1、育种育种(strain improvement)是指为改善种质对原是指为改善种质对原出发菌株出发菌株(作物作物)进行的遗传操作。进行的遗传操作。第五章微生物药物的菌种选育第五章微生物药物的菌种选育 微生物药物微生物药物菌种选育的目的：菌种选育的目的：v 提高产量提高产量v 组份优化组份优化v 新化合物的获取新化合物的获取基因突变是一切突变的内因。基因突变是一切突变的内因。任何代谢产物的生成均由遗传因素所决定，产生菌任何代谢产物的生成均由遗传因素所决定，产生菌遗传物质的任何变化，都有可能改变其产物的产量遗传物质的任何变化，都有可能改变其产物的产量和性质。和性质。微生物的生理条件、培养条件、发酵条
2、件等在育种微生物的生理条件、培养条件、发酵条件等在育种发面也有着重要作用。发面也有着重要作用。1945时间时间194319431943195519711977目前目前发酵单位发酵单位(U/ml)10025050085080002万万5万万510万万青霉素诱变青霉素诱变史史微生物的潜力微生物的潜力是无穷的是无穷的。我们今天所吃的大米，是人类长期以来用人工选择、杂交、我们今天所吃的大米，是人类长期以来用人工选择、杂交、辐射诱变、化学诱变等方法改变了水稻辐射诱变、化学诱变等方法改变了水稻“原生态原生态”后生产后生产出来的，是出来的，是“人定胜天人定胜天”的结果。的结果。我们完全可以利用现有的资源，创
3、造出奇迹。我们完全可以利用现有的资源，创造出奇迹。自发突变自发突变(spontaneous mutation)：自然条件下自然条件下,菌株也菌株也会发生遗传或生理上的变化而造成产量的改变。突变有会发生遗传或生理上的变化而造成产量的改变。突变有着正向和反向的差别。着正向和反向的差别。在无性繁殖的细菌中在无性繁殖的细菌中,突变率是用每一个细胞世代中每突变率是用每一个细胞世代中每个细菌发生突变的概率个细菌发生突变的概率，即用一定数目的细菌在一次分即用一定数目的细菌在一次分裂过程中发生突变的次数表示裂过程中发生突变的次数表示,约约10-8。不同生物和同一。不同生物和同一生物个体的不同基因的自发突变率不
4、同。生物个体的不同基因的自发突变率不同。自发突变自发突变因素因素:v宇宙射线宇宙射线v环境中的低浓度物质环境中的低浓度物质v温度的改变温度的改变腺嘌呤腺嘌呤(A)和胞嘧啶和胞嘧啶(C)的第六位可以氨基或亚氨基形式出现，而的第六位可以氨基或亚氨基形式出现，而鸟嘌呤鸟嘌呤(G)和胸腺嘧啶和胸腺嘧啶(T)的第六位可以酮式或烯醇式出现。平衡的第六位可以酮式或烯醇式出现。平衡一般倾向与氨基和酮一般倾向与氨基和酮基配对基配对，即，即DNA双链一般以双链一般以AT,GC为主。为主。自发突变的机理之互变异构效应假说自发突变的机理之互变异构效应假说如果如果A以亚氨基形式出现以亚氨基形式出现，在，在DNA合成到达
5、这一位置的合成到达这一位置的瞬间，通过瞬间，通过DNA多聚酶的作用，多聚酶的作用，新合成的新合成的DNA链上的相链上的相对位置就是对位置就是C，而不是而不是T。如如T T以稀有的烯醇式形式出现，则以稀有的烯醇式形式出现，则错配错配G，而不是而不是A。诱变育种诱变育种(induced mutation):):利用物理或化学诱变剂利用物理或化学诱变剂(mutagen)处理均匀分散的微生物细胞群，促进其突变率处理均匀分散的微生物细胞群，促进其突变率大幅度提高，然后设法采用简便、快速、高效的筛选方大幅度提高，然后设法采用简便、快速、高效的筛选方法，从中挑选少数符合目的的突变株法，从中挑选少数符合目的的
