1、生物化学第三章 氨基酸 (amino acid)一、氨基酸一、氨基酸蛋白质的构件分子蛋白质的构件分子氨基酸(amino acid) ：-氨基酸是一切蛋白质的组成单位。氨基酸是与羧酸相邻-碳原子上连有一个氨基，故称-氨基酸。 利用酸水解、碱水解、酶解可把蛋白质分子水解释放氨基酸。L L型型 -氨基酸氨基酸不变部分（除脯氨酸）可变部分180多种天然氨基酸；20种蛋白质氨基酸 氨基酸首尾脱水聚合成肽键。各种氨基酸的区别在于侧链R基的不同v20种蛋白质氨基酸按R的极性可分为非极性氨基酸、不带电荷极性氨基酸、带正电R基氨基酸和带负电R基氨基酸v按R基的结构可分为脂肪族氨基酸、芳香族氨基酸及杂环氨基酸3大
2、类v除甘氨酸外，氨基酸均含有一个手性-碳原子，因此都具有旋光性。v氨基酸的名称常用三个字母的缩写，或单个字母表示长的肽链。二、氨基酸的分类、性质二、氨基酸的分类、性质 氨基酸氨基酸脂肪族脂肪族氨基酸氨基酸芳香族氨基酸芳香族氨基酸杂环氨基酸杂环氨基酸一氨基一羧基（中性氨基酸）一氨基一羧基（中性氨基酸）Gly、Ala、Val、Lue、Ile、Ser、Thr、Cys、Met一氨基二羧基（酸性氨基酸）及其酰胺一氨基二羧基（酸性氨基酸）及其酰胺Asp、Asn、Glu、Gln二氨基一羧基（碱性氨基酸二氨基一羧基（碱性氨基酸）Arg、LysPhe、Tyr、TrpHis、Pro2.1氨基酸的分类氨基酸的分类按
3、照按照R化学结构分类化学结构分类甘氨酸 丙氨酸 缬氨酸 亮氨酸 异亮氨酸脂肪族氨基酸：脂肪族氨基酸：一氨基一羧基（中性氨基酸）一氨基一羧基（中性氨基酸）脂肪族氨基酸：脂肪族氨基酸：一氨基一羧基（中性氨基酸）一氨基一羧基（中性氨基酸）:含有羟基含有羟基丝氨酸丝氨酸Ser的的-OH在生理条件下在生理条件下不解离不解离，但是个，但是个极性基团极性基团，能与其，能与其他基团形成他基团形成氢键氢键，常出现在酶的活性中心；，常出现在酶的活性中心；苏氨酸苏氨酸Thr的的-OH是仲醇，具有是仲醇，具有亲水性亲水性；脂肪族氨基酸：脂肪族氨基酸：一氨基一羧基（中性氨基酸）一氨基一羧基（中性氨基酸）:含有硫含有硫(
4、1) 两个半胱氨酸的巯基氧化生成两个半胱氨酸的巯基氧化生成二硫键二硫键，生成，生成胱氨酸胱氨酸，Cys-S-S-Cys (2) 蛋氨酸的甲硫基的硫原子有亲核性，容易发生极化，在生物合成蛋氨酸的甲硫基的硫原子有亲核性，容易发生极化，在生物合成中是重要的中是重要的甲基供体甲基供体脂肪族氨基酸：脂肪族氨基酸：一氨基二羧基（酸性氨基酸）一氨基二羧基（酸性氨基酸） 天冬氨酸 谷氨酸 天冬酰胺 谷氨酰胺脂肪族氨基酸：二脂肪族氨基酸：二氨基氨基一一羧基（羧基（碱性氨基酸）碱性氨基酸）(1) 赖氨酸Lys侧链氨基生理条件下带有一个正电荷(2) 精氨酸Arg是碱性最强的氨基酸，侧链的胍基pKa=12.48，生理
5、条件下完全质子化(3) 组氨酸His含有咪唑环，是20种氨基酸中侧链pK值最接近pH的一种，生理pH条件下具有缓冲能力的一种氨基酸。芳香族氨基酸芳香族氨基酸 苯丙氨酸 酪氨酸 色氨酸(1) 这三种氨基酸在紫外280nm具有特殊吸收峰，蛋白质的紫外吸收主要来自这三种氨基酸(2) 苯丙氨酸疏水性最强(3) 酪氨酸的-OH发生磷酸化在生物体内是十分普遍的调控机制杂环氨基酸杂环氨基酸脯氨酸 组氨酸(1) 组氨酸是碱性氨基酸的一种(2) 脯氨酸的-亚氨基是环的一部分，因此具有特殊的刚性结构，在蛋白质中一般出现在-螺旋转角处。Pro残基出现的位置必然发生蛋白估计方向的改变。2.2氨基酸的分类氨基酸的分类按
