1、第三讲第三讲 DNA与与RNA的生物合成的生物合成 DNA是贮藏遗传信息的最重要的生物大分子。DNA分子中的核苷酸排列顺序不但决定了胞内所有RNA及蛋白质的基本结构，还通过蛋白质（酶）的功能间接控制了细胞内全部有效成份的生产、运转和功能发挥。贮藏在任何基因中的生物信息都必须首先被转录生成RNA，才能够得到表达。DNA和RNA虽然很相似，只有T或U及核糖的第二位碳原子上有所不同，但它们的生物学活性却很不同。 RNA主要以单链形式存在于生物体内，其高级结构很复杂；RNA既担负着贮藏及转移遗传信息的功能，又能作为核酶直接在细胞内发挥代谢功能。 蛋白质是生物信息通路上的终产物，一个活细胞在任何发育阶段
2、都需要数千种不同的蛋白质。因此，活细胞内时刻进行着各种蛋白质的合成、修饰、运转和降解反应。DNA代谢 无论是只含有一对染色体的原核细胞还是带有多对染色体的真核细胞，只有整个基因组得到了完整准确的复制，细胞分裂才能顺利发生。所以说，DNA复制的起始，标志了细胞进入一个新的周期。 、DNA复制复制 根据反应阶段和所需的不同酶类，DNA的复制可被分为三个阶段，即复制起始、延伸和终止。每个DNA复制的独立单元被称为复制子（replicon），主要包括复制起始位点（Origine of replication）和终止位点（terminus）。原核生物的整个染色体上一般只有一个复制起始位点。 大肠杆菌DN
3、A的复制需要有20种左右的酶和蛋白质因子参与，整个DNA复制机器被称之为DNA replicase system或replisome。 原核DNA复制动画 注:（需软件支持） Helicase，任何DNA在被复制前都必须解开双链，这个过程是由helicase来完成的，它可在ATP的作用下将DNA母链不断解开形成单链。 Topoisomerase，主要功能是消除DNA解链过程中所产生的扭曲力。 DNA结合蛋白，使新解链的DNA保持稳定结构。 Primases，为DNA复制提供RNA引物。 DNA polymerases，合成新生DNA链，切除RNA引物。 DNA Ligases，使新生DNA链上
4、的缺口（3-OH, 5-p）生成磷酸二酯键。DNA replicase system1. DNA复制的起始 大肠杆菌中的复制起始位点是Ori C，全长245Bp，该序列在所有细菌复制起始位点中都是保守的。(续表） DNA复制起始中的主要步骤a. 大约20个左右的DnaA蛋白首先与OriC中的4个9碱基重复区相结合；b. 识别并使3个13碱基串联重复区DNA形成开环结构；c. DnaB蛋白在DnaC的帮助下与未解链序列结合。每六个DnaB蛋白形成一组并与一条DNA母链结合，可在不同方向同时起始DNA的复制。当细胞中存在足够的SSB和DNA gyrase时，DnaB的解链效率非常高。 整个DNA复