6、突变株(mutant)，以供生以供生产科研之用。产科研之用。步骤：出发菌株步骤：出发菌株诱变诱变初筛初筛复筛复筛放大放大获得优良变异株。获得优良变异株。诱变育种两个主要的环节：诱变诱变育种两个主要的环节：诱变(induction)、筛选、筛选(screening)经典经典(常规常规)育种育种：诱变育种诱变育种v 出发菌株的选择：处理细胞一般为单孢子悬液出发菌株的选择：处理细胞一般为单孢子悬液v 诱变剂量的选择诱变剂量的选择v 诱变剂的种类：物理诱变剂，化学诱变剂，拟辐射物质诱变剂的种类：物理诱变剂，化学诱变剂，拟辐射物质v 诱变剂的选择：简便有效诱变剂的选择：简便有效 1927年年,美国遗传学
7、家缪勒美国遗传学家缪勒(H.J.Muller,18901967)首次发现用首次发现用X射线照射果蝇精子射线照射果蝇精子后，后，果蝇后代发生突变果蝇后代发生突变的个体数大大增加。同年的个体数大大增加。同年,又有科学家用又有科学家用X射线和射线和g g射线照射线照射玉米和大麦的种子射玉米和大麦的种子，也得到了类似的结果。也得到了类似的结果。第二次世界大战期间第二次世界大战期间，科学家发现了第一个化学诱科学家发现了第一个化学诱变剂变剂芥子气芥子气，开辟了化学诱变的新途径。开辟了化学诱变的新途径。从此从此，利用各种物理的和化学的手段进行人工诱变利用各种物理的和化学的手段进行人工诱变的工作在世界范围内广
8、泛开展起来。的工作在世界范围内广泛开展起来。诱变处理诱变处理的兴起的兴起 高产突变株的筛选：高产突变株的筛选：化合物抗菌活性的琼脂块法化合物抗菌活性的琼脂块法 形态突变株的筛选：形态突变株的筛选：去除色素，孢子等去除色素，孢子等 自身耐药突变株的筛选：自身耐药突变株的筛选：产量越高，对自身的抗性就越强产量越高，对自身的抗性就越强 营养缺陷型突变株的筛选：去除反馈抑制营养缺陷型突变株的筛选：去除反馈抑制 结构类似物或前体类似物的筛选：选择结构类似物或前体类似物的筛选：选择对其对其抗性水平高的抗性水平高的变变株株，可解除反馈抑制，可解除反馈抑制而提高而提高产量。产量。突变株的筛选方案的设计突变株的
9、筛选方案的设计五、根据产物特点而设计实验五、根据产物特点而设计实验b-b-内酰胺类抗生素可与某些金属离子螯合而降低其抗菌内酰胺类抗生素可与某些金属离子螯合而降低其抗菌作用。筛选对高浓度金属离子有抗性的突变株，意味着作用。筛选对高浓度金属离子有抗性的突变株，意味着提高浓度的提高浓度的b-b-内酰胺类抗生素解除了金属离子的毒性，内酰胺类抗生素解除了金属离子的毒性，即得到了高产菌株。即得到了高产菌株。浅蓝菌素浅蓝菌素(cerulenin)通过通过抑制聚酮体的前体抑制聚酮体的前体 (也是脂肪酸前也是脂肪酸前体体)小分子酸类的合成小分子酸类的合成而而抑制聚酮体类抗生素的抑制聚酮体类抗生素的产生产生，因此
10、，因此筛选在适当浓度的浅蓝菌素琼脂平板上的筛选在适当浓度的浅蓝菌素琼脂平板上的生长生长菌落即可能菌落即可能获得获得高产菌株。高产菌株。将将道诺霉素道诺霉素产生菌在一定浓度的浅蓝菌素琼脂平板上生产生菌在一定浓度的浅蓝菌素琼脂平板上生长长后，长出的菌落大多数因抗生素的生物合成被抑制而表现后，长出的菌落大多数因抗生素的生物合成被抑制而表现为无色，呈现红色的即为产生抗生素的菌落，这样获得高为无色，呈现红色的即为产生抗生素的菌落，这样获得高产菌株的机率就得到提高。产菌株的机率就得到提高。2004年年1月月13日，沃尔夫农业奖由中国的袁隆平与美国康日，沃尔夫农业奖由中国的袁隆平与美国康奈尔大学的塔克斯莱奈
