1、第八、九章第八、九章感染性疾病的分子诊断感染性疾病的分子诊断.感染是病原体和人体之间的相互作用过程感染是病原体和人体之间的相互作用过程病原微生物：致病菌（条件致病菌）病原微生物：致病菌（条件致病菌）微生物人体微生物人体不不同同的的感感染染状状态态共共生生状状态态在正常情况下，人体的一些腔道和体表均有微生物寄生在正常情况下，人体的一些腔道和体表均有微生物寄生.感染性疾病感染性疾病：由某种病原体所致，：由某种病原体所致，通过不同方式引起人体发生感染并通过不同方式引起人体发生感染并出现临床症状的疾病。出现临床症状的疾病。病原体病原体：病毒、细菌、原虫、支原：病毒、细菌、原虫、支原体、衣原体、立克次体
2、、螺旋体、体、衣原体、立克次体、螺旋体、寄生虫寄生虫。.常规检测方法：常规检测方法：免疫学方法免疫学方法 微生物学方法微生物学方法 受敏感性、特异性限制，不易早期诊断，受敏感性、特异性限制，不易早期诊断，并且不易提供病原体分型及耐药性方面的信并且不易提供病原体分型及耐药性方面的信息。息。.一般性策略（检出病原体）：一般性策略（检出病原体）：判断有无感染判断有无感染 是何种病原体感染是何种病原体感染 常用方法：常用方法：PCR 杂交杂交 完整性策略：完整性策略：检出检出病原体病原体 分型（分类）亚型耐药性分型（分类）亚型耐药性 常用方法：杂交、常用方法：杂交、PCR、基因芯片、基因芯片、DNA测
3、序测序.病原体核酸分子（病原体核酸分子（DNA/RNA）基因表达产物基因表达产物 代谢物代谢物 免疫应答分子免疫应答分子细细胞胞免免疫疫体体液液免免疫疫TT致敏致敏T细胞细胞淋巴因子淋巴因子B浆细胞浆细胞IgMIgGIgAIgDIgE感染早期出现感染早期出现临近恢复期出现临近恢复期出现与原虫和蠕虫感染有关与原虫和蠕虫感染有关.二、感染性疾病分子诊断的常用方法 根据目的基因是否被放大，可分为杂交法和扩增法。信号放大技术检测方法 靶分子数目不变，而检测的探针信号放大 采用多酶、多探针或二者结合等方法来增加探针标志物的浓度使检测信号得到放大。靶分子扩增技术检测方法 靶分子（RNA、DNA或探针）的扩
4、增 PCR、替代扩增、LCR等.引物A 靶RNA 引物B RNAcDNA RT 355535353cDNA cDNA模板 553353引物B RNAseH RT T7RNA聚合酶 100-1000 RNA扩增子 53533535引物A 355RNAseH RNA RNA cDNA cDNA 5端带有T7RNA聚合酶结合位点，3端碱基与靶RNA 3端序列互补;的碱基序列与cDNA 3端序列互补.nucleic acid sequence-based amplification(NASBA).NASBA的特点为操作简便，不需特殊仪器，的特点为操作简便，不需特殊仪器，不需温度循环。整个反应过程由三种
5、不需温度循环。整个反应过程由三种 酶控制，酶控制，循环次数少，忠实性高循环次数少，忠实性高,其扩增效率高于其扩增效率高于PCR，特异性好。特异性好。.引物A 靶RNA 引物B RNAcDNA RT 355535353cDNA cDNA模板 553353引物B RNAseH RT T7RNA聚合酶 100-1000 RNA扩增子 53533535引物A 355RNAseH RNA RNA cDNA cDNA 5端带有T7RNA聚合酶结合位点，3端碱基与靶RNA 3端序列互补;的碱基序列与cDNA 3端序列互补.nucleic acid sequence-based amplification(N
6、ASBA).NASBA的特点为操作简便，不需特殊仪器，的特点为操作简便，不需特殊仪器，不需温度循环。整个反应过程由三种不需温度循环。整个反应过程由三种 酶控制，酶控制，循环次数少，忠实性高循环次数少，忠实性高,其扩增效率高于其扩增效率高于PCR，特异性好。特异性好。.三、感染性疾病分子诊断的标本处理 标本采集处理主要包括选择合适的标本种类、标本量、抗凝剂等及对标本进行合适的传送、保存和预处理。.四、感染性疾病分子诊断的结果解释1.阴性结果 假阴性可能性 方法的灵敏度太低 方法失败 目标分子2.阳性结果 假阳性可能性 方法的特异性 受到污染.3.定性检测结果 有时不能提供病原体活力相关信息 临床
