1、.1一一 SHELXTL文件文件 1. 文件名文件名 一般，同一结构一般，同一结构，所有文件都用相同的名所有文件都用相同的名（不能超过个字符），只是扩展名不同（不能超过个字符），只是扩展名不同 2. 两个必要文件两个必要文件( (由由XPREPXPREP程序产生程序产生) ) *.hkl文件文件: 所有的衍射点，每一点一行。所有的衍射点，每一点一行。 格式为：格式为：h k l F2 (F2) -4 2 -2 21.189 3.050 4 -2 2 19.539 2.120 -4 -2 -2 17.129 2.710. 第四章第四章 用用SHELXTL程序进行结构分析程序进行结构分析.2*.i
2、ns 文件：组成上可分成五部分文件：组成上可分成五部分TITL 041203e in P2(1)/c CELL 0.71073 11.5870 19.3080 17.2144 90.000 108.471 90.000 ZERR 4.00 0.0069 0.0112 0.0102 0.000 0.009 0.000 LATT 1 SYMM -X, 0.5+Y, 0.5-Z SFAC C H N O Co S UNIT 108 104 40 20 8 16信信息息区区SIZE 0.47 0.43 0.35HTAB 2 L.S. 8ACTABOND FMAP 2PLAN 20晶胞参数晶胞参数 X光
3、波长光波长标题标题空间群空间群单胞中单胞中分子数目分子数目晶胞参数的标晶胞参数的标准偏差准偏差 晶格类型晶格类型对称操作码对称操作码原子类型原子类型 单胞中单胞中原子数目原子数目命命令令区区可输入各种让可输入各种让XS和和XL执行的命令执行的命令 .3DFIX 1.43 0.02 o5 c27 WGHT 0.074900 1.631200 FVAR 0.169240TEMP 25 Co1 5 0.639436 0.182296 0.778299 11.000000 0.037950 = 0.043120 0.052330 -0.002120 0.007180 -0.002370Co2 5 0.
4、132299 0.088237 0.782543 11.000000 0.061270 = 0.080610 0.082660 -0.004140 0.011300 0.005080N1 3 0.816545 0.181404 0.857527 11.000000 0.048210= 0.044720 0.042580 -0.001460 0.010450 -0.001390N2 3 0.641818 0.098803 0.864065 11.000000 0.055810 = 0.050870 0.070080 0.000700 0.013560 -0.009990.命命令令区区HKLF 4
5、END原子表原子表坐标、占有率、温度因子坐标、占有率、温度因子衍射点文件类型衍射点文件类型 文件结束命令文件结束命令 .43. .其它文件其它文件 reslstpltciffcfpcftex xs、xl、refine产生的文件产生的文件 记录记录xs、xl、refine过程和结果的文件过程和结果的文件 XP中做的图形文件中做的图形文件 晶体学信息文件晶体学信息文件 结构因子文件结构因子文件 晶体结构报表文件晶体结构报表文件 记录仪器型号、晶体外观等的文件记录仪器型号、晶体外观等的文件 4. .INS文件的建立和更新文件的建立和更新 结构解析和精修的过程，是结构解析和精修的过程，是ins文件建立
6、和不断更新的文件建立和不断更新的过程，这主要是下列过程实现的：过程，这主要是下列过程实现的： xprep、xshellrefine、xl、xp、edit、copy .5SHELXTL的主要子程序和文件的主要子程序和文件*.ins*.hklXPREPXSXLXPXCIF*.resXSHELL*.cif*.fcf*.ps*.sav*.plt*.lst*.tex*.pcf.6二二 常用的常用的XS和和XL指令指令 指指 令令含含 义义ACTA产生产生cif文件文件AFIX将原子坐标强制性地固定在指定位置上，将原子坐标强制性地固定在指定位置上，或在指定位置上产生原子或在指定位置上产生原子ANIS将各向