11、尔大学的塔克斯莱(Steven Tanksley)分享，以表彰他们分享，以表彰他们“对对杂交水稻所做出的开创性研究和发现杂交优势的基因原理杂交水稻所做出的开创性研究和发现杂交优势的基因原理”。袁隆平从实践及推理中突破了水稻为自花传粉植物而无袁隆平从实践及推理中突破了水稻为自花传粉植物而无杂种优势的经典观念的束缚杂种优势的经典观念的束缚,成为继陈省身成为继陈省身(沃尔夫数学奖沃尔夫数学奖)及及吴健雄吴健雄(沃尔夫物理学奖沃尔夫物理学奖)之后第三个中国人。之后第三个中国人。丘成桐丘成桐,2010,2010 沃尔夫数学奖沃尔夫数学奖袁隆平屡获国际大奖在于水稻是一种极为重要的农作物，袁隆平屡获国际大奖
12、在于水稻是一种极为重要的农作物，是由于其重大的经济价值，并不意味着中国在生物技术的是由于其重大的经济价值，并不意味着中国在生物技术的开发和理论研究方面已走到了世界的前列。开发和理论研究方面已走到了世界的前列。恰恰相反，在这些方面我们还与发达国家存在相当大的差恰恰相反，在这些方面我们还与发达国家存在相当大的差距。袁隆平因为发现水稻杂种有优势，进而培育、推广杂距。袁隆平因为发现水稻杂种有优势，进而培育、推广杂交水稻，但是杂交水稻为什么会有优势？水稻杂交优势的交水稻，但是杂交水稻为什么会有优势？水稻杂交优势的遗传基础是什么？遗传基础是什么？这些更根本性的理论研究成果却是坦克斯利做出的。这种这些更根本
13、性的理论研究成果却是坦克斯利做出的。这种理论研究具有更为重大的学术价值，将会对未来的应用开理论研究具有更为重大的学术价值，将会对未来的应用开发产生深远的影响。发产生深远的影响。菲律宾的国际水稻研究所已开发出的菲律宾的国际水稻研究所已开发出的“金大米金大米”，通过转基因技术让水稻制造通过转基因技术让水稻制造胡萝卜素胡萝卜素(维生素维生素A的前的前体体),有助于消灭在亚洲地区广泛存在的维生素有助于消灭在亚洲地区广泛存在的维生素A缺乏缺乏症。症。国外正在试验用转基因技术提高水稻中铁元素的含量，国外正在试验用转基因技术提高水稻中铁元素的含量，以减少亚洲妇女常见的贫血症；将玉米基因转入水稻中，以减少亚洲
14、妇女常见的贫血症；将玉米基因转入水稻中，大幅度提高水稻的产量和改良稻米的品质等。大幅度提高水稻的产量和改良稻米的品质等。2005.3,英国剑桥先正达种子公司英国剑桥先正达种子公司(Syngenta Seeds)报报道了第二代转基因道了第二代转基因“金大米金大米”胡萝卜素胡萝卜素(防止失防止失明明)含量增加了含量增加了20倍。倍。”20092009年，中国颁发了具有自主知识产权的一个转植酸酶基因玉年，中国颁发了具有自主知识产权的一个转植酸酶基因玉米品种，以及两个转抗虫基因水稻品种（世界上首次）的生产米品种，以及两个转抗虫基因水稻品种（世界上首次）的生产应用安全证书。应用安全证书。引发公众转基因食
15、品安全性大争论。引发公众转基因食品安全性大争论。中国工程院院士范云六：转植酸酶基因玉米可以提高饲料的利中国工程院院士范云六：转植酸酶基因玉米可以提高饲料的利用效率，减少饲料中磷酸氢钙的添加量，降低饲养成本；减少用效率，减少饲料中磷酸氢钙的添加量，降低饲养成本；减少动物粪、尿中植酸磷的排泄，减轻环境污染，有利于环境保护。动物粪、尿中植酸磷的排泄，减轻环境污染，有利于环境保护。此外，利用农业种植方式生产植酸酶，还具有节能、环保、低此外，利用农业种植方式生产植酸酶，还具有节能、环保、低成本的优势。成本的优势。中国工程院院士张启发：转抗虫基因水稻不仅能有效控制螟虫中国工程院院士张启发：转抗虫基因水稻不
