1、Chromatin Immunoprecipitation Assay (ChIP)染色质免疫沉淀实验染色质免疫沉淀实验基因表达:反式因子和顺式作用元件之间相互作用。 真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在。研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核基因表达机制的基本途径。概述概述原理方法比较举例基因表达调控功能基因组学染色质免疫沉淀实验染色质免疫沉淀实验(CHIP)(CHIP)研究体内研究体内DNADNA蛋白质相互作用的重要蛋白质相互作用的重要工具。工具。 它不仅可以灵敏地检测目标蛋它不仅可以灵敏地检测目标蛋白与特异白与特异DNA DNA 片段的结合情况，还可片段的结合情况，还可
2、以用来研究组蛋白与基因表达的关系。以用来研究组蛋白与基因表达的关系。概述概述原理方法比较举例CHIPCHIP原理原理在活细胞状态下固定蛋白质在活细胞状态下固定蛋白质DNADNA复合物复合物将其随机切断为一定长度范围内的染色质将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段小片段通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的富集目的蛋白结合的DNADNA片段片段对目的片断的纯化与检测对目的片断的纯化与检测概述原理原理方法比较举例概述原理原理方法比较举例操作步骤操作步骤一、固定一、固定 在活细胞状态下，用甲醛固定蛋白质DNA复合物，然后用化学（微球菌酶）或者机
3、械（超声波）的手段将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段。二、免疫沉淀二、免疫沉淀 利用目的蛋白质的特异抗体通过抗原-抗体反应形成DNA-蛋白质-抗体复合体，然后沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段。三、纯化与检测三、纯化与检测 经蛋白质与DNA 解偶联，DNA片段纯化等处理后，用PCR等方法检测DNA与蛋白质的结合情况.概述原理方法方法比较举例概述原理方法方法比较举例注意事项注意事项超声波破碎条件的选择抗体量的选择PCR反应条件的选择概述原理方法方法比较举例Input对照阳性对照：如组蛋白抗体阴性对照：阴性引物条件选择对照设置比较：比较：蛋白质蛋白质- -DNADNA相互作
4、用常用方法相互作用常用方法凝胶电泳迁移率改变分析凝胶电泳迁移率改变分析 （EMSA）DNase足迹法（足迹法（foot printing）染色质免疫沉淀实验染色质免疫沉淀实验(CHIP)体 内体 外概述原理方法比较比较举例EMSACHIP由于许多转录调控蛋白有相似或相同的DNA结合位点，EMSA获取的结果不一定能真实地反映体内转录调控蛋白和DNA结合的状况。能真实完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白，是目前确定与特定蛋白结合的基因组区域或确定与特定基因组区域结合的蛋白质的最好方法。概述原理方法比较比较举例应用举例应用举例概述原理方法比较举例举例Mantovani F, Tocco F, Gi
5、rardini J, et al. The prolyl isomerase Pin1 orchestrates p53 acetylation and dissociation from the apoptosis inhibitor iASPP. Nat Struct Mol Biol. 2007 Oct;14(10):912-920.概述原理方法比较举例举例Saleh A, Alvarez-Venegas R, Avramova Z. An efficient chromatin immunoprecipitation (ChIP) protocol for studying histone modifications in Arabidopsis plants. Nat Protoc. 2008;3(6):1018-1025.扩展应用举例扩展应用举例vCHIP-on-chip概述原理方法比较举例举例概述原理方法比较举例举例vcrosslinking immunoprecipitation (CLIP)For microRNAmRNA interactionAgo-argonaute蛋白谢 谢！