7、治疗病情缓解后一定时间内，在患者样本中仍可以检测出相应的病原体。有些病原体潜伏在进体内，没有临床症状。4.疾病状况的判断 检测出病原体的存在并不能说此病原体就是引起疾病的直接原因。该病原体可能是一种正常菌群 .五、感染性疾病分子诊断的临床应用及评价 用于感染性疾病治疗的监控和预测、病情发展过程的危险性评价及疾病预后等。耐药性的检测 细菌的分型 流行病调查.第一节第一节 病毒的基因检测病毒的基因检测人类许多感染疾病由病毒引起，如病毒性肝人类许多感染疾病由病毒引起，如病毒性肝炎、脑炎、流行性感冒等等，占人类传染疾炎、脑炎、流行性感冒等等，占人类传染疾病的病的75%75%左右。左右。400400多种
8、不同病毒。多种不同病毒。病毒结构：大病毒结构：大 小：小：20-300nm 20-300nm 核心区：核酸（核心区：核酸（DNADNA或或RNARNA）外周衣壳：蛋白质外周衣壳：蛋白质 包膜：脂质（镶嵌有蛋白质）包膜：脂质（镶嵌有蛋白质）.我国是我国是HBVHBV高流行区，高流行区，50%50%70%70%的人受的人受过感染，过感染，8%8%10%10%是是HBVHBV携带者，肝炎患者携带者，肝炎患者中中60%60%是慢性肝炎患者，导致肝硬变，是慢性肝炎患者，导致肝硬变，HBVHBV又与原发性肝癌密切相关。又与原发性肝癌密切相关。外壳（外壳（HBsAg):HBsAg):外壳蛋白成分为表面抗原外
9、壳蛋白成分为表面抗原 核心（核心（HBcAg)HBcAg)：DNA DNA DNA DNA 聚合酶聚合酶 HBcAgHBcAg一、一、乙型肝炎病毒乙型肝炎病毒.Dane颗粒（完整的病毒）形态颗粒（完整的病毒）形态HBsAgHBcAgHBV DNADNAPol（外膜蛋白）（外膜蛋白）（核衣壳蛋白）（核衣壳蛋白）完整的乙肝病毒颗粒直径42纳米由双层外壳和一个核心组成的，核心直径为27纳米，内含DNA双链和DNA多聚酶.（一）病毒基因组结构（一）病毒基因组结构 3.2kb3.2kb双链双链DNADNA病毒病毒 不完全双连环状不完全双连环状DNADNA 长链长链L L为负链：有为负链：有4 4个开放阅
10、读框个开放阅读框S S、C C、P P、X X S S区编码外膜蛋白（区编码外膜蛋白（HBsAgHBsAg）C C区编码区编码HBeAg HBeAg、HBcAg HBcAg p p区编码区编码DNADNA聚合酶聚合酶 X X区位编码区位编码X X蛋白，可能与病毒蛋白表蛋白，可能与病毒蛋白表 达有关。达有关。短链短链S S为正链：长短不一为正链：长短不一.pre-s1 pre-s2S P P C C pre-c XHBV DNA 3.2 kbpre-S1 pre-S1蛋白蛋白 pre-S2 pre-S2蛋白蛋白 S HBsAg pre-C HBeAg C HBcAg P DNAP X HBxAg
11、HBVHBV基因组结构基因组结构.HBV基因序列差异的多少，可将基因序列差异的多少，可将HBV划分为不同的基因划分为不同的基因型，至今为止已发现型，至今为止已发现A、B、C、D、E、F、G、H共共8种基种基因型：因型：A型主要存在于白人，型主要存在于白人，B型和型和C型主要存在于亚洲人群型主要存在于亚洲人群 E型主要存在于西非型主要存在于西非 F型仅见于中南美洲的土著人型仅见于中南美洲的土著人 G型和型和H型很少见型很少见 不同基因型序列长度不同，主要是前不同基因型序列长度不同，主要是前S1区的不同。我国流区的不同。我国流行的主要是行的主要是B和和C基因型，长江以北以基因型，长江以北以C型为主
12、，长江以南型为主，长江以南以以B型为主，另又少量的型为主，另又少量的A型、型、D型和混合型。西北和西南型和混合型。西北和西南尤其是西北有较高比例的尤其是西北有较高比例的D型型.A(n)mRNAcccDNAHBsAg 包膜包膜负负链链DNA包包裹裹后后的的前前基基因因 mRNA传染性传染性HBV病毒颗粒病毒颗粒传染性传染性HBV病毒颗粒病毒颗粒部分双链部分双链DNA逆转录酶逆转录酶DNA聚合酶聚合酶.（二）分子诊断（二）分子诊断 常用的免疫学检测方法，即二对半的检测存常用的免疫学检测方法，即二对半的检测存在窗口期，不易早期诊断。在窗口期，不易早期诊断。1.PCR 1.PCR 采用普通采用普通PC
