1、Friend or Foe?RotavirusEbola virusBacteriumAlgaeProtozoanVirusl大部分人类致命性疾病均是由动物传播，包括现正肆虐全球的禽流感。l每年至少有一种新病原体，包括病毒、细菌、寄生虫、原生动物和真菌等从动物传染给人类。l前所未有的速度产生突变，并传给人类，就如艾滋病、马尔堡出血热、SARS以及现正肆虐全球的禽流感等难抗病毒。l研究人员分辨1407种令人类生病的病原体，发现其中至少800种越过种物界线，由动物传至人类。新发传染病动物传播新发传染病动物传播人类与传染病较量中的四方面重大人类与传染病较量中的四方面重大突破突破隔离检疫制度的建立;病
2、原微生物的发现;特效药物的出现;疫苗的诞生.AdenovirusRotavirus(courtesy of Linda Stannard,University of Cape Town,S.A.)Positive immunofluorescence test for rabies virus antigen.(Source:CDC)(Virology Laboratory,Yale-New Haven Hospital)From Principles of Virology,Flint et al ASM pressFrom Principles of Virology,Flint et a
3、l ASM pressFrom Principles of Virology,Flint et al ASM pressgenomeprobe32P 35S 3H 125I 生物素生物素 地高辛地高辛 酶酶genomegenomegenomeprobeprobeprobe检测方法：放射自显影检测方法：放射自显影 底物显色底物显色 化学发光化学发光斑点杂交（斑点杂交（spot blot hybridization)凝胶电泳印迹转移杂交（凝胶电泳印迹转移杂交（Southern blot hybridization)原位杂交（原位杂交（in-situ hybridization)聚合酶链反应（聚合酶
4、链反应（PCR）基本步骤和原理基本步骤和原理变性（高温）变性（高温）退火（低温）延伸（适温）延伸（适温）每一循环每一循环模模 板板引物引物引物引物dATP dGTP dTTP dCTP Taq酶酶PCR原理和步骤原理和步骤建立该病原体的鉴定方法动物试验临床实验室诊断流行病学研究等分离到该病原体确定一种疾病病原体的基本步骤确定一种疾病病原体的基本步骤最终确定病原体与疾病的病因学关系Multiplex PCR-Mass Tag system多重 PCR-质谱联用技术美国哥伦比亚大学Lipkin 研究组发明了一种基于multiplex PCR-MassTag（多重PCR与质谱联用）的高通量病原体快速
5、筛选技术。优点：由于使用光敏感的分子量标签，增强了multiplex PCR引物设计的适应性和灵活性，使检测通量有大幅度的提高。应用质谱分析PCR产物上的分子量标签克服了凝胶电泳分辨率的局限或荧光染料种类的局限。1.PCR amplification with conjugated primers90 minutes2.PCR purification on filter plate30 minutes3.Elution into 96-well loading platefor mass spectrometer analysis4.Automated sample injection,ph
6、otocleavageand detection1:30 minutes/sampleUltraviolet Light5.Identification of pathogen by signal analysisTHE JEROME L.AND DAWN GREENEINFECTIOUS DISEASE LABORATORYMAILMAN S C H OO L OF PUB L I C H EA L T H Co l u m b i a U n i ver s it yPCR-Mass Tag systemNUCLEIC ACID CONJUGATED MASS TAGSTHE JEROME
7、 L.AND DAWN GREENEINFECTIOUS DISEASE LABORATORYMAILMAN S C H OO L OF PUB L I C H EA L T H Co l u m b i a U n i ver s it yPhotocleavable linker and spacerMS sensitivity enhancerVariable mass unit DETECTION OF 58 DIFFERENT MASS TAGS BY APCI-MSTHE JEROME L.AND DAWN GREENEINFECTIOUS DISEASE LABORATORYMA
8、ILMAN S C H OO L OF PUB L I C H EA L T H Co l u m b i a U n i ver s it y目前，建立在此技术上的有呼吸道病原体检测模块（包括19个病毒和3种细菌），流感病毒亚型检测模块，出血热病原体检测模块，痘疹病毒检测模块和脑炎脑膜炎病原体检测模块。尽管目前已开发的分子量标签只有64个，但根据质谱分析的分子量范围，还可有极大的拓展空间，保证了这一技术具有足够的发展前景和潜力。THE JEROME L.AND DAWN GREENEINFECTIOUS DISEASE LABORATORYMAILMAN S C H OO L OF PUB
9、L I C H EA L T H Co l u m b i a U n i ver s it yCurrent Respiratory PanelIn ProgressTHE JEROME L.AND DAWN GREENEINFECTIOUS DISEASE LABORATORYMAILMAN S C H OO L OF PUB L I C H EA L T H Co l u m b i a U n i ver s it yEnterovirusAdenovirusCurrent PanelIn ProgressTHE JEROME L.AND DAWN GREENEINFECTIOUS D
10、ISEASE LABORATORYMAILMAN S C H OO L OF PUB L I C H EA L T H Co l u m b i a U n i ver s it yACBLabNetworkEpidemiology Microbiology research service training infectiousagentssamplesclinical dataGLOBAL SURVEILLANCE NETWORK Animal modelsdrugsvaccinesDrosten,HamburgLipkin,New YorkMackenzie,PerthPauli,Ber
