(zinc finger)C CysH His常结合常结合GC盒盒目目 录录ZnCysHis目目 录录 2.-螺旋螺旋常结合常结合CAAT盒盒目目 录录（三）（三）mRNA 转录激活及其调节转录激活及其调节polTFHTAFTFFTAFTAFTFATFBTBP真核真核RNA聚合酶聚合酶在转录因子帮助下，形成在转录因子帮助下，形成的转录起始复合物的转录起始复合物TATA DNATBP相关因子相关因子目目 录录真核基因转录调节是真核基因转录调节是复杂的
29、、多样的复杂的、多样的*不同的不同的DNA元件组合可产生多种类型的转录元件组合可产生多种类型的转录调节方式；调节方式；*多种转录因子又可结合相同或不同的多种转录因子又可结合相同或不同的DNA元元件。件。*转录因子与转录因子与DNA元件结合后，对转录激活过元件结合后，对转录激活过程所产生的效果各异，有正性调节或负性调程所产生的效果各异，有正性调节或负性调节之分。节之分。目目 录录五、五、RNA pol转录终止的调节转录终止的调节（一）（一）HIV基因组转录终止调节基因组转录终止调节病毒抗终止蛋白病毒抗终止蛋白Tat与转录产物与转录产物5端特异端特异RNA序列结合，并与宿主蛋白质、序列结合，并与宿
30、主蛋白质、RNA pol相互作用，使延长中的相互作用，使延长中的RNA形成一定形成一定的二级结构，阻止的二级结构，阻止HIV基因组转录过程的提基因组转录过程的提早终止。早终止。（二）热休克蛋白基因的转录终止调节（二）热休克蛋白基因的转录终止调节在热休克时，热休克转录因子（在热休克时，热休克转录因子（HSTF)快速快速地由无活性转变为有活性状态，启动一套热地由无活性转变为有活性状态，启动一套热休克蛋白（休克蛋白（HSP）基因的转录。）基因的转录。目目 录录 六、转录后水平的调节六、转录后水平的调节（一）（一）hnRNA加工成熟的调节加工成熟的调节hnRNA的剪接和的剪接和RNA编辑对某些基因的调编辑对某些基因的调节有一定的意义。节有一定的意义。（二）（二）mRNA运输、胞浆内稳定性的调节运输、胞浆内稳定性的调节mRNA运输、在胞浆内的稳定性等均与某些运输、在胞浆内的稳定性等均与某些蛋白质成分有关。细胞内存在一类双链蛋白质成分有关。细胞内存在一类双链RNA通过一定酶切机制，转变为双链通过一定酶切机制，转变为双链22个核苷个核苷酸的小分子干扰酸的小分子干扰siRNA，参与，参与RNA诱导的沉诱导的沉默复合物（默复合物（RISC）组成，使特异）组成，使特异mRNA降降解，阻断翻译过程。解，阻断翻译过程。
