1、PTMPTM- -BiolabsBiolabs朱俊 博士2015年05月21日iTRAQ/TMT高通量蛋白质组学高通量蛋白质组学主要内容主要内容一、一、高通量蛋白质组学研究背景高通量蛋白质组学研究背景三、数据处理和生物信息学分析三、数据处理和生物信息学分析二、二、iTRAQ/TMT技术的介绍技术的介绍2四、四、应用范围及案例应用范围及案例3一、一、高高通量蛋白质组学研究通量蛋白质组学研究背景背景蛋白质组(Proteome)是在宏观的层面上细胞、组织或机体全部蛋白质的存在及其活动方式。在细胞、组织、器官乃至生物体整体层面上分析蛋白质组的特性，是研究蛋白质作用模式、功能机理、调节控制以及相互作用网
2、络的主要前提。在“后基因组时代”，随着人类蛋白质草图的构建完成，高通量蛋白质组学分析成为生物医学基础研究和应用开发的重要前沿和突破口，从而引领进入“蛋白质组学时代”。高通量定量蛋白质组分析对于揭示各种生物学现象和疾病发生、发展机理，以及蛋白质生物标记物的鉴定、蛋白质药物靶点的筛选都有重大意义。Nature2014, 29;509(7502):575-581. Nature2014, 509 (7502): 582-587. 4二、二、iTRAQ/TMT技术的技术的介绍介绍5二、二、iTRAQ/TMT技术的技术的介绍介绍NatChemBiol.2005; 1(5):252-262. 6二、二、i
3、TRAQ/TMT技术的技术的介绍介绍ProcNatAcadSciUSA.2007; 104(14):5860-5865. 7二、二、iTRAQ/TMT技术的技术的介绍介绍Mol.Cell.Proteomics 3 (12): 115469. Anal.Chem.75 (8): 1895904. iTRAQ(Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)是由AB Sciex公司研发的多肽体外标记定量技术 TMT(Tandem Mass Tags)是由Thermo公司研发的多肽体外标记定量技术8二、二、iTRAQ/TMT技术的技术的介绍介绍Mol.
4、Cell.Proteomics 3 (12): 115469. Anal.Chem.75 (8): 1895904. 9二、二、iTRAQ/TMT技术的技术的介绍介绍实验流程实验流程10二、二、iTRAQ/TMT技术的技术的介绍介绍 一次实验同时对多达210个样本进行定量分析 体外标记， 可标记各种动物组织、植物组织、微生物、体液、细胞等样本 重复性好，灵敏度高，蛋白覆盖范围广 标记效率高达97% 以上，不增加样品的复杂程度 一次实验可鉴定大于4000种蛋白，高通量的数据有利于后续系统生物学分析技术优势技术优势生物学重复和技术重复生物学重复和技术重复 三次生物学重复或三次技术重复11景杰的仪器
5、平台景杰的仪器平台Q ExactiveQ Exactive PlusOrbitrap Fusion12三、数据处理和生物信息学分析三、数据处理和生物信息学分析数据处理数据处理需要完整的蛋白质组数据库数据处理软件为Mascot控制FDR20定量差异倍数: 1.2, 1.5, 2.0; P0.0513三、数据处理和生物信息学分析三、数据处理和生物信息学分析14三、数据处理和生物信息学分析三、数据处理和生物信息学分析分类统计分类统计15三、数据处理和生物信息学分析三、数据处理和生物信息学分析功能富集（包括功能富集（包括GO、KEGGpathway、proteindomain等）等）16三、数据处理和
6、生物信息学分析三、数据处理和生物信息学分析功能聚类功能聚类17四、应用范围及案例四、应用范围及案例药物应答、胁迫处理、基因敲除下蛋白表达谱分析疾病生物标志物与药物作用下靶点高通量筛选蛋白作用机制研究与特殊功能蛋白质筛选植物、微生物胁迫与逆境生理研究各物种的蛋白质组草图构建18发表文章发表文章四、应用范围及案例四、应用范围及案例1、Cappellesso R, et al. (2015) Lumican is overexpressed in lung adenocarcinoma pleural effusions. PLoSOne.10(5): e0126458.2、Munir RI, et
7、 al. (2015) Quantitative proteomic analysis of the cellulolytic system of Clostridium termitidis CT1112 reveals distinct protein expression profiles upon growth on -cellulose and cellobiose. JProteomics. S1874-3919(15)00207-9.3、Sahu A, et al. (2014) Host response profile of human brain proteome in t
8、oxoplasma encephalitis co-infected with HIV. ClinProteomics. 11(1):39.4、Marianowski P, et al. (2013) Proteomic analysis of eutopic and ectopic endometriotic tissues based on isobaric peptide tags for relative and absolute quantification (iTRAQ) method. NeuroEndocrinolLett.34(7):717-21. 谢谢谢谢！PTMPTM- -BiolabsBiolabs