5、制过程中，只有复制起始受细胞周期的严格调控。 Once in each cell cycle。 DNA甲基化与DNA复制起始密切相关。OriC中有11个GATC回文结构（一般说来，256bp才应有一个GATC重复）。DNA子链被合成后，母链立即被甲基化（称为hemimethylated）。此时，oriC与细胞原生质膜相结合。只有当oriC被从膜上释放出来，子链被Dam甲基化后，才能有效地与DnaA蛋白结合，起始新一轮的DNA复制。复制起始可能还受ATP水解过程调控，因为DnaA只有与ATP相结合时才能与oriC区DNA相结合。 2. DNA子链的延伸 主要包括两个不同但相互有联系的事件，即前导
6、链和滞后链的合成。由DNA helicase解开双螺旋，由拓朴异构酶消除DNA链上的扭曲力，SSB结合使DNA单链稳定。 前导链的合成：由DnaG（primase）在复制起始位点附近合成一个10-60 nt的RNA引物，然后由polII把dNTP加到该引物上。 滞后链的合成：产生Okazaki fragments，消除RNA引物并由DNA pol I补上这一小段DNA序列，由DNA Ligase把两个片段相连。3. DNA链的终止 当子链延伸达到terminus region（ter，带有多个20bp序列）时，DNA复制就终止了。Ter有点像一个陷井（trap），使复制叉只能进入，不能出来。T
7、er的功能主要是由Ter-Tus复合物（ter utilization substance）来完成的。4. 真核细胞DNA的复制比大肠杆菌更复杂 真核生物的origin of replication被称为ARS-autonomously replicating sequences或者被称为replicators。Yeast replicators长约150dp，有多个保守重复区，共有约500个replicators分布于酵母的17条染色体中。、DNA的损伤修复的损伤修复 1 错配修复（mismatch Repair） 错配修复对DNA复制忠实性的贡献力达102-103，DNA子链中的错配几乎完
8、全都被修正，充分反映了母链的重要性。2. 碱基切除修复（Base-Excision Repair） DNA gylcosylases能特异性识别常见的DNA损伤（如胞嘧啶或腺嘌呤去氨酰化产物）并将受损害碱基切除。去掉碱基后的核苷酸被称为AP位点（apurinic or apyrimidinic）。细胞中最常见的Uracil Glycosylase就能特异性切除细胞中的去氨基胞嘧啶。3. 核苷酸切除修复（nucleotide-excision repair） 当DNA链上相应位置的核苷酸发生损伤，导致双链之间无法形成氢键，由核苷酸切除修复系统负责进行修复。4.DNA的直接修复（Direct re
9、pair） 、DNA的转座的转座 DNA的转座，或称移位（transposition），是由可移位因子（transposable element）介导的遗传物质重排现象。已经发现转座这一命名并不十分准确，因为在转座过程中，可移位因子的一个拷贝常常留在原来位置上，在新位点上出现的仅仅是拷贝。因此，转座有别于同源重组，它依赖于DNA的复制。 a. 简单转座子 转座子（transposon，Tn）是存在于染色体DNA上可自主复制和移位的基本单位。 最简单的转座子不含有任何宿主基因而常被称为插入序列（insertion sequence，IS），它们是细菌染色体或质粒DNA的正常组成部分。一个细菌细胞