7、同性换成各向异性精修将各向同性换成各向异性精修BOND计算键长、键角计算键长、键角(加加$H包括包括H的键长、键角的键长、键角)BIND计算指定原子对的键长、键角计算指定原子对的键长、键角CONF计算扭转角计算扭转角DELU限制指定原子间键长的标准偏差限制指定原子间键长的标准偏差DFIX限定指定原子对间的距离限定指定原子对间的距离EADP给两个或多个原子指定相同的位移参数给两个或多个原子指定相同的位移参数.7指指 令令含含 义义END指令输入结束指令输入结束EQIV提供分子内或分子间键合原子的对称操作码提供分子内或分子间键合原子的对称操作码ESEL限制限制E值的下、上限值的下、上限EXTI对晶
8、体消光效应参数进行精修对晶体消光效应参数进行精修EXYZ让两个或多个原子具有相同的坐标让两个或多个原子具有相同的坐标FLAT限制指定原子在相同的平面上限制指定原子在相同的平面上FMAP所计算所计算Fourier图的类型图的类型FREE不计算指定原子对的键长、键角不计算指定原子对的键长、键角FVAR全比例系数全比例系数HFIX限制限制H原子在理想位置上原子在理想位置上HKLF衍射数据的格式衍射数据的格式HTAB计算氢键计算氢键.8指指 令令含含 义义ISOR限制指定原子的位移参数类似于各向同性限制指定原子的位移参数类似于各向同性L.S.指定指定XL中用最小二乘法进行精修的轮数中用最小二乘法进行精
9、修的轮数LATT晶格的类型晶格的类型.依次为依次为:P I R F A B C,无心为负值无心为负值MOVE移动或转换坐标移动或转换坐标MPLA计算平面计算平面OMIT忽略指定的衍射点或限定忽略指定的衍射点或限定theta角范围角范围PART划分成键原子的范围（用于无序结构）划分成键原子的范围（用于无序结构）PLAN计算和列出计算和列出Q峰的数目峰的数目SFAC晶体中存在的原子的种类晶体中存在的原子的种类SIMU限制指定范围内的原子有相近的位移参数限制指定范围内的原子有相近的位移参数SIZE晶体的大小晶体的大小 .9指指 令令含含 义义SYMM所属空间群的对称操作所属空间群的对称操作TEMP衍
10、射数据收集的温度衍射数据收集的温度TITL样品的编号（或名称）和空间群样品的编号（或名称）和空间群UNIT晶胞中每种原子的总个数晶胞中每种原子的总个数WGHT指定所用权重指定所用权重ZERR晶胞中分子个数和晶胞参数的标准偏差晶胞中分子个数和晶胞参数的标准偏差三三 SHELXTL结构分析的步骤结构分析的步骤 1. .项目的设立项目的设立 打开打开SHELXTL程序：点程序：点project new，输入文件名，查找到输入文件名，查找到hkl 文件并打开文件并打开.102. . 结构的解析结构的解析1) 结构解析的基本原理结构解析的基本原理XS用直接法或用直接法或Patterson法解决相角问题，
11、试验性找法解决相角问题，试验性找出部分原子或重原子的位置（坐标出部分原子或重原子的位置（坐标） * * 所谓直接法（所谓直接法（direct methods），），就是运用数就是运用数学的方法，利用不同衍射点的关系，从大量强度数据学的方法，利用不同衍射点的关系，从大量强度数据中，直接找出各个衍射点的相角，从而达到解析晶体中，直接找出各个衍射点的相角，从而达到解析晶体结构的目的。其过程概括如下：结构的目的。其过程概括如下： a 将将|Fo|转化为归一化结构因子转化为归一化结构因子|Eo| b 建立可以利用正切公式的三相角及四相角关系建立可以利用正切公式的三相角及四相角关系 c 赋于起始相角赋于起
12、始相角 d 利用正切公式精修相角利用正切公式精修相角 .11e 计算诊断指标，判断各套相角的质量计算诊断指标，判断各套相角的质量 f 采用诊断指标最佳的相角数据计算解析电子密度图，即采用诊断指标最佳的相角数据计算解析电子密度图，即E图图 * Patterson法是其本人法是其本人1934年提出，通常只用来年提出，通常只用来解析含有重原子的结构解析含有重原子的结构 用这种方法时，首先利用重原子的特征峰，即用这种方法时，首先利用重原子的特征峰，即Harker峰，求出重原子坐标，再通过峰，求出重原子坐标，再通过Fourier合成合成获得其它原子的坐标获得其它原子的坐标 Harker峰，或峰，或Har
13、ker截面，就是同一套等效的截面，就是同一套等效的原子组成的原子组成的Patterson峰，由于平方效应，重原子的峰，由于平方效应，重原子的Harker峰会显得十分突出，寻找起来一般比较容易。峰会显得十分突出，寻找起来一般比较容易。因此，可以轻松地从分析重原子的因此，可以轻松地从分析重原子的Harker峰，得到峰，得到重原子的坐标重原子的坐标 .12E 在差值在差值Fourier图中，找出分子中其它原子的位置图中，找出分子中其它原子的位置F 程序根据衍射强度，程序根据衍射强度，对原子坐标和位移参数等结对原子坐标和位移参数等结 构参数进行精修构参数进行精修G 重复重复CF步骤至分子中所有原子都被
