1、肺癌分子病理检测进展北京协和医院 曾瑄主要内容1.肺癌驱动基因的突变谱 2.EGFR基因突变检测技术的进展及临床意义3.其它驱动基因的检测及要解决的问题Front Oncol.2014 Jul 16;4:182.高加索人群NSCLC驱动基因突变谱Aisner DL,et al.2014 ASCO Abstract 11030.Giaccone G,et al.2013 ASCO Abstract 7513.美国LCMC I肺腺癌结果Molecular Profiling and Targeted Therapy for Advanced Non-Small Cell Lung Cancer,S
2、mall cell Lung Cancer,and Thymic Malignancies Trial.The Lung Cancer Mutation Consortium高加索人群NSCLC发生EGFR基因突变约占20%在亚洲人群NSCLC驱动基因突变谱中国检测结果日本检测结果EGFR依然是亚裔腺癌最常见的驱动基因，约占50%Koh Y,et al.2013 ASCO Abstract 7572.Wu YL,et al.2011.Cancer Treatment Reviews 39(2013)839肺癌驱动基因的突变谱：腺癌&鳞癌腺癌鳞癌21%25%36%7.8%3.3%2.6%2.2%
3、0.8%0.7%0.7%0.1%肺腺癌与肺鳞癌发生模式不同，腺癌以突变为主，鳞癌以扩增为主。Aisner DL,et al.2014 ASCO Abstract 11030.Gadgeel SM,et al.2014 ASCO Abstract 7592.EGFR 突变率：12.7%过表达率：57%扩增率：61%l EGFR突变患者中：66%MET高表达，7%MET扩增患者或可获益于EGFR和MET双重靶向治疗 54%TP53突变患者或可对TKI耐药，对放疗交叉耐药入组患者：N=6785NSCLC研究方法：多平台检测6种肿瘤标志物 测序法(Sanger，二代测序)蛋白表达(IHC)基因扩增(C
4、ISH/FISH)研究终点：各肿瘤标志物的突变、表达、扩增、重排率Xiu J,et al.2014 ASCO Abstract e19012.评估6785例NSCLC患者肿瘤标志物以指导联合治疗策略ALK ALK重排率：2.8%l ALK重排阳性患者中：19%EGFR扩增，3%MET扩增，2%HER2扩增患者或可获益于克唑替尼、西妥昔单抗、曲妥珠单抗、onartuzumabBRAF BRAF突变率：3.3%l BRAF突变患者中：58%EGFR高表达，48%MET高表达患者或可获益于Dabrafenib、西妥昔单抗、onartuzumab研究结论：多靶点基因变异发生可能并不相斥高通量的检测平台
5、高通量的检测平台主要内容1.肺癌驱动基因的突变谱 2.EGFR基因突变检测技术进展及临床意义3.其它驱动基因的检测及要解决的问题T790M突变率：36/66(54.5%)Zheng D,et al.2014 ASCO Abstract 11049.检测标本:66例NSCLC患者PD后血浆cfDNA其中部分患者未PD时血浆cfDNA 研究终点：T790突变率数字PCR法:检测T790M突变16.7%（6/36）例仅有T790M突变，83.3(30/36)例T790M突变和敏感突变共存9.1%（6/66）患者仅有EGFR敏感突变36.4%（24/66）患者未检测到EGFR突变T790M posit
6、ive rate:54.5%(33/36)无创动态监控获得性EGFR-T790M突变及探索TKI治疗的晚期NSCLC患者T790M突变异质性血液检测可早于影像学发现肿瘤进展在临床PD前中位2个月时即可在血浆cfDNA中检测到T790M(范围：1.5-3.5个月)时间(月)EGFR突变率(%)仅T790M双突变仅外显子19缺失/L858R80.00%60.00%40.00%20.00%0.00%m-2(n=12)-2m0(n=16)0m 2(n=44)2m 4(n=20)490%EGFR敏感突变率：数字PCR法和ARMS法结果相似(80-90%)AZD9291研究入组EGFR突变阳性患者检测标本