13、RPCR、FQ-PCRFQ-PCR、竞争性、竞争性PCRPCR、免疫、免疫杂交杂交PCRPCR，可提供直接、准确的病原学诊断证，可提供直接、准确的病原学诊断证据。引物是根据据。引物是根据S S、C C、P P、X X基因中高度保守基因中高度保守序列设计，决定扩增的特异性和敏感度。序列设计，决定扩增的特异性和敏感度。.扩增位置扩增位置 引物序列引物序列 扩增片断（扩增片断（bp)bp)P P、X X基因基因 5 5-ATACTGCGGAACTCCTAGC-3-ATACTGCGGAACTCCTAGC-3 278 278 5 5-CCGCGTAAAGAGAGGTGCG-3-CCGCGTAAAGAGA
14、GGTGCG-3 C C基因基因 5 5-ATACCACAGAGTCTAGACTCGTGGTGGACT-3-ATACCACAGAGTCTAGACTCGTGGTGGACT-3 477 477 5 5-AAGCCCTACGAACCACTGAACAAATGGCAC-3-AAGCCCTACGAACCACTGAACAAATGGCAC-3 C C基因基因 5 5-GCTTTGGGGCATGGACATTGACCCCTATAA-3-GCTTTGGGGCATGGACATTGACCCCTATAA-3 258 258 5 5-ATGGGATCCCTGGAATGCGGGTCTTCCAAA-3-ATGGGATCCCTG
15、GAATGCGGGTCTTCCAAA-3 .有时为了证实扩增产物的特异性，对扩增产有时为了证实扩增产物的特异性，对扩增产物进行以下分析：物进行以下分析：RLFP 斑点杂交斑点杂交 Southern杂交杂交 .2.2.支链支链DNADNA信号放大技术信号放大技术(bDNA(bDNA）原理原理:捕获探针捕获探针 检测检测 靶探针靶探针1 1 体系体系 靶探针靶探针2 2 bDNA bDNA分子分子:DNA:DNA主链上结主链上结 合多个侧链合多个侧链 .捕获探针固化在微孔板上捕获探针固化在微孔板上 靶探针靶探针1 1分别与捕获探针及待测核酸杂交分别与捕获探针及待测核酸杂交 靶探针靶探针2 2分别与
16、待测核酸及分别与待测核酸及bDNAbDNA杂交杂交 形成复合物：形成复合物：固相支固相支持物持物捕获捕获探针探针靶探靶探针针1CEs待测待测核酸核酸靶探靶探针针2LEsbDNA复合物复合物.分支链DNA信号放大技术(bDNA).信号检测：信号检测：bDNA可结合很多酶标探针，可结合很多酶标探针，酶催化底物（酶催化底物（1,2-二恶二酮，二恶二酮，dioxetane）发光，使核酸信号放大，且发光强度与发光，使核酸信号放大，且发光强度与DNA量成正比。量成正比。优点：放大倍数确定优点：放大倍数确定 阳性检出率高阳性检出率高 稳定性和可重复性好稳定性和可重复性好 操作简便，省时，易于普及操作简便，省
17、时，易于普及.3.基因芯片技术基因芯片技术 标本经标本经PCR扩增后与芯片上的特异探扩增后与芯片上的特异探针进行杂交，可以检测：针进行杂交，可以检测：是否有病毒感染是否有病毒感染 感染病毒的种类及亚型感染病毒的种类及亚型 病毒的耐药情况病毒的耐药情况 特点：可同时进行大量标本的检测特点：可同时进行大量标本的检测.近年来陆续上市的核苷(酸)类似物对HBV的治疗压力集中在P区。干扰素治疗对HBV的压力主要集中在前C/C区及前S区。lamivudineadefovirentecavirtelbivudine.YMDD(酪氨酸-蛋氨酸-天冬氨酸-天冬氨酸)HBV对拉米夫定耐药是HBV DNA聚合酶突变
18、所致。耐药基因位点(YMDD)位于聚合酶的C区(rtM2041或rtM204V)，分别是YMDD中的蛋氨酸(M)被异亮氨酸(I)或缬氨酸(V)所替代，形成YIDD或YVDD变异.拉米夫定作用靶位为HBV DNA聚合酶C区。有研究表明，拉米夫定与HBV逆转录酶的亲和力与位于第552位氨基酸侧链长度有关，异亮氨酸和缬氨酸取代蛋氨酸，使侧链氨基酸长度缩短，使逆转录酶dNTP结合区增大，不适于拉米夫定结合，从而诱发耐药性。.1.基因测序法基因测序法 2.荧光定量荧光定量PCR方法方法 基本原理基本原理 确定探针特定的确定探针特定的TM值来区分是否突变值来区分是否突变 常用方法常用方法 覆盖突变位点荧光