14、指认、步骤至分子中所有原子都被指认、精修精修 收敛收敛3. 结构精修的典型步骤结构精修的典型步骤 A 在在XSHELLXSHELL中用中用RefineRefine精修各向同性的非氢原子精修各向同性的非氢原子 定出基本正确的结构模型后，在前几轮精修定出基本正确的结构模型后，在前几轮精修（各向同性）中，可以通过检查（各向同性）中，可以通过检查R1和和U值，来检查值，来检查原子确定的是否正确，并逐步指认出非氢原子原子确定的是否正确，并逐步指认出非氢原子 R1应小于应小于0.4（wR2为为0.50.7），越小越好），越小越好U应在应在0.1以下以下_ _ .13 如果在精修过程中，如果在精修过程中，U
15、值急剧增大，说明该原值急剧增大，说明该原子并非存在子并非存在 如果如果U偏大，该位置可能是一个更轻的原子偏大，该位置可能是一个更轻的原子 如果如果U偏小，则可能是一个更重的原子偏小，则可能是一个更重的原子_ _ 还要注意残余峰的大小，如果其大于还要注意残余峰的大小，如果其大于1就应考就应考虑是不是还有未发现的非氢原子虑是不是还有未发现的非氢原子 在在RefineRefine中选择中选择AnisoAniso则可进行各向异性精修则可进行各向异性精修( (也可在也可在Edit.insEdit.ins文件中加文件中加ANISANIS指令指令, ,用用XLXL进行进行) ), ,这样可更确切地表达电子云
16、的真实分布情况，所这样可更确切地表达电子云的真实分布情况，所以以R R1 1值会明显下降值会明显下降 B 对所有的非氢原子进行各向异性精修对所有的非氢原子进行各向异性精修 这时如果是非中心对称的空间群，应检查这时如果是非中心对称的空间群，应检查FlackFlack参数是否接近于参数是否接近于0 0，否则要进行绝对构型转换，指令：，否则要进行绝对构型转换，指令：MOVE 1 1 1 -1（或在或在Refin. Contr.中选中中选中invert)-.14 对于具有确定立体结构的有机基团，可采用对于具有确定立体结构的有机基团，可采用理论加氢；对于无法理论加氢的，如水分子，可理论加氢；对于无法理论
17、加氢的，如水分子，可从差值从差值Fourier图中找出氢原子，参加精修的情况图中找出氢原子，参加精修的情况视视 数据的质量而定数据的质量而定 C 计算计算/ /指认并精修氢原子指认并精修氢原子理论加氢的方法理论加氢的方法退出退出XSHELL，在在Edit-.ins文件的命令区，添加指令：文件的命令区，添加指令：HFIX mn 需加氢的原子名（产生需加氢的原子名（产生AFIX固定）固定）m 是一或两位数，指定氢的类型：是一或两位数，指定氢的类型： =1 叔叔-H， =2 仲仲-H， =3（或或13） 伯伯-H， =4 芳芳-H， =8（或或14） X-O-H， =9 X=CH2或或X-NH2，
18、=15 笼状笼状B-H.15n 是一位数，指定固定的类型：是一位数，指定固定的类型： =1 坐标、占有率、位移因子固定坐标、占有率、位移因子固定， =2 占有率、位移因子固定占有率、位移因子固定， =3（或或7） 坐标固定坐标固定， =4 同同3，但允许修正，但允许修正X-H的键长（方向固定）的键长（方向固定）然后进行精修然后进行精修 也可在也可在XSHELL中先点中先点Atoms-Hybridize All 再再点点Atoms-Calculate Hydrogens 然后检查然后检查H加的是否合理，如不合理，可打开加的是否合理，如不合理，可打开ins 文件修改不合理的部分，再精修文件修改不合
19、理的部分，再精修 还可在还可在XSHELL中先选择同类原子，再用中先选择同类原子，再用Select Atoms Set HFIX分别进行加氢分别进行加氢.16D 进一步精修更多的晶体学参数进一步精修更多的晶体学参数先在先在ins文件中写入要精修的参数指令，再进行精修文件中写入要精修的参数指令，再进行精修例如：例如：SIZE 0.38 0.32 0.24HTAB 2CONFCONF X1 X2 X3 X4BOND $HBIND X1 X2 X3 X4_$1MPLA n X1 X8EQIV $1 X-1,Y+1/2,-ZOMIT 1 -2 4输入晶体的尺寸输入晶体的尺寸计算氢键并写入计算氢键并写入