7、：(n=38)AZD9291临床研究(NCT0182632)中入组患者血浆及部分相应肿瘤组织研究终点：EGFR突变率ARMS平台罗氏Cobas凯杰Therascreen EGFR突变检测试剂盒数字PCR平台BioRad 微滴数字PCR PCR(MolecularMD)BEAMing(Inostics)循环肿瘤DNA(ctDNA)检测NSCLCEGFR突变状态：跨平台方法学比较以支持AZD9291研究Thress K,et al.2014 ASCO Abstract 8092.EGFR敏感突变四种检测方法检测EGFR敏感突变具有高灵敏度和高特异性T790MDigital PCR和AS-PCR检测
8、NSCLC患者血浆T790M突变与组织相比具有高灵敏度，其中Digital PCR更有优势Roche cobas AS-PCRQiagen therascreen ARMSMolMD droplet dPCRInostics BEAMing dPCR19 DEL assaysSensitivity86%(24/28)82%(23/28)-90%(19/21)Specificity100%(10/10)100%(10/10)-100(10/10)concordance89%87%-93%L858R assaySensitivity90%(9/10)78%(7/9)90%(9/10)100%(9/
9、9)Specificity100%(28/28)100%(28/28)100%(28/28)91%(19/21)concordance97%95%97%93%T790M assaySensitivity41%(7/17)29%(5/17)71%(12/17)69%(9/13)Specificity100%(6/6)100%(6/6)83%(5/6)67%(4/6)Concordance57%48%74%68%NSCLC患者M1b期T790M突变明显高于M1a/M0期组织和血浆检测T790M突变状态对AZD9291临床有效率Plasma ctDNADisease classificationT7
10、90M+T790M-M1a/M025%(3/12)75%(9/12)M1b77%(20/26)23%(6/26)TissuePlasmaT790M(+)T790M(-)T790M(+)T790M(-)Response Rate(CR&PR)62%(26/42)26%(6/23)63%(24/38)29%(10/34)Disease control Rate(CR,PR&SD)95%(40/42)70%(16/23)89%(34/38)76%(26/34)EGFR-T790M突变率：数字PCR法高于ARMS法(67-71%vs 29-41%)转移性患者高于局部疾病患者(77%vs 25%)T79
11、0M突变与AZD9291疗效相关性 基线T790M突变可以定量的患者缓解率为71%，而基线水平检测不到T790M突变的患者缓解率为31%结论：Digital PCR检测T790M突变敏感度达70-80%，且一致性高，优于其他检测方法。疗效的动态监测疗效的动态监测Goldber SB,et al.2014 ASCO Abstract 8093.检测标本：(n=52)52例EGFR敏感突变肺腺癌患者血浆标本其中32例患者在治疗中多次取血样其中31例患者在获得性耐药时活检取样研究终点：ctDNA中EGFR敏感突变、T790M突变NGS检测患者特征患者数（n=22）肿瘤特征患者数（n=22）年龄（岁）
12、64（46-79）肺腺癌22（100%）性别 男 女16（73%）6（27%）EGFR基因敏感突变 19DEL 21L858R13（59%）9（41%）吸烟状态 从不吸烟 既往吸烟12（55%）10（45%）获得性耐药T790M突变阳性阴性11（50%）11（50%）二代测序(NGS)检测晚期EGFR突变肺腺癌患者循环肿瘤DNA(ctDNA)中EGFR敏感突变和耐药突变突变突变肿瘤和血肿瘤和血浆都检测浆都检测到到肿瘤和血肿瘤和血浆都未检浆都未检测到测到仅在血浆仅在血浆中检测到中检测到仅在肿瘤仅在肿瘤中检测到中检测到共计共计EGFR T790M765422获得性耐药患者肿瘤组织和血浆中EGFR
13、T790M 耐药突变检测结果 在获得性耐药的患者中，有11/22（50%）患者的肿瘤组织发生T790M突变 -7/11例患者同时伴有肿瘤和血浆T790M突变 在未存在肿瘤T790M突变的患者中，5例仅在血浆中检测到T790M突变，说 明可能存在肿瘤异质性NGS检测ctDNA EGFR敏感和耐药突变可行但仍需优化主要内容1.肺癌驱动基因的突变谱 2.EGFR基因突变检测技术进展及临床意义3.其它驱动基因的检测及要解决的问题Virchows Arch(2014)464:3473581.检测方法的选择检测方法的选择根据分子改变机制选择检测方法根据分子改变机制选择检测方法肺癌肺癌ROS1TheOnco