19、双探针杂交覆盖突变位点荧光双探针杂交 YIDD YMDD YVDD46.91 54.64 50.74.（三）临床意义（三）临床意义1.1.早期诊断早期诊断 免疫学检测敏感性：免疫学检测敏感性：0.10.1g/ml g/ml 核酸杂交检测敏感性：核酸杂交检测敏感性：0.1pg/ml 0.1pg/ml PCR PCR检测：检测：0.1fg/ml 0.1fg/ml 因此，在感染早期即可通过因此，在感染早期即可通过DNADNA检测证实病检测证实病毒的存在。毒的存在。.2.监测治疗效果监测治疗效果:HBVDNA107拷贝拷贝/ml提示病毒复制活跃；提示病毒复制活跃；HBVDNA104拷贝拷贝/ml治疗有
20、一定疗效；治疗有一定疗效；HBVDNA103拷贝拷贝/ml、HBeAg阴转、转阴转、转氨酶正常为乙型肝炎临床治愈指标；氨酶正常为乙型肝炎临床治愈指标；3.判断病情，指导制定合理的治疗方案判断病情，指导制定合理的治疗方案.4.病毒耐药性的检测病毒耐药性的检测 乙肝病毒乙肝病毒DNA聚合酶聚合酶YMDD处的突变是处的突变是病毒产生耐药性的重要原因，通过监测病毒产生耐药性的重要原因，通过监测YMDD的突变情况，可以获得病毒耐药性方的突变情况，可以获得病毒耐药性方面的信息，指导抗病毒治疗。面的信息，指导抗病毒治疗。.二、流行性感冒病毒二、流行性感冒病毒 流行性感冒病毒流行性感冒病毒(Influenza
21、 virus)，是引起流行性，是引起流行性感冒的病原体感冒的病原体;分为甲分为甲(A)、乙、乙(B)和丙和丙(C)3个个型别型别;根据病毒颗粒表面根据病毒颗粒表面(Haemagglutinin，HA)和和(Neuramiridase，NA)的抗原性，甲的抗原性，甲型流感病毒又可分为不同的型流感病毒又可分为不同的亚型亚型。甲型流感病毒易发生变异，致病力强，甲型流感病毒易发生变异，致病力强，1918年发生年发生在西方国家的大流感杀死了几千万人，在西方国家的大流感杀死了几千万人，即是由甲型即是由甲型流感病毒引起。流感病毒引起。There are 16 different H antigens(H1
22、to H16)and nine different N antigens(N1 to N9).（一）流感病毒基因组结构（一）流感病毒基因组结构 单链单链RNA病毒，病毒，RNA为负链；为负链；有有8个个RNA片段或片段或7个个RNA片段；片段；所有所有RNA片段片段5末端和末端和3末端高度保守；末端高度保守；两种不同亚型病毒感染宿主时，会生成基因两种不同亚型病毒感染宿主时，会生成基因重配的新病毒；重配的新病毒；RNA基因在复制过程中基因在复制过程中 常会发生点突变。常会发生点突变。.（二）分子诊断方法（二）分子诊断方法 可采用可采用RT-PCR、FQ-PCR检测流感病毒检测流感病毒RNA。引物
23、常按流感病毒保守的非结构基因。引物常按流感病毒保守的非结构基因（NS）的序列进行设计。）的序列进行设计。为证实为证实PCR扩增产物的特异性或提高检测的扩增产物的特异性或提高检测的灵敏度，可用限制性内切酶分析法、斑点杂灵敏度，可用限制性内切酶分析法、斑点杂交法、交法、Southern印迹法进行扩增产物的分析。印迹法进行扩增产物的分析。.扩增位置扩增位置 引物序列引物序列 扩增扩增片段大小片段大小 NS基因基因 5-AAGGGCTTTCACCGAAGAGG-3 190(bp)5-CCCATTCTCATTACTGCTTC-3 NS基因基因 5-ATGGCCATCGGATCCTCAAC-3 241(b
24、p)5-TGTCAGCTATTATGGAGCTG-3.（三）临床意义（三）临床意义 流感病毒的诊断过去主要靠鸡胚羊膜腔流感病毒的诊断过去主要靠鸡胚羊膜腔培养和血清学血凝抑制试验，这些方法比较培养和血清学血凝抑制试验，这些方法比较费时，灵敏度低，难以作出早期诊断。费时，灵敏度低，难以作出早期诊断。PCR法敏感、特异、简便、快速，并且法敏感、特异、简便、快速，并且可用于流感病毒的分型和流行病学调查。可用于流感病毒的分型和流行病学调查。.HIV，human immunodeficiency virus AIDS，acquired immunodeficiency syndrome HIVHIV为艾滋