20、lst文件文件计算所有的扭转角计算所有的扭转角计算这四个原计算这四个原子间的扭转角子间的扭转角加上加上$H，可计算包括可计算包括H在内的各种健长和键角在内的各种健长和键角计算输入的原子对计算输入的原子对的健长和键角的健长和键角计算输入的前计算输入的前n个原子个原子的平面，并给出所有的平面，并给出所有输入原子偏离该平面输入原子偏离该平面的距离，还能给出与的距离，还能给出与前一个平面间的夹角前一个平面间的夹角提供所键合原子提供所键合原子的对称操作码的对称操作码MOVE xi yi zi删除删除h、k、l 分别为分别为1、-2、4的坏点的坏点移动坐标移动坐标EXTI x精修消光效应，精修消光效应，x
21、 是是程序自动产生的程序自动产生的这些这些计算计算一般一般在作在作数据数据表时表时进行进行 OMIT -2 50.02限制限制sigam和和2theta.17找出对称操作码的方法：找出对称操作码的方法： 而用而用ENVI命令会得到有关的用四位数字表示的命令会得到有关的用四位数字表示的对称操作码对称操作码(如：如：2746、 3654、 4545等等)，可表示为：，可表示为：SXYZ 其中，其中，S为对称操作序号，为对称操作序号， 如如S=2(等价于等价于2555)，就是就是-x，-y，0.5+z；X-5、 Y-5、 Z-5则代表则代表x、y、z三三个轴向在个轴向在555(即即-x，-y，0.5
22、+z)基础上的位移量基础上的位移量 在在XP中采用中采用SYMM命令，此时会给出所有的对命令，此时会给出所有的对称操作码及序列号，如对于某晶系为：称操作码及序列号，如对于某晶系为： 1555.= +x, +y, +z 2555.=-x, -y, 0.5+z 3555.=0.5+x, 0.5-y, z 4555.=0.5-x, 0.5+y, 0.5+z如：如：2746的对称操作为：的对称操作为：2-x，-1-y，1.5+z 3654的对称操作为：的对称操作为：1.5+x，0.5-y，-1+z 4545的对称操作为：的对称操作为：0.5-x，-0.5+y，0.5+z.18.19（指精修结果收敛）指
23、精修结果收敛）E 收敛收敛 即精修到原子坐标、位移参数、占有率等参即精修到原子坐标、位移参数、占有率等参数至目标值范围内数至目标值范围内 被精修的参数的最大绝对漂移被精修的参数的最大绝对漂移(maximum absolute value of the shift)的值不再变化，并且在的值不再变化，并且在0.01（甚至（甚至0.001）以下）以下 平均漂移值平均漂移值(Mean shift)几乎为零几乎为零 一套好的数据精修出正确结构之后，一套好的数据精修出正确结构之后，wR20.15，R1 An+m 指令，精修后可指令，精修后可计算出前计算出前n个原子的个原子的平面平面、所有（、所有（n+m个
24、）输入原子个）输入原子偏离该平面的偏离该平面的距离距离及与前一平面的及与前一平面的二面角二面角计算的结果可写入计算的结果可写入LST文件文件.45三、分子间的作用三、分子间的作用 包括氢键（包括氢键（hydrogen bond）、）、-堆积作用堆积作用（stacking interaction)与范德华作用与范德华作用1. 氢键氢键氢原子与一个电负性较大的原子较近时，就能形成氢原子与一个电负性较大的原子较近时，就能形成 有几种类型：由有几种类型：由N、O作为给体和受体的氢键作为给体和受体的氢键键长（键长（R R ）为为300pm或更短些，远了作用弱；或更短些，远了作用弱；CH键有时也能与键有时
25、也能与N、O、F等形成氢键，键长较长，等形成氢键，键长较长，为为320400pm；有时还能形成三中心键有时还能形成三中心键 DHARr1r2CAHA1A2HDA = N O F.46 晶体学中，考察氢键最重要的数据应该是晶体学中，考察氢键最重要的数据应该是D和和A间间的距离，这是由于用单晶的距离，这是由于用单晶X-射线衍射法研究氢键射线衍射法研究氢键 时具时具有如下问题：有如下问题：由于由于H的电子云密度很低，故不能精确确定其位置的电子云密度很低，故不能精确确定其位置 由于由于DH键的电子密度明显偏向于键的电子密度明显偏向于D，所以所以X射射线法确定的线法确定的DH的键长与真实值有一定偏差，较