16、仅能有效控制螟虫等鳞翅目害虫危害，保障水稻增产，还能减少等鳞翅目害虫危害，保障水稻增产，还能减少80%80%的化学农药的化学农药用量。用量。杂交和转基因杂交和转基因杂交杂交是同种或近似种之间的交配，两亲不同但不至于差得太是同种或近似种之间的交配，两亲不同但不至于差得太远。这里关于种的定义是经典的生殖隔离，但是不必拘泥这远。这里关于种的定义是经典的生殖隔离，但是不必拘泥这个，骡子就是异种杂交的例子。杂交的特征是遗传物质都是个，骡子就是异种杂交的例子。杂交的特征是遗传物质都是在亲本中已经存在的，不同的组合造成不同的性状。在亲本中已经存在的，不同的组合造成不同的性状。转基因转基因在本质上不同在本质上
17、不同 。以。以BT（Bacillus thuringiensis产生的可产生的可抵抗水稻抵抗螟虫等虫害的一种毒性蛋白，对人体无害）为抵抗水稻抵抗螟虫等虫害的一种毒性蛋白，对人体无害）为例，没有任何亲本中有这个遗传物质，而是人为加入的。这例，没有任何亲本中有这个遗传物质，而是人为加入的。这个不是靠时间长短能由自然界替代的过程。有异种之间遗传个不是靠时间长短能由自然界替代的过程。有异种之间遗传物质传递的现象，但是很少，也不可预期。物质传递的现象，但是很少，也不可预期。自然条件下，作物一般不能获得转基因的特性。自然条件下，作物一般不能获得转基因的特性。科学地看待问题：基于科学知识，而非基于逻辑推论和
18、有科学地看待问题：基于科学知识，而非基于逻辑推论和有选择性的所谓常识选择性的所谓常识经典育种的黄金时代已经过去，现在以及未来经典育种的黄金时代已经过去，现在以及未来属于遗传工程。属于遗传工程。现代生物技术在微生物药物育种中的应用现代生物技术在微生物药物育种中的应用理性菌种选育理性菌种选育(Rational strain improvement)是指在对微生物药物的分子水平的装配、催化、调节等是指在对微生物药物的分子水平的装配、催化、调节等机理透彻了解的基础上机理透彻了解的基础上,有针对性有针对性地地进行育种研究进行育种研究。代谢工程是指运用重组代谢工程是指运用重组DNA技术通过对微生物细胞内的
19、技术通过对微生物细胞内的酶、转运和调节等功能进行操作以提高细胞活性的现代酶、转运和调节等功能进行操作以提高细胞活性的现代生物技术。主要用于有价值的化合物的研究和开发，在生物技术。主要用于有价值的化合物的研究和开发，在能源、原材料能源、原材料、治疗用品的研究和开发等方面也起着重、治疗用品的研究和开发等方面也起着重要的作用。运用于药物的研发是一个新兴的领域。要的作用。运用于药物的研发是一个新兴的领域。代谢工程代谢工程(metabolic engineering)代谢工程超越了基因扩增和基因表达调控代谢工程超越了基因扩增和基因表达调控,强调在整体强调在整体水平对生物合成旁路的观察、代谢旁路的重建、热