6、照按照R基极性分类基极性分类疏水性氨基酸亲水性氨基酸1. 非极性氨基酸：8种Ala, Val, Leu, Ile脂肪族侧链Pro亚氨基杂环Phe，Trp芳香环Met含硫2. 不带电荷的极性氨基酸：7种Ser, Thr, Tyr羟基-OHGln, Asn酰胺基Cys巯基Gly极性/非极性3. 带正电荷的氨基酸：3种Lys-位氨基Arg胍基His咪唑基4. 带负电荷的氨基酸：2种Glu 两个羧基Asp非极性氨基酸在维持蛋白质的三维结构中其重要作用（蛋白质的疏水中心）极性氨基酸侧链能与水形成氢键，易溶于水带电荷和极性氨基酸一般位于蛋白表面蛋白的活性中心：His，Ser，Cys2.3氨基酸的分类氨基酸
7、的分类不常见不常见蛋白质氨基酸蛋白质氨基酸2.4氨基酸的分类氨基酸的分类非非蛋白质氨基酸蛋白质氨基酸150 多种，不是蛋白质组成，但是有特定生理功能（1）大多是L型氨基酸衍生物（2）有D型氨基酸（3）还有-、-、-氨基酸氨基酸在结晶形态或在水溶液中，并不是以游离的羧基或氨基形式存在，而是离解成两性离子。在两性离子中，氨基是以质子化(-NH3+)形式存在，羧基是以离解状态(-COO-)存在。氨基酸晶体是由离子晶格组成，靠异性电荷之间的静电引力维持晶格中质点的作用力，因此氨基酸熔点高。不同氨基酸有特殊的晶体形状，基于此可对氨基酸进行鉴别。 氨基酸的兼性离子形式三、氨基酸的酸碱化学三、氨基酸的酸碱化
8、学阳离子A+兼性离子A0阴离子A-Ka1=H+A0/A+当溶液中A0=A+时，Ka1=H+；两边取对数pKa1=pH=2.34Ka2=H+A-/A0当溶液中A0=A-时，Ka2=H+；两边取对数pKa2=pH=9.6用Ka1,Ka2 表示氨基酸-碳原子的-COOH与-NH3+的解离常数 氨基酸的解离性质pH=pKa+lg质子受体质子供体氨基酸的等电点氨基酸的等电点当溶液浓度为某一当溶液浓度为某一pH值时，氨基酸分子中所含的值时，氨基酸分子中所含的-NH3+和和-COO-数目正好相等，净电荷为数目正好相等，净电荷为0。这一。这一pH值即为值即为氨基酸的等电点，氨基酸的等电点，简称简称pI。在等电
9、点时，。在等电点时，氨基酸既不向正极也不向负极移动，即氨基酸处氨基酸既不向正极也不向负极移动，即氨基酸处于两性离子状态于两性离子状态。侧链不含离解基团的侧链不含离解基团的中性中性氨基酸，其等电点是它的pKa1和pKa2的算术平均值：pI = (pKa1 + pKa2 )/2 对于侧链含有可解离基团的氨基酸，对于侧链含有可解离基团的氨基酸，其其pI值也决定于两性离子两值也决定于两性离子两边的边的pKa值的算术平均值。值的算术平均值。 酸性氨基酸：酸性氨基酸：pI = (pKa1 + pKaR-COO- )/2 碱性氨基酸：pI = (pKa2 + pKaR-NH2 )/2 四、氨基酸的化学反应四
10、、氨基酸的化学反应氨基酸的化学反应-氨基参与的反应: 亚硝酸、酰化试剂、烃基、醛基氧化酶-羧基参与的反应：成盐、成酯、成酰氯、脱羧、叠氮侧链R基参与的反应：取决于R侧链的官能团茚三酮、肽键形成茚三酮、肽键形成!-氨基参与的反应:与亚硝酸反应：通过测定N2的量而计算氨基酸的量，可衡量蛋白质的水解程度与酰化试剂反应：X=Cl, OH, -OCOR; 可多肽合成中保护氨基；丹磺酰氯丹磺酰氯可以与肽的N-端氨基酸反应，生成丹磺酰-肽，水解得到有强烈荧光的丹磺酰-氨基酸，用电泳法或层析法分析即可得知N-端是何种氨基酸，被广泛用于蛋白质N端测定。烃基化反应：2，4-二硝基氟苯二硝基氟苯在弱碱条件下亲核芳环