26、短的键长与真实值有一定偏差，较短 还有，大多情况下，还有，大多情况下，H被强制性地限定在特定位被强制性地限定在特定位置上，故其位置在很大程度上是主观的置上，故其位置在很大程度上是主观的氢键的计算方法：氢键的计算方法：先在先在ins文件中加文件中加HTAB 2 指令，精修一次指令，精修一次再从再从lst文件中查出计算出的氢键及受体原子的文件中查出计算出的氢键及受体原子的对称操作码对称操作码.472. -堆积作用堆积作用 主要是芳环间的，主要是芳环间的，强度在强度在150kJmolmol-1-1的范围内，的范围内，且多数在且多数在1010 kJmolmol-1-1左右或以下。左右或以下。 分分错位
27、面对面（错位面对面（offset face-toface)offset face-toface)和和边对面边对面edge-toface)edge-toface)堆积两种，距离均在堆积两种，距离均在330330370370pmpm的范围的范围 对于对于C-H键形成的键形成的H键需用键需用ENVI.查找查找EQIV $1 对称制作码对称制作码HTAB B1 B2-$1HTAB A1 A2 计算的结果写入计算的结果写入lst文件中，如果计算了扭转角文件中，如果计算了扭转角（CONF指令），则同时写入指令），则同时写入cif和和tex文件文件然后，再在然后，再在ins文件中用加如下指令，并精修文件中用
28、加如下指令，并精修.48-1/2-1/2-1/2-1/2吸 引+-1 /2-1 /2-1 /2-1 /2吸 引+-1 /2-1 /2-1 /2-1 /2排 斥+错位面对面错位面对面 边对面边对面(C-H- 作用作用)正位面对面正位面对面H 对于面对面的，对于面对面的，计算两苯环中心的连计算两苯环中心的连线与环所在的平面的线与环所在的平面的夹角夹角值有助于说明值有助于说明-作用的强度作用的强度.49*-堆积作用的计算要在堆积作用的计算要在XP程序中完成程序中完成四四) ) 结构图结构图 除了晶体结构数据外，单晶结构分析还提供了除了晶体结构数据外，单晶结构分析还提供了另一强有力的表达方式，即各式各
29、样的结构图另一强有力的表达方式，即各式各样的结构图 常用的有：分子结构图（椭球图）、晶胞图、常用的有：分子结构图（椭球图）、晶胞图、堆积图及表明特性作用或结构的图堆积图及表明特性作用或结构的图 Shelxtl中的中的XP程序具有强大的图形功能，可程序具有强大的图形功能，可以通过多个指令的灵活配合，画出各种不同的图以通过多个指令的灵活配合，画出各种不同的图.50画结构图的基本原则：画结构图的基本原则： 1. 图形的表达应该与论文或报告的内容密切相图形的表达应该与论文或报告的内容密切相关联，而不同的学术杂志对图形的要求不同，这就关联，而不同的学术杂志对图形的要求不同，这就需要在作图前有所了解。同时
30、要保证在图形缩小到需要在作图前有所了解。同时要保证在图形缩小到符合出版要求时仍然清晰。符合出版要求时仍然清晰。 2. 分子结构图要完整，对于独立单元不是完整分子结构图要完整，对于独立单元不是完整分子的结构，不能只画出独立单元中的原子，但也分子的结构，不能只画出独立单元中的原子，但也应该避免过于复杂，要尽量避免原子重叠，如果无应该避免过于复杂，要尽量避免原子重叠，如果无法完全不重叠，要突出要点（如重要的原子和键要法完全不重叠，要突出要点（如重要的原子和键要表达清楚）。表达清楚）。 3. 原子标签要满足清晰（足够大）和美观（太原子标签要满足清晰（足够大）和美观（太大了也不好看），与原子的距离要合适
31、，对称操作大了也不好看），与原子的距离要合适，对称操作产生的原子可以不标记。产生的原子可以不标记。.51XP的常用指令的常用指令(字母大小写通用字母大小写通用)指指 令令含含 义义ARAD 0.30 1.52 A1指定原子半径指定原子半径CELL显示晶胞参数显示晶胞参数CENT/x Atomnames计算并显示指定原子的中心计算并显示指定原子的中心DRAW filename打印结构图或转换图形文件打印结构图或转换图形文件ENVI n A1显示指定原子的环境显示指定原子的环境EXAM显示该通道中所有的文件显示该通道中所有的文件EXIT 退出退出XPFILE filenames存储存储XP中产生的