25、病的病原体。现已发现引起艾滋病为艾滋病的病原体。现已发现引起艾滋病的病毒有的病毒有HIV-1HIV-1、HIV-2HIV-2、HIV-3HIV-3三种。三种。19981998年底艾滋病感染者和艾滋病患者总数为年底艾滋病感染者和艾滋病患者总数为3.3403.340万，已死亡万，已死亡1.3901.390万，是全球十大主要死万，是全球十大主要死因之一。因之一。.最外层为囊膜，双层脂蛋白，是病毒识别最外层为囊膜，双层脂蛋白，是病毒识别攻击宿主细胞所必不可少的；其内为核衣攻击宿主细胞所必不可少的；其内为核衣壳。壳。.2.基因组结构基因组结构 逆转录病毒，两个拷贝的单股正链逆转录病毒，两个拷贝的单股正链
26、RNA；每个每个RNA长约长约9.7Kb，有，有5帽，帽，3端有多聚端有多聚尾；尾；HIV是一种高度变异的病毒；是一种高度变异的病毒；含有含有gag、env 和和 pol三个基因以及三个基因以及6种调控种调控基因基因 tat,vif,vpr,vpx,nef,rev。.gag基因编码病毒的核心蛋白；基因编码病毒的核心蛋白；pol基因编码病毒复制所需要的酶类（逆转录基因编码病毒复制所需要的酶类（逆转录酶、整合酶和蛋白酶）；酶、整合酶和蛋白酶）；env基因所编码病毒包膜蛋白，是基因所编码病毒包膜蛋白，是HIV免疫免疫学诊断的主要检测抗原。学诊断的主要检测抗原。调控基因编码辅助蛋白，调节病毒蛋白合成调
27、控基因编码辅助蛋白，调节病毒蛋白合成和复制。和复制。.（二）分子诊断方法（二）分子诊断方法抗体的检测：酶联免疫吸附法（抗体的检测：酶联免疫吸附法（ELISAELISA）和免）和免疫荧光检测法（疫荧光检测法（IFAIFA）；感染）；感染2 2周后才能逐渐周后才能逐渐产生病毒抗体；产生病毒抗体；抗原的检测：酶联免疫吸附法（抗原的检测：酶联免疫吸附法（ELISAELISA）检测）检测P24P24抗原，灵敏度低抗原，灵敏度低.1.病毒载量检测病毒载量检测 感染者体内感染者体内HIV的定量检测，对病情判断和的定量检测，对病情判断和治疗效果检测极有价值。治疗效果检测极有价值。目前常用三种技术：目前常用三种
28、技术：RT-PCR 最低检测限最低检测限50拷贝拷贝/ml bDNA 最低价测限最低价测限50拷贝拷贝/ml NASBA 最低检测限最低检测限20拷贝拷贝/ml.PCR RNA逆转录逆转录cDNA整合到宿主基因组中复整合到宿主基因组中复制，以被感染细胞制，以被感染细胞DNA为模板为模板PCR扩增；扩增；HIV为高变异病毒，不同患者体内分离的为高变异病毒，不同患者体内分离的病毒基因结构有差异，引物设计应根据各编病毒基因结构有差异，引物设计应根据各编码区的保守序列设计；码区的保守序列设计；灵敏度高，特别是用于无症状灵敏度高，特别是用于无症状HIV感染感染者。者。.扩增位置扩增位置 引物序列引物序列
29、 扩增片断（扩增片断（bp)bp)gaggag基因基因 5 5-GAACTTTAAATGCATGGGTAAA-3-GAACTTTAAATGCATGGGTAAA-3 342 342 5 5-CCAGTAGGAGAAATCTATAAAA-3-CCAGTAGGAGAAATCTATAAAA-3 gapgap基因基因5 5-ATAATCCACCTATCCCAGATAGGAGAAATC-3-ATAATCCACCTATCCCAGATAGGAGAAATC-3 115 115 5 5-TTTGGTCCTTGTCTTATGTCCAGAATCC-3-TTTGGTCCTTGTCTTATGTCCAGAATCC-3 po
30、lpol基因基因5 5-TAGAATTCCTCAGATCACTCTT-3-TAGAATTCCTCAGATCACTCTT-3 360 360 5 5-GCAAGCTTATGGGCCATCCATTCC-3-GCAAGCTTATGGGCCATCCATTCC-3 .2.病毒表型和耐药检测 HIV表型主要依据逆转录酶和蛋白酶基因突变的检测 最常用的耐药检测方法是基因型检测方法,即查找与病毒耐药有关的基因突变。检测病毒逆转录酶（RT）和蛋白酶（PI）基因的序列，然后把这些结果与已知的没有发生突变的HIV（称为野生株）基因序列进行比较，与之不同的基因序列就认为发生了突变。检测出的任何突变都有可能导致形成HI