14、logist 2013;18:865875已知融合类型：已知融合类型：10种种未知融合类型：？未知融合类型：？N Engl J Med.2014 Sep 27.RT-PCR to detect specific ROS1 fusion transcripts确定阳性的判读标准确定阳性的判读标准2.判读标准的确定判读标准的确定3.了解靶向药物及其适应症了解靶向药物及其适应症Targeting de novo c-Met overexpression for advanced non small lung cancer 2014-ESMO-198P Ann Li,et al.IHC:50%肿瘤细胞
15、具有中等至强的染色肿瘤细胞具有中等至强的染色（抗体抗体SP44）FISH:5 个拷贝数个拷贝数（探针探针KREATECH）Cancers 2014,6,1540-1552;3.了解靶向药物及其适应症了解靶向药物及其适应症同一靶点不同药物，判读标准不同同一靶点不同药物，判读标准不同同一靶点相同药物但不同疾病，判读标准不同同一靶点相同药物但不同疾病，判读标准不同PARP（多聚（多聚ADP核糖聚合酶）抑制剂核糖聚合酶）抑制剂 PARP参与参与DNA的剪切修复，抑制的剪切修复，抑制PARP可致可致DNA单链修复缺陷单链修复缺陷正常细胞会借助正常细胞会借助BRCA蛋白通过同源重组进行双链蛋白通过同源重组
16、进行双链DNA修复；修复；但对于瘤细胞（但对于瘤细胞（BRCA突变或缺失），因突变或缺失），因BRCA蛋白功能缺失，蛋白功能缺失，更易从更易从PARP抑制剂中获益抑制剂中获益Clin Cancer Res;20(3)February 1,2014同源重组同源重组缺陷PD-1&PD-L1Chin J Cancer;2014;Vol.33 Issue 9.443Chin J Cancer;2014;Vol.33 Issue 9.443肉眼判断是否10%肿瘤组织H&E 染色&确定肿瘤组织Step 1DNA样本制备DNA 纯化DNA 定量Step 2建立PCR反应体系Step 3自动化分析cobas
17、z 480 Step 4标准化报告整体解决方案&自动化cobas肿瘤学分子检测：自动分析结果，减少人为误差突变覆盖范围广外显子外显子18Freq外显子外显子19Freq外显子外显子19Freq外显子外显子19Freq外显子外显子20Freq外显子外显子21FreqG719A62390.8%Del622317.8%Del123870.3%Del135500.1%T790M62402.8%L858R622439.9%G719S62520.8%Del622510.2%Del62100.3%Del123860.1%S768I62410.7%L858R124290.1%G719C62530.6%Del1
18、23703.4%Del260380.2%Del135520.1%Ins123760.2%Del123822.5%Del135560.1%Del123850.1%Ins134280.2%Del123691.5%Del124220.2%Del124160.1%Ins123780.1%Del123841.3%Del62200.1%Del184270.1%Ins123770.1%Del62550.8%Del135510.1%Del235710.1%Ins135580.1%Del123830.7%Del123670.1%Del124030.1%Del126780.6%Del124190.2%Del62180.6%Del127280.2%Del62540.5%激活性突变激活性突变耐药性突变耐药性突变 激活性突变激活性突变(TKI(TKI敏感性敏感性)：19缺失，21点突变，18点突变 耐药性突变耐药性突变(TKI(TKI耐药性耐药性)：外显子20突变针对穿刺小标本有更高的提取效率操作自动化 阅片自动化整体解决方案&自动化2014年年CSCO年会厦门年会厦门多学科合作多学科合作伊马替尼环磷酰胺他莫昔芬卡培他滨，氟尿嘧啶拉布立酶氟尿嘧啶氨甲喋呤恩环类药物芳香化酶抑制剂巯基嘌呤，巯基鸟嘌呤，顺铂伊立替康Thank you