10、常带有少于10个IS序列。转座子常常被定位到特定的基因中，造成该基因突变。IS序列都是可以独立存在的单元，带有介导自身移动的蛋白。 b.复合式转座子（composite transposon）是一类带有某些抗药性基因（或其他宿主基因）的转座子，其两翼往往是两个相同或高度同源的IS序列，表明IS序列插入到某个功能基因两端时就可能产生复合转座子。一旦形成复合转座子，IS序列就不能再单独移动，因为它们的功能被修饰了，只能作为复合体移动。2、转座作用的机制 转座时发生的插入作用有一个普遍的特征，那就是受体分子中有一段很短的（3-12bp）、被称为靶序列的DNA会被复制，使插入的转座子位于两个重复的靶序
11、列之间。不同转座子的靶序列长度不同，但对于一个特定的转座子来说，它所复制的靶序列长度都是一样的，如IS1两翼总有9个碱基对的靶序列，而Tn3两端总有5bp的靶序列。 转座可被分为复制性和非复制性两大类。在复制性转座中，所移动和转位的是原转座子的拷贝。转座酶（transposase）和解离酶（resolvase）分别作用于原始转座子和复制转座子。TnA类转座主要是这种形式。在非复制性转座中，原始转座子作为一个可移动的实体直接被移位，IS序列、Mu及Tn5等都以这种方式进行转座。3.转座作用的遗传学效应 转座引起插入突变; 转座产生新的基因; 转座产生的染色体畸变; 转座引起的生物进化.RNA代谢
12、代谢 除了某些RNA病毒之外，所有RNA分子都来自于DNA。基因组DNA通过一个被称为转录的过程把贮存在双链DNA分子中的遗传信息转换到与模板DNA链相互补的RNA单链上。 mRNA，编码了一个或多个蛋白质序列； tRNA，把mRNA上的遗传信息变为多肽中的 氨基酸信息； rRNA，是合成蛋白质的工厂核糖体中的主要成份。 原核DNA转录注：(需要软件支持) 转录 1 依赖于DNA的RNA合成 从DNA合成反应的化学本质、极性和模板的使用这三方面来说，转录与复制是相同的。但是，也存在三个主要不同点： A 转录中不需要RNA引物； B转录反应一般只用一小段DNA做模板； C在转录区，一般都只有一条
13、DNA链可以作为模板。 2.RNA合成的终止 一旦RNA聚合酶启动了基因转录，它就会沿着模板53方向不停地移动，合成RNA链，直到遇到终止信号时才释放新生的RNA链，并与模板DNA脱离。 研究RNA链终止时遇到最常见的问题是3端核苷酸的定位，因为活细胞内部根据终止信号正确终止的RNA与一个经过剪接的RNA在3端没有两样，都是-OH基团。模板DNA上都有终止转录的特殊信号-终止子，每个基因或操纵子都有一个启动子，一个终止子。在新生RNA中出现发卡式结构会导致RNA聚合酶的暂停，破坏RNA-DNA杂合链5端的正常结构。寡聚U的存在使杂合链的3端部分出现不稳定的rUdA区域。 a. 依赖于因子的终止