11、取代生成DNP-氨基酸。首次被英国Sanger用来鉴定多肽、蛋白的N末端氨基酸黄色与烃反应 continue：苯异硫氰酸酯(PITC)与-氨基生成苯氨基硫甲酰衍生物(PTC-aa)，再在硝基甲烷中与酸发生环化成苯乙内酰硫脲 (PTH-aa)Edman测序原理。西佛碱反应：-氨基与醛类反应生成西佛碱。脱氨基反应：在生物体内，氨基酸经氨基酸氧化酶催化脱去氨基成酮酸。-羧基参与的反应:成盐、成酯反应：干燥， HCl回流成酯：被醇酯化，形成酯,羧基得以保护，氨基相对被活化，易酰基、羟基化；成盐：氨基酸与碱作用生成相应的盐。氨基酸的碱金属盐能溶于水,而重金属盐则不溶于水。Q:为什么氨基酸的酰基话和烃基化
12、在碱性中进行？成酰氯反应：与PCl5, PCl3, SOCl2,生成酰氯后，使羧基活化，以便更易与另一氨基酸氨基结合成肽键。脱羧基反应、叠氮反应-氨基和 -羧基共同参与的反应:脯氨酸、羟脯氨酸无NH3释放，生成黄色物质，max=440nm茚三酮显色还原茚三酮茚三酮第二个茚三酮紫色复合物H+释放的CO2可以用测压法测量计算参加反应的氨基酸的量H2NCR1HCOHOHNHCCOOHR2H+H2ONHCCOOHR2HH2NCR1HCO-肽键是多肽和蛋白质生物合成的基本反应。是多肽和蛋白质生物合成的基本反应。-氨基和 -羧基共同参与的反应:成肽反应：侧链R基参与的反应: 酪氨酸碱性氨基酸半胱氨酸用于蛋
13、白质的化学修饰功能团有：羟基、酚基、巯基、吲哚基、咪唑基、胍基、甲硫基、非-氨基和非-羧基等。酪氨酸侧链反应酚基碘化或硝化Pauly反应-OOCCHCH2SHNH3+CH2OCClO-OOCCHCH2SNH3+OCCH2OCH2ClCH2-OOCCHCH2SNH3+ICH2CNH2OCH2CNH2O-OOCCHCH2SNH3+这些反应可用于巯基的保护；可用于检测蛋白中的半胱氨酸残基；把其他分子与目标多肽、蛋白进行偶联半胱氨酸侧链巯基的反应:烷基化-OOCCHCH2SHNH3+-OOCCHCH2SHNH3+-OOCCHNH3+CH2SSCH2NH3+CH-OOC二硫键-OOCCHCH2SHNH3
14、+COO-HO-Hg+-OOCCHCH2SNH3+Hg+COO-与金属离与金属离子的螯合子的螯合性质可用性质可用于体内解于体内解毒毒。二硫键对二硫键对维持蛋白维持蛋白结构很重结构很重要，氧化要，氧化剂和还原剂和还原剂都可打剂都可打开二硫键，开二硫键，最常用还最常用还原剂原剂-巯巯基乙醇和基乙醇和二硫苏糖二硫苏糖醇醇半胱氨酸侧链巯基的反应 （p142）:五、氨基酸的分离分析 分配柱层析：支持剂是一些具有亲水性的不溶性物质，如纤维素、淀粉、硅胶等。滤纸层析：薄层层析：离子交换层析：阴离子交换树脂-N(CH3)3OH或-NH3OH，阳离子交换树脂-SO3H支持物不同最常用：高效液相色谱 （HPLC）
15、、气相色谱(GC)纸层析把支持剂涂布在玻璃板上使成为一个均匀的薄层薄层层析离子交换层析http:/ 第6题糖原分子量糖原中葡萄糖残基的相对分子质量为180-18（水的相对分子质量）=162一分子非还原末端的葡萄糖残基被高碘酸钾氢化生成一分子的甲酸，因此，500mg糖原中非还原性末端残基的摩尔质量分数与新生成的甲酸的摩尔质量分数相等。n个分支点含有n+1个残基间的差别可忽略，所以可假设分支点的物质的量=非还原端物质的量。非还原端末端残基的质量数为：0.347mmol162(mg/mmol)=56.214mg，因此，出现在1-6分支点上葡萄糖残基的百分数为：(56.214/500)100%=11.24%