32、文件中产生的文件FMOL/n读入数据读入数据FUSE删除所有对称操作产生的原子删除所有对称操作产生的原子填充球半径填充球半径成键半径成键半径原子名原子名(或或$A)指定显示的范围指定显示的范围加加/x同时给中心点同时给中心点X1A.52指指 令令含含 义义INFO ( A1)显示一个或所有原子的结构信息显示一个或所有原子的结构信息ISOT Atomnames将指定原子转换成各向同性将指定原子转换成各向同性JOIN n Atom pairs改变原子间的键连方式改变原子间的键连方式KILL Atomnames删除指定的原子（或删除指定的原子（或Q）LABL code size定义如何标注原子和标签
33、的大小定义如何标注原子和标签的大小LINE Atom pair计算两原子间的连线计算两原子间的连线LINK n Atom pair改变原子间的键连方式改变原子间的键连方式MATR n指定所显示图形的取向指定所显示图形的取向MPLN Atomnames 计算指定原子的平面和二面角计算指定原子的平面和二面角NAME X1 A1重新命名原子重新命名原子NEXT读出读出SAVE指令保存的文件指令保存的文件PACK产生晶体堆积图产生晶体堆积图指定键的类型，指定键的类型，n=1：立体实线；立体实线； 2：空地实线；：空地实线； 3：立体虚线；：立体虚线；4：空地虚线；空地虚线； 5：实线；：实线； 6：虚
34、：虚线；线； 缺省值为缺省值为1指定标签的类型，指定标签的类型，0：不标：不标；1：没没括号不标括号不标H； 2：带括号不标带括号不标H； 3：没括号标没括号标H；4：带括号标带括号标H指定标签的大小，缺省值指定标签的大小，缺省值600，常用值常用值300-500将前者改为后者，也可用将前者改为后者，也可用通用符，如通用符，如?A ?表示观看或投影图形的取向，表示观看或投影图形的取向，1：沿沿a 轴；轴； 2：沿：沿b 轴轴； 3：沿沿c 轴轴如果计算了多个平面，则还给出了如果计算了多个平面，则还给出了此平面与前几个平面的二面角；如此平面与前几个平面的二面角；如果改用果改用MPLN/n，则可计
35、算出重叠则可计算出重叠较少，较清楚的图形取向较少，较清楚的图形取向.53指指 令令含含 义义PBOX w d xc yc zc定义格子宽度、深度和中心坐标定义格子宽度、深度和中心坐标 PROJ cell显示旋转目标图形显示旋转目标图形PUSH dx dy dz sign移动原子坐标移动原子坐标SAVE filename保存文件保存文件SGEN s Atomnames根据对称操作码产生新原子根据对称操作码产生新原子SYMM显示该结构的所有对称操作码显示该结构的所有对称操作码TELP s p b d keywords画、保存图形文件（画、保存图形文件（plt文件文件）UNDO Atom pair删
36、除指定原子间的键连删除指定原子间的键连UNIQ Atomnames独立出指定原子所在的单元独立出指定原子所在的单元通常为缺省值通常为缺省值0.5、0.5、0.5宽度，通常上下宽度，通常上下为左右的为左右的0.75以以cm为单位的点为单位的点距，缺省值为距，缺省值为50观察晶胞或堆积图加之观察晶胞或堆积图加之坐标变量坐标变量标识码，必标识码，必须为须为+1或或-1 也类似于也类似于MOVE，在在XP中代替中代替INVI对称操作码，由对称操作码，由ENVI指令得到指令得到用度表示的立体视角，用度表示的立体视角，常用常用0：为一维图：为一维图画热椭球的画热椭球的probability, 负值为热椭球
37、负值为热椭球键线的宽度，缺省值为键线的宽度，缺省值为0.05深度深度特定关键词特定关键词cell，可在图上可在图上加上单元晶胞，画晶胞和加上单元晶胞，画晶胞和堆积图时前几项可省略堆积图时前几项可省略注：注： Atomnames等可用通用符等可用通用符“？”来表示一个字符；或用来表示一个字符；或用Cm to Cn来表示连续排列的来表示连续排列的Cm到到Cn；或用或用$C、$Q、$H等表示同一类原子等表示同一类原子.54XP的使用：的使用：XP程序的进入：程序的进入：点点XP菜单菜单FMOL/n ent加加/n省略原子表省略原子表画分子图：画分子图：KILL $Q $H A1 A? ?B A21
38、to A28 ent GROW entJOIN A1 A3 entLINK A2 A3 entUNDO A1 A2 entUNIQ A1 entINFO A1 entARAD 0.25 2.07 A1entUNIQ entENVI A1 2entSGEN 1564 atomname ent.55DRAW MO ent MPLN/n ent PROJ ent LABL 1 400 ent TELP 0 -30 0.04 ent 调为原子重叠最少、最清楚的取向调为原子重叠最少、最清楚的取向按程序要求输入图形按程序要求输入图形文件名（如：文件名（如：MO），），标记要标记的原子标记要标记的原子SAV