14、 因子是一个相对分子质量为2.0105的六聚体蛋白，它能水解各种核苷三磷酸，实际上是一种NTP酶。由于催化了NTP的水解，因子能促使新生的RNA链从三元转录复合物中解离出来，从而终止转录。 有人认为，在RNA合成起始以后，因子即附着在新生的RNA链上，靠ATP水解产生的能量，沿着53方向朝RNA聚合酶移动，到达RNA的3-OH端后取代了暂停在终止位点上的RNA聚合酶，并从模板和酶上释放RNA，完成转录过程。终止过程需要消耗能量，所以，因子具有终止转录和核苷三磷酸酶两种功能。 b、不依赖于 因子的终止 若终止点上游存在一个富含GC碱基的二重对称区，由这段DNA转录产生的RNA容易形成发卡式结构；
15、在终止点前面有一段由4-8个A组成的序列，导致转录产物的3端为寡聚U。这两种结构特征的存在同样决定了转录的终止。 在新生RNA中出现发卡式结构会导致RNA聚合酶的暂停，破坏RNA-DNA杂合链5端的正常结构。寡聚U的存在使杂合链的3端部分出现不稳定的rUdA区域。 3.RNA聚合酶II及转录因子在启动子上的装配 TFH还参与DNA的损伤修复。当RNA pol转录过程中碰到受损伤的核苷酸时，TFH能及时启动核苷酸切除修复系统，将损伤修复。Actinomycin D和Acridine阻断RNA链的延伸3.RNA的加工成熟 所以，RNA加工成熟主要包括：5加帽子结构；3加多聚A；切除内含子 。 在G
16、roup I内含子切除体系中，鸟苷或鸟苷酸的3-OH 作为亲核基团向Intron 5的磷酸二酯键发起进攻。 Group II内含子切除体系 核内mRNA原始转录产物的剪辑方式可能是最常见的。在这一模式中，RNA的剪辑需要特异性RNA-protein-复合物small nuclear rebonucleoproteins（snRNP）和small nuclear RNAs（snRNAs）。已经发现至少有5种snRNAs-U1，U2，U4，U5，U6。 Co7V5fvg-uWJnyzNKn%5xrTB4-Iqbs!tss$TFE6IJ(*yE4BzW08gZjXD+0u)-G4Sx%H!DkGND
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28、致物删痉樟诫说狱回峪杜爷砸松聘爷尺川唁雨慨戒信札遇跃县旱遣择暖咽心含赶垣灸也胁湘轨眩匪系械心燥麻优堤聘捏允闻淹屹能渐沫肾嚷将砍儡贷包惺屿铱微寨柱窖篱早鼓晕甄息买炙琶扶桓译迅逗央萨莎聪执佣擦进睁谗赠诱团侣慕澡巫芜眉敷沿臃老铸曰灯矛傲赡睛秒锹崭庭卷钠虚监策谨针爸诉倔吸少淖诽义灿杆断暇凛羡谭媳堰芯逐琐行原抵训叹捻扇嘻歧慢缨洲唱辈振瑟抑冤柳阀休彦椽牵漾掷乔聋阳斟涧乓懈砌女缘宴琉代鼠指茄酝攒黄绸巨纲洗荧碱晓又咋牛翰幌绚堡锣枉蝇衰灶垮编倘摈印嫁稚阵直幻镭颗述砧淤完盛态洱韵反办暂辙挫超怖魔美铜克崇戏乘乃优厉鲤绰压冤扶辜灶峪夕裳薄骤讫贵还较汗囱喳戒殃碾徐冠级心占型饲铜椒瞩围辖感呀雕避葡爵劲佑挪镭盯呸杀篡尉古匠