31、V耐药性，但具体结果的解释必须要有非常有经验的专家和医师来进行。.（三）临床意义（三）临床意义1.1.原位杂交：可以显示病毒感染的部位；原位杂交：可以显示病毒感染的部位；2.PCR2.PCR：可对无症状的感染者进行早期诊断；：可对无症状的感染者进行早期诊断；3.3.病毒载量检测：在临床进展情况的判定及疗病毒载量检测：在临床进展情况的判定及疗效观察上极有价值。效观察上极有价值。.第九章：细菌感染的分子生物学检验第九章：细菌感染的分子生物学检验 概述概述 正常菌群：存在于人体表及与外界相通部正常菌群：存在于人体表及与外界相通部位的细菌；位的细菌；条件致病菌：正常菌群与人体平衡破坏，条件致病菌：正常
32、菌群与人体平衡破坏，引起疾病的一类细菌；引起疾病的一类细菌；病原菌：具有毒性和侵袭力的细菌，造成病原菌：具有毒性和侵袭力的细菌，造成人体感染；人体感染；.病原菌的诊断方法：病原菌的诊断方法：直接涂片法直接涂片法 生化试验生化试验 血清学试验血清学试验 分离培养分离培养 动物实验动物实验 分子生物学：灵敏、特异，可进行早分子生物学：灵敏、特异，可进行早期诊断、分型、耐药性检测；期诊断、分型、耐药性检测；不能确诊或进行不能确诊或进行分型、耐药性的分型、耐药性的检测，或费时等检测，或费时等.全世界全世界1/51/5人口感染，每年约人口感染，每年约300300万死于万死于结核，中国占结核，中国占70%
33、70%，免疫低下个体特别是，免疫低下个体特别是HIVHIV感染者更易于感染结核分枝杆菌。感染者更易于感染结核分枝杆菌。结核分枝杆菌为革兰氏阳性菌，结核分枝杆菌为革兰氏阳性菌，细长略带细长略带弯曲，弯曲，分枝状，分枝状，有荚膜，抗酸染色阳性，对有荚膜，抗酸染色阳性，对多种抗生素有抵抗力。多种抗生素有抵抗力。一一.结核分枝杆菌结核分枝杆菌.形形 态态 .(一一)基因组结构基因组结构 1.TB H37Rv株基因组是环状双链株基因组是环状双链DNA，共共有有4 411 529bp;2.共有共有4033基因，功能已知的有基因，功能已知的有1734个个,1694个可能为新基因个可能为新基因;3.基因组中有
34、许多药物抗性因子的编码序列，基因组中有许多药物抗性因子的编码序列，包括水解酶或者药物修饰酶。包括水解酶或者药物修饰酶。.（二）分子诊断方法（二）分子诊断方法 普通普通PCR、FQ-PCR、竞争性、竞争性PCR、免疫杂交、免疫杂交PCR 扩增靶序列：扩增靶序列：65KDa抗原基因（细菌细胞壁上蛋白）抗原基因（细菌细胞壁上蛋白）MPB蛋白基因（结核杆菌复合群特有）蛋白基因（结核杆菌复合群特有）rRNA基因基因（种属鉴定）（种属鉴定）ISDNA6110插入序列插入序列.靶序列靶序列 引物序列引物序列 扩增片断（扩增片断（bpbp）IS6110IS6110插入插入 5 5-CCTGCGAGCGTAGG
35、CGTCGG-3-CCTGCGAGCGTAGGCGTCGG-3 317 317 5 5-TCAGCCGCGTCCACGCCGCCA-3-TCAGCCGCGTCCACGCCGCCA-3 16SrRNA 516SrRNA 5-GGTGGTTTGTCGCGTTGTTC-3-GGTGGTTTGTCGCGTTGTTC-3 463 463 5 5-TGCACACAGGCCACAAGGGA-3-TGCACACAGGCCACAAGGGA-3 DNADNA重复序列重复序列 5 5-CGTGAGGGCATCGAGGTGGC-3-CGTGAGGGCATCGAGGTGGC-3 245 245 5 5-GCGTAGGC
36、GTCGGTGACAAA-3-GCGTAGGCGTCGGTGACAAA-3 .TB耐药检测 利福平耐药-RNA聚合酶rpoB基因 异烟肼耐药-katG基因 链霉素耐药-S12的rpsL基因 16SrRNA的rrs基因 喹诺酮的耐药-DNA解旋酶的gyrA和gyrB基因 水解酶或药物修饰酶（-内酰胺酶、氨基糖苷乙酰基转移酶和药物外排系统等）.细菌耐药基因的检测细菌耐药基因的检测 细菌耐药性的产生导致治疗失败、感染复发、细菌耐药性的产生导致治疗失败、感染复发、增加昂贵抗生素的使用。增加昂贵抗生素的使用。机理：由于细菌基因组的变异，导致机理：由于细菌基因组的变异，导致 1.1.细菌细胞外膜通透性改变