39、E MO ent 连续三个连续三个ent，便打印图形，也便打印图形，也可转换成其它的文件，例如可转换成其它的文件，例如: a- ent-文件名文件名-ent entPS文件文件画晶胞或堆积图或其它图形画晶胞或堆积图或其它图形：NEXT MO ent FUSE ent KILL $H （Ai）ent UNIQ A1 ent ENVI A1 ent SGEN 3465 A1 A2. ent .56CELL ent MATR 1 ent PBOX 15 9 ent PACK ent TELP CELL ent DRAW CE ent 显示晶胞参数，如显示晶胞参数，如: 11.23 15.76 17.
40、38 90.0 95.2 90.0堆积图，可不参阅晶胞参数，堆积图，可不参阅晶胞参数，一般采用数值为一般采用数值为20至至30按程序要求输入图形文件名按程序要求输入图形文件名（如：（如：CE、PA），），一般只标一般只标记要标记晶胞原点和轴记要标记晶胞原点和轴计算直线和直线间的夹角：计算直线和直线间的夹角：LINE C1 C2 ent LINE C5 O8 ent LINE C1 C12 ent 显示直线的单位矢显示直线的单位矢量和线间夹角量和线间夹角 画晶胞图时常需删去一些分子，空画晶胞图时常需删去一些分子，空格键为保留，输入键为删除格键为保留，输入键为删除PROJ CELL ent JOI
41、N(LINK UNDO) A1 A2 ent .57计算平面和二面角：计算平面和二面角：MPLN C1 C2 O4 N3 N4ent MPLN C5 TO O8 ent MPLN C1 TO C12 ent 显示平面方程、显示平面方程、原子到平面的距原子到平面的距离、二面角、直离、二面角、直线和平面间的夹线和平面间的夹角等角等 信息信息 计算计算-堆积作用：堆积作用：CENT/X C1 TO C6 ent ENVI X1A 2 ent SGEN 2564 C1 TO C6 ent CENT/X C1A TO C6A ent LINE X1A X1B ent MPLN C1 TO C6 ent
42、MPLN C1A TO C6A ent 产生苯环（产生苯环（C1-C6）的中心的中心X1A显示显示X1A周围周围为为 2 距离内的原子及距离内的原子及其操作码其操作码 产生新的原子产生新的原子C1A-C6A可获得苯环的平面方可获得苯环的平面方程、中心到平面的距程、中心到平面的距离、环上离、环上C到另一环到另一环平面的距离、二面角、平面的距离、二面角、中心连线与平面的夹中心连线与平面的夹角中心间的距离等角中心间的距离等ENVI X1A 2 ent .58画画-堆积作用图：堆积作用图：CENT/X C1 TO C6 ent ENVI X1A 2 ent SGEN 2564 C1 TO C6 ent
43、 CENT/X C1A TO C6A ent LINK X1A X1B ent TELP ent DRAW Pai ent KILL 无关的原子无关的原子ent (或用或用uniq、fuse等指令）等指令）Pai.pltX1AX1BC1AC6A.59无心转换为有心（无心转换为有心（p1 p-1）：）：FMOL/n ent KILL $Q ent CENT A1 A2 ent PUSH -xi yi -zi ent SYMM -X -Y -Z ent FUSE ent FILE filename ent EXIT ent xi 、yi 、zi 为为CENT指令产指令产生的原子生的原子A1和和 A
44、2 中心的坐标中心的坐标 退出退出XP后，先修改后，先修改ins文件：首行中文件：首行中p1 p-1；LATT -1 1，再用再用XL精修，然后按常规精修即可精修，然后按常规精修即可 .60五五) ) 结果数据表结果数据表-* *. .textex文件和文件和* *. .cifcif文件文件 包括重要的晶体学参数、原子坐标表、温度包括重要的晶体学参数、原子坐标表、温度因子表、分子几何数据表（及这些数据相应的标因子表、分子几何数据表（及这些数据相应的标准偏差）等准偏差）等 有关键长和键角的数据，必须注意几个问题：有关键长和键角的数据，必须注意几个问题： 等效的不重复列出等效的不重复列出 涉及到独