11、linPeiris,Hong KongQian,BeijingPerez-Brena,MadridSwanepoel,South AfricaWebster,MemphisWen,ShanghaiLUMINEX XMAP技术：多技术：多指标并行检测系指标并行检测系统（流式荧光技统（流式荧光技术或液芯技术）术或液芯技术）技术技术GENOCA Templex PCR技术技术:多指多指标并行扩增标并行扩增Super PrimerTemplex PCR技术原理技术原理Templex PCR技术原理技术原理流式荧光技术（液芯）原理流式荧光技术（液芯）原理XMAP每种微球的地址由两每种微球的地址由两种红色
12、荧光颜料的掺种红色荧光颜料的掺入比例唯一决定入比例唯一决定CONHLuminex 100多功能流式点阵仪多功能流式点阵仪流式荧光检测仪流式荧光检测仪 呼吸道感染型11种DNA基因组的病原体呼吸道感染型13种RNA基因组病毒型病原体 微小的乳胶颗粒（Beads,微球）分别染成不同的荧光色，然后再把针对不同检测物的蛋白（如抗原抗体）以共价方式结合到特定颜色的微球上。应用时，先把针对不同检测物的、用不同颜色编码的微球混合，再加入被检测物（被测物可以是血清中的抗原、抗体、或酶等）。The Red Laser is Used to Identify the Bead CodeThe Green Lase
13、r is Used to Identify the Reporter Signal MASAMASATMTM和ELISA灵敏度的比较基因芯片（基因芯片（Gene ChipGene Chip）何谓基因芯片：何谓基因芯片：基因芯片（或DNA Chip,或Microarray）又称DNA微阵列，是指固定在固相载体上的高密度DNA微点阵。即将大量靶基因或寡核苷酸片段有序地，高密度地（点与点间距一般小于500m）排列在玻璃、硅等载体上，称之为基因芯片。基因芯片的种类：基因芯片的种类：按应用，基因芯片主要可分为3类：1、表达谱基因芯片：主要用于基因功能研究；2、诊断基因芯片：如肝癌诊断芯片、糖尿病诊断芯片
14、、病原体多基因诊断芯片等：3、检测芯片：如商品检疫芯片、病原体检测芯片等。Viral Pathogen Custom Microarray病原体诊断基因芯片0.05 CPSMDetect 5 dye molecules in 10um pixel0.1 CPSMDetect 10 dye molecules in 10um pixelBackName Your DesignSelect Array FormatAgrobacteriumAnopheles(AG)and Plasmodium(PB).ie.malaria microarrayArchaeon,Halobacterium sp.B
15、acillus cereus Bacterial pathogensBifidobacterium longum Bordetella PertussisChlamydophila abortusCulex pipiensCyanobacterium SynechocystisE.ColiErwinia carotovora atroseptica/Solanum tuberosumLactobacillus plantarum Methylobacterium extorquens AM1Plasmodium falciparumPseudomonas aeruginosaS.aureus;
16、N.meningococcus;E.coliSalmonella typhimuriumStaphylococcus aureusSARS CoronavirusHuman Coronavirus OC43Human Coronavirus 229ESample:WNV NY99 100,000 RNA copies/ml32/45 top hits are WNV-specific;remainder are JEV group or other flavivirus-genus probesCollaboration between the Greene Laboratory of Col
17、umbia University,ICTV,Northeast Biodefense Center,and Agilent CorporationSample:SARS-CoV100,000 RNA copies/mlColumbia(Briese,Lipkin,Liu,Lussier Palacios),ICTV(Bchen-Osmond),and Agilent(Hirschberg)251,000 sequence database,1710 vertebrate virusesA Novel Coronavirus AssociatedA Novel Coronavirus Assoc
18、iatedwith Severe Acute Respiratory Syndromewith Severe Acute Respiratory Syndromevirus-isolation techniques electron-microscopical histologic studiesMolecular and serologic assaysPrimer pair IN-2(+)5GGGTTGGGACTATCCTAAGTGTGA3IN-4()5TAACACACAACICCATCATCA3conserved regions of open reading frame 1bA 405
19、-nucleotide segmentThe Genome sequence of the SARS-associated coronavirus Science 300(5624),1399-1404(2019)Virus isolation(bronchoalveolar lavage specimen)Viral particles were purified,genetic material(RNA)was extractedRNA was converted to cDNA by random-priming and oligo(dT)primings trategy Size-se
20、lected cDNA products were cloned single sequence reads Sequences were assembledRapid amplification of cDNA ends RACE to capture the 5 end of the viral genome.病毒性感染样本（咽拭子，痰，肺泡灌洗液，脑脊液）保存活病毒样本核酸抽提、逆转录多重PCR扩增和质谱分析阳性阴性部分样品进行病毒培养阴性阳性部分样品进行基因芯片检测阴性阳性病毒扩增，电子显微镜观察，病毒核酸的分子克隆，序列的比对，进化分析以及基因功能的初步探讨。DNaseI处理-Random PCR克隆扩增DNA，大规模测序，核酸序列比对，进化树分析。不明原因感染的病原体筛查系统不明原因感染的病原体筛查系统