20、动力水平对生物合成旁路的观察、代谢旁路的重建、热动力学的稳定性、代谢物转化的速率及其控制。这就将单个学的稳定性、代谢物转化的速率及其控制。这就将单个的酶反应转向了整体的代谢旁路和生物转化网络。的酶反应转向了整体的代谢旁路和生物转化网络。v 合成异源代谢产物合成异源代谢产物v 扩大底物利用范围扩大底物利用范围v 生产非天然的新物质生产非天然的新物质,如新型药物如新型药物v 降解环境有害物质降解环境有害物质v 提高微生物对环境的适应能力提高微生物对环境的适应能力 v 阻断或降低副产物的合成阻断或降低副产物的合成 v 提高代谢产物产率。提高代谢产物产率。应用领域应用领域金大米金大米 从香叶基焦磷酸到
21、从香叶基焦磷酸到b b胡萝卜素胡萝卜素的的生物合成生物合成需要需要八八氢番茄红素合成酶基因、植物八氢番茄红素脱饱氢番茄红素合成酶基因、植物八氢番茄红素脱饱和酶基因、和酶基因、胡萝卜素脱饱和酶基因和八氢番茄胡萝卜素脱饱和酶基因和八氢番茄红素环化酶基因。红素环化酶基因。Ye(2000)使用来自欧文氏菌的八氢番茄红素脱饱使用来自欧文氏菌的八氢番茄红素脱饱和酶基因（该基因能够同时承担植物八氢番茄红和酶基因（该基因能够同时承担植物八氢番茄红素脱饱和酶基因和素脱饱和酶基因和 胡萝卜素脱饱和酶基因的功胡萝卜素脱饱和酶基因的功能）替代了相应的两个基因，使得酶促反应步骤能）替代了相应的两个基因，使得酶促反应步骤
22、由由4个减少为个减少为3个。个。Bohmert等在拟南芥中同时表达了来自细菌的分别编码等在拟南芥中同时表达了来自细菌的分别编码3-酮硫酮硫裂解酶裂解酶(3-ketothiolase)、乙酰乙酰辅酶乙酰乙酰辅酶A还原酶还原酶(acetacetyl-CoA reductase)和和PHA合成酶合成酶(PHA synthase)的三个基因，构的三个基因，构建了建了PHB的生物合成途径，使得转基因拟南芥能够大量产生本的生物合成途径，使得转基因拟南芥能够大量产生本来没有的来没有的PHB，叶片中的含量达到鲜重的，叶片中的含量达到鲜重的4%(约为干重的约为干重的40%)。Slater等在拟南芥和油菜种子中表
23、达上述三个基因的同时增加等在拟南芥和油菜种子中表达上述三个基因的同时增加了一个来源于大肠杆菌的苏氨酸脱氨酶了一个来源于大肠杆菌的苏氨酸脱氨酶(threonine deaminase)基因，在植物中构建了新的生物合成代谢途径，使得拟南芥和基因，在植物中构建了新的生物合成代谢途径，使得拟南芥和油菜能够产生油菜能够产生3-羟基丁酸酯与羟基丁酸酯与 3-羟基戊酸酯的共聚物羟基戊酸酯的共聚物(poly 3-hydroxybutyrate-CO-3-hydroxyvalerate)。生物塑料生物塑料 代谢工程正被运用于涉及抗生素生物合成的代谢旁路代谢工程正被运用于涉及抗生素生物合成的代谢旁路的操纵。产生菌
24、的生物化学和生理学的知识也提供了的操纵。产生菌的生物化学和生理学的知识也提供了直接改变代谢的合理基础。有可能通过测量前体和中直接改变代谢的合理基础。有可能通过测量前体和中间产物的代谢流以及鉴别限速步骤以用作遗传操作的间产物的代谢流以及鉴别限速步骤以用作遗传操作的靶点。通过分析可将代谢流指向所需的代谢产物并消靶点。通过分析可将代谢流指向所需的代谢产物并消除不必要产物的生物合成。除不必要产物的生物合成。以以模式菌株模式菌株S.lividans建立了一个代谢流分析模型，建立了一个代谢流分析模型，目目标是标是阐明次级代谢产物碳源分布的关系，对初级碳代阐明次级代谢产物碳源分布的关系，对初级碳代谢进行操作