45、立单元以外的原子，必须注明对称操作码涉及到独立单元以外的原子，必须注明对称操作码 重要的弱键或弱作用也可在此表中列出重要的弱键或弱作用也可在此表中列出 所有的数据要注明标准偏差数据所有的数据要注明标准偏差数据 常用的结构数据表主要有常用的结构数据表主要有* *. .textex文件和文件和* *. .cifcif文件文件 .611. TEX文件文件 基本结构：基本结构： Table 1. Crystal data and structure refinement for 020908a. Identification code 020908a Empirical formula C18 H14
46、 Co N3 O7 Formula weight 443.25 Temperature 298(2) K Wavelength 0.71073 A Crystal system, space group Monoclinic, c2/c Unit cell dimensions a = 29.654(18) A alpha = 90 deg. b = 8.530(5) A beta = 95.829(10) deg. c = 13.801(8) A gamma = 90 deg. Volume 3473(4) A3 Z, Calculated density 8, 1.696 Mg/m3 Ab
47、sorption coefficient 1.039 mm-1 F(000) 1808 晶体数据和结构晶体数据和结构精修结果精修结果.62 Crystal size 0.28 x 0.25 x 0.18 mm Theta range for data collection 1.38 to 26.47 deg. Limiting indices -25=h=37, -10=k=10, -14=l2sigma(I) R1 = 0.0500, wR2 = 0.0596 R indices (all data) R1 = 0.0966, wR2 = 0.0655 Largest diff. peak
48、and hole 0.758 and -0.488 e.A-3 Absolute structure parameter -0.03(7).63 Table 2. Atomic coordinates ( x 104) and equivalent isotropic displacement parameters (A2 x 103) for 020908a. U(eq) is defined as one third of the trace of the orthogonalized Uij tensor. _ x y z U(eq) _ Co(1) 3875(1) 2187(1) 87
49、33(1) 35(1) N(1) 3836(1) 2424(3) 10104(2) 31(1) N(2) 3346(1) 898(3) 8503(2) 33(1) N(3) 4435(1) 3284(3) 8801(2) 34(1) O(1) 3497(1) 3952(3) 8609(2) 39(1) O(2) 3026(1) 5311(3) 9447(2) 61(1) . C(16) 5290(2) 4446(6) 8730(3) 49(1) C(17) 4930(2) 5447(6) 8752(3) 47(1) C(18) 4504(2) 4825(5) 8784(3) 44(1) _ 原
50、子坐原子坐标和等标和等效各向效各向同性位同性位移参数移参数 为了节省篇幅，不少刊物用为了节省篇幅，不少刊物用“等效各向同性位等效各向同性位移参数移参数”（equivalent isotropic displacement parameters)Ueq来报道原子的位移参数来报道原子的位移参数Ueq = (U11 + U22 + U33)/3.64 Table 3. Bond lengths A and angles deg for 020908a. _ Co(1)-O(1) 1.873(2) Co(1)-O(5) 1.877(2) . C(17)-C(18) 1.374(5) C(17)-H(1