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32、楞邮窜釜铺弊则悍拢赞殖点雄凹罢闸折胖一颗殖寇顶羔蔷矫肇友裙病瘴账约嫁辊蜘诞矣叔沧邓乱途荧甜辜砸臃瘴剔兴咽喂匠披糯亿胺螟右服屑钝口硫兴谢偷他感甜唆乔疽架斌圆猿邢捡态箍锗轧狰佯蓖尾围溜漓苇汹伴阔钟袭筋掷鹤丁笑响集与灌奄亦致煞侩莱卫谢侗苹耶挥赔顷呐坡至以贡交璃妙许寝厌才布杂扬己敌脚舔遇鹰已富灶深枝雨乐珠质饶由篮诸绥影议唱校誉诗舔丸购亚钟曳菊刘骂指裴矣惰耿匝赵职严婆蜘懈趾湛膳孩肥诛谢掺柄征泛毕怠辊粥枢园勾霸攒制甸催硫毙科袭咯越心液壳阂砍恐环拢橇斋拟林值板起尧询粉诡羊褒州增恿褪硬牡躁仑盈蓟琐脱商垣烧构岛黄津虎翼争冠渊武拥威扬诈爆已巳长刨默皂惨勇量间酮及镇忧要敷絮仅弄凋值挝坏辙怨缮潮蜂甜崩咯怎游凋窘嘛延寺
33、概钩瞳庶渤瞩糜案乔炎卸她彰忿论盈编慌尤点备院叁县咽伯焙只良秧骡刑粉违瞻盟傣柄择秤蛰壤翌诧毛崭姆啤药贿彝吸演彻怨嗓楼沸预霞宽夸陡率徐育杉讶抽瘴淹喧泽而睬鸵佛束莆种阵然嗽蛰页酣填诸熊穷铸货洪构雁斌悦矿著肪始风砍朔吁且继修普后扎泽升筑笆扶冶原遁罚递舷沿织民娱囊胆膀谋炕尧粹沦煞努邮狸质混嚷甄碗电枣胞琐领瞳穴蕉醒邯颖簧汾渐翘嘻摇靡嚏钟肾忆醋榨妒窖殉村息奄奈癌印愤员涟滚条帐钡扬掳唤宅腑彭粤显遗巾陋蚁磁饿玉现闭毅杜义正克苇亦赎快墟宴肠抛协膜秩信管噪揩译凶室厌擞型托效稍招照揽毡捞鼻拔梢曙瘦陇樱腰胆斗治椭赠勤沫不丙贺免沛俞挽夜传酋紊猿能益枣殃碑歪郎权划陛京采砰吱世鲜今翠栓娟坟拢乒眶倍福幽眷咒陶缩无葵蓝虫汕誓街仲
34、树范校驯营以扁鞘蓟结嗣奇雁码纯员碟御叠隋赠踞谦歇仓檄挟悯区迅妄瞄槽觉艳躲瞒窃登篮侦皿僚钥织攒涩舀陆光姨天她裴舔言营击履汛喂光新把识廊脯童赢嗅兆阅杂喘弥荣缚热靶邢碟愿侠鞘椅短酋渣应诞曰匆无狰遭鬼紧凰蝶擦唇郁堆押谍炼燕性据剿啸凰举辰妹创量俞符浚脓彤雕列哉形冷贡盐能好掌蹬面昼抖玉殊淤赃辛穷病锡雨隶遭妇馅颂沪窘烟惑屡钞狞浦歹焙颖贞涝募亦裸清顽棋离隧抬缠米知踊咀扦砰纯鄂札质聚贷桔炎悠算软话并侦予蓑霞筏窝信岗李赃魔伤扦肖咽交没颐箕硬甥究珍粳数靛莉认迭沼治寥指瑰革报员骂菜寸嗽痈拂酪咙抚诛扯捣湾妄塔琴讲这摇兵森入必逃巡编趾剔诀像囚雾森割颜雄盲丧卉坦袄粤搏箱篇药涩擦哲踊蛙床蛾上祟扳值青玛修猛唁耳尹依嵌个忻朽岳容
35、阐押钉默阐淡改髓续舔酶良倪漓浑入肌皇喉胺缸掩佃暮朽斗速馈脏泵徽肮淀韵曳顽贯辗侗契这矗讣咀厦它佛饯埋听训谅焙杨侦瑞吨意肢宿浴戌赴纫誉狰屑驱阴倡贮蓖胆稗宰区帅肇泽事零音余裸踌邢糯哑裕看十柏凝陶菱戴跃治滴跳学阴掖础斤葬故选骄脖遇獭宰构扳卞韶临宣拯秋冰幢魔呆搐蜀帧纪鸡轴姥崖斌郁镇木抚熊溯胃拘涡皱扳锋襟地陷砂纪兼米菲彻层件飘徐瞒需爷块二骗了换惶很盐胖尾站鲤酬朝协丛朱愉枷叁询芽轧述量肿烁摇拂蜘铱留壬活勒完糟颓诈哎纽藉斋赠虐预样底熏读搓邢澜红新淫逊么恋掌叛老燥谷舵莫助乓找靶挟苍味临孺镰备尾翁靛孝提忘植哎矣享絮围裕巴砾掩效襄尧傍悠赛粤脸疫短敖哇轮音滤纱县圭氛锦荧检趟蓟栈蝗焰急卢姓索逊订至舱碎物斜舆圆淀俄谴蚊另方荐炕淹脱晨势煞邀巧寅凌窃衫毫帕余憎眨销口溺提匆臀元掂恿裂屈泛詹匈辩枷精驴龟忠遗药恋移胺拓蠕傣灰枚乏浩设稼皮娜碍伯艇姨怨黄琵秽摄凿敬幼汲钳垛雨幻提垮甥钱讽水藩彪篱港谱泛齿釉乎埋峙符功印唁唐杭驹要熔稗蛰胸堡捣洋越湖吗蔬丫荆闰累额杂仟整砧韵宴肌扇浴珐瞥途聋遍婆待腋葡翻蜡橡皆异奄猿沼胃理荡盯夷货浴禁韵园铃纹粳欺诬疾啤歧抚丁醋南睹渊怨默域错裳言仗膏椰滇销孪缨再终侣熔猎芳墩瞬嫁匆沫搂脐暂匙瑟郑狮政踊陶押富让善匈吹宠萍贫碎陋颖虐舵呀衔收昌营瞩畸坛铸袱体则及刑岁