37、；细菌细胞外膜通透性改变；2.2.产生灭活酶和钝化酶，如产生灭活酶和钝化酶，如-内酰胺酶；内酰胺酶；3.3.药物作用靶位改变；药物作用靶位改变；4.4.代谢途径改变；代谢途径改变；.（三）临床意义（三）临床意义1.1.准确、快速、早期诊断准确、快速、早期诊断TB TB 2.2.区分区分TBTB与其它分枝杆菌与其它分枝杆菌 3.3.疫情监控和抗痨治疗疗效的评价疫情监控和抗痨治疗疗效的评价 .二、二、淋球菌淋球菌 淋球菌是淋病的病原菌，人是淋球菌淋球菌是淋病的病原菌，人是淋球菌的唯一自然宿主。淋病在我国性传播疾病种的唯一自然宿主。淋病在我国性传播疾病种中，发病率居首位。淋球菌耐药菌株的出现中，发病
38、率居首位。淋球菌耐药菌株的出现和流行对淋病的控制带来很大困难。和流行对淋病的控制带来很大困难。传播途径：传播途径：1.1.直接性接触感染直接性接触感染 2.2.间接接触感染间接接触感染.（一）基因组结构（一）基因组结构 1.染色体分子量染色体分子量980M，可编码约，可编码约5000个个基因，基因，GC含量为含量为50%；2.无操纵子结构无操纵子结构 3.含有含有1至数个至数个质粒质粒（2.6MDa，24.5MDa），通过质粒介导耐药性在不同菌），通过质粒介导耐药性在不同菌株间的转移；株间的转移；.（二）分子诊断（二）分子诊断 1.PCR:1.PCR:扩增的靶序列：编码外膜蛋白扩增的靶序列：编
39、码外膜蛋白的结构基的结构基因，或因，或16SrRNA16SrRNA基因、基因、CPPBCPPB基因（同时存在于基因（同时存在于染色体及质粒上）染色体及质粒上）.靶序列靶序列 引物序列引物序列 扩增片断（扩增片断（bpbp）CPPBCPPB基因基因 5 5-GTTTGGCTGGTTGATTCAAG-3-GTTTGGCTGGTTGATTCAAG-3 633 633 5 5-GCAAGATTTCCGATTTGGCG-3-GCAAGATTTCCGATTTGGCG-3 外膜蛋白外膜蛋白55-TAAAGCAAGCCAAGGTCGCG-3-TAAAGCAAGCCAAGGTCGCG-3 494 494 5 5
40、-TTTTCACATCTACGCGGCGG-3-TTTTCACATCTACGCGGCGG-3 5 5-CCGAAGCTCAAGACAACCTC-3-CCGAAGCTCAAGACAACCTC-3 181181.2.LCR（Ligase chain reaction）连接酶链反应连接酶链反应(Ligase chain reaction，LCR)，是一种新的，是一种新的DNA体外扩增和检测技术，体外扩增和检测技术，主要用于点突变的研究及靶基因的扩增主要用于点突变的研究及靶基因的扩增.原理：在原理：在PCR反应体系中加入二对引物，加反应体系中加入二对引物，加热热(9495)使使DNA变性，双链打开，然
41、变性，双链打开，然后降温退火后降温退火(65)，引物与模板，引物与模板DNA结合并结合并留下一缺口，如果引物与模板完全互补，留下一缺口，如果引物与模板完全互补，DNA连接酶即连接封闭缺口，连接酶即连接封闭缺口，PCR反应接着反应接着进行，扩增出大量的目标进行，扩增出大量的目标DNA.若有点突变，若有点突变，引物不能与模板精确结合，缺口附近核苷酸引物不能与模板精确结合，缺口附近核苷酸的空间结构发生变化，连接酶不能封闭缺口，的空间结构发生变化，连接酶不能封闭缺口，PCR反应不能进行，无扩增产物生成，据此反应不能进行，无扩增产物生成，据此可判断模板可判断模板DNA中有无突变中有无突变.（三）临床意义
42、（三）临床意义 1.分子诊断技术具有灵敏性高、快速、特异性分子诊断技术具有灵敏性高、快速、特异性好的优点，可检测极微量的淋球菌。好的优点，可检测极微量的淋球菌。2.应用于以下几方面：应用于以下几方面：对菌株进行分型和耐药性分析。对菌株进行分型和耐药性分析。抗生素治疗效果的观察。抗生素治疗效果的观察。进行流行病学分析。进行流行病学分析。对疑似病例的诊断和鉴别诊断。对疑似病例的诊断和鉴别诊断。.衣原体的基因检测衣原体的基因检测 衣原体是介于立克次氏体与病毒之间，衣原体是介于立克次氏体与病毒之间，能通过细菌滤器，专性活细胞内寄生的一类能通过细菌滤器，专性活细胞内寄生的一类原核生物。原核生物。沙眼衣原
43、体是一种在人体内长期生存并沙眼衣原体是一种在人体内长期生存并又广泛传播的病原体，常导致人泌尿生殖道又广泛传播的病原体，常导致人泌尿生殖道疾病及眼病，有疾病及眼病，有15种血清型。种血清型。.一、基因组一、基因组 沙眼衣原体（血清型沙眼衣原体（血清型D）基因组大小）基因组大小1042Kbp，GC含量为含量为41.3%，另有一个，另有一个7493bp的质粒，整个基因组有的质粒，整个基因组有894个蛋白个蛋白编码基因，其中编码基因，其中604个个(68%)编码蛋白的功编码蛋白的功能已明确，能已明确，35个个(4%)编码基因在编码基因在GenBank收录的其他细菌中有同源序列，但功能不清，收录的其他细
44、菌中有同源序列，但功能不清，剩下的剩下的255个个(28%)在在GenBank中没有检索中没有检索到同源序列。到同源序列。.二、分子诊断二、分子诊断 1.PCR 扩增靶序列主要有外膜蛋白扩增靶序列主要有外膜蛋白(MOMP)基因、基因、特有质粒特有质粒DNA和和rRNA基因序列。基因序列。rRNA基因基因 5-GAAGGCGGATAATACCCGCTG-3 5-GATGGGGTTGAGCCATCC-3 MOMP基因基因 5-GATAGCGAGCACAAAGACTAA-3 5-CCATAGTAACCCATACGCATGCTG-3.2.LCR LCR的扩增效率与的扩增效率与PCR相当，其产物相当，其
45、产物的检测也较方便灵敏的检测也较方便灵敏 三、临床意义三、临床意义 沙眼衣原体感染常缺乏特异症状，易形沙眼衣原体感染常缺乏特异症状，易形成隐匿感染，分子诊断技术敏感性和特异成隐匿感染，分子诊断技术敏感性和特异性高，适用于早期诊断和无症状携带者的性高，适用于早期诊断和无症状携带者的检查；检查；.支原体的基因检测支原体的基因检测 肺炎支原体肺炎支原体(mycoplasma pulmonis,MP)(mycoplasma pulmonis,MP)是原发性非典型肺炎的病原体。是原发性非典型肺炎的病原体。一、基因组结构一、基因组结构 肺炎支原体肺炎支原体M129M129株基因组有株基因组有816394b
46、p816394bp，G+CG+C含量为含量为40%40%，含，含677677个开放阅读框，个开放阅读框，3939个个RNARNA编编码基因。码基因。.二、分子诊断方法二、分子诊断方法 1.PCR 扩增靶序列常选在扩增靶序列常选在16S rRNA基因组可基因组可变区与保守区、特异的染色体变区与保守区、特异的染色体DNA片段、片段、P1蛋白基因区。蛋白基因区。2.核酸杂交核酸杂交 特异的特异的寡核苷酸探针与样品寡核苷酸探针与样品DNA进行斑进行斑点杂交，特异性好，但灵敏度不如点杂交，特异性好，但灵敏度不如PCR法。法。.三、临床意义三、临床意义 因肺炎支原体与其他支原体存在因肺炎支原体与其他支原体
47、存在共同抗原，免疫学方法检测可出现假共同抗原，免疫学方法检测可出现假阳性和假阴性。阳性和假阴性。PCR方法简便快速、特异、敏感，方法简便快速、特异、敏感，适于早期快速检测适于早期快速检测MP。.螺旋体的基因检测螺旋体的基因检测 梅毒螺旋体梅毒螺旋体(syphilis spirochete)是人是人类梅毒的病原体。类梅毒的病原体。一、基因组结构一、基因组结构 基因组大小约基因组大小约1000kb，为最小的原核，为最小的原核基因组之一，基因组之一，GC含量为含量为52.8%，共有，共有1041个开放阅读框，占整个基因组的个开放阅读框，占整个基因组的92.9%，每个，每个ORF的平均大小为的平均大小
48、为1023bp。.二、分子诊断方法二、分子诊断方法 1.PCR 扩增的靶序列有扩增的靶序列有tpp47、bmp、tpf1、tyf1、tmpA等基因。等基因。2.核酸杂交核酸杂交 用同位素或非同位素用同位素或非同位素(如生物素、地高辛如生物素、地高辛)标记的探针与待测标本的标记的探针与待测标本的DNA或扩增后的或扩增后的DNA进行斑点杂交。进行斑点杂交。.三、临床意义三、临床意义 血清学试验对早期梅毒诊断不敏感，对血清学试验对早期梅毒诊断不敏感，对先天性和神经性梅毒的诊断特异性差。分子先天性和神经性梅毒的诊断特异性差。分子诊断的方法可早期诊断梅毒感染的病人，尽诊断的方法可早期诊断梅毒感染的病人，尽早根治梅毒。早根治梅毒。.思考题 感染性疾病分子诊断的临床意义 乙型肝炎病毒的基因组结构及分子诊断.