25、以提高其抗生素的产生谢进行操作以提高其抗生素的产生。A.提高微生物药物的单位产量提高微生物药物的单位产量增加限速酶所编码的基因的拷贝数增加限速酶所编码的基因的拷贝数：增加限速酶的拷增加限速酶的拷贝数可能增加抗生素的产量。贝数可能增加抗生素的产量。S.clavuligerus中自半胱氨酸，缬氨酸和赖氨酸产生头孢菌素中自半胱氨酸，缬氨酸和赖氨酸产生头孢菌素C 自身抗性的增加意味着更多抗生素的生成，如将氨基糖自身抗性的增加意味着更多抗生素的生成，如将氨基糖甙类抗生素的抗性基因甙类抗生素的抗性基因 氨基糖苷氨基糖苷-6-N-乙酰转移酶乙酰转移酶基因转化至卡那霉素和新霉素产生菌，转化子对多种氨基因转化至
26、卡那霉素和新霉素产生菌，转化子对多种氨基糖甙类抗生素的抗性增加，而且卡那霉素和新霉素的基糖甙类抗生素的抗性增加，而且卡那霉素和新霉素的产量提高了产量提高了2-6倍。倍。引入抗性基因引入抗性基因表达放线紫红素的途径专一性调节基因表达放线紫红素的途径专一性调节基因act-orf4,基因基因的拷贝数增加了的拷贝数增加了2倍，而抗生素的产量增加了倍，而抗生素的产量增加了30-40倍。倍。调节基因的操纵调节基因的操纵 v增加正调节基因的拷贝数增加正调节基因的拷贝数v阻断负调节基因阻断负调节基因将将道诺霉素道诺霉素生物合成的调节基因生物合成的调节基因dnrR1 和和dnrR2以高拷以高拷贝的形式贝的形式转
27、转化化至产生菌中，至产生菌中，道诺霉素道诺霉素的中间体紫红霉酮的中间体紫红霉酮的合成量提高了十倍。的合成量提高了十倍。S.avermitilis可产生抗寄生虫药物多组份的阿维菌素可产生抗寄生虫药物多组份的阿维菌素(avermectin)，其中其中B1是主要的活性成分。是主要的活性成分。Ikeda等使用诱变技等使用诱变技术获得了仅产术获得了仅产B组份组份(B1a,B2a,B1b,B2b)的变株的变株K2024,和仅产和仅产A组份组份(A1a,A2a,A1b,A2b)的变株的变株K2021。将这两亲本进行原将这两亲本进行原生质体融合后，获得了只产生质体融合后，获得了只产B1a和和 B2a 组份的融
28、合株组份的融合株 K2038。B.阻断代谢旁路，增加有效成分的产量或改善组份的构成阻断代谢旁路，增加有效成分的产量或改善组份的构成进一步，他们利用转座子突变技术选择性地敲除进一步，他们利用转座子突变技术选择性地敲除 S.avermitilis 中中毒性化合物寡霉素的生物合成基因，所得菌株只产生阿维菌素。毒性化合物寡霉素的生物合成基因，所得菌株只产生阿维菌素。Formation of CHC-CoA in S.collinusGenetic organization of the genes for the biosynthesis of CHC unitC.C.合理地设计产生有价值的天然产物的
29、衍生物的生物合成旁路合理地设计产生有价值的天然产物的衍生物的生物合成旁路 CHC unit is used for the biosynthesis of Doramectin不足之处不足之处l不能提供或很少提供某些产物合成所需的前体物质不能提供或很少提供某些产物合成所需的前体物质l 没有翻译后修饰没有翻译后修饰D.构建能产生中间体或前体的基因工程菌构建能产生中间体或前体的基因工程菌大肠杆菌大肠杆菌(E.coli)是最常使用的表达系统是最常使用的表达系统:生长迅速生长迅速(菌体倍增菌体倍增约约为为20分钟分钟)，发酵设备简单，提取纯化容易，工艺成熟。，发酵设备简单，提取纯化容易，工艺成熟。6-
30、dEB为为 Sac.erythraea 产生的红霉素的前体，原株产生的红霉素的前体，原株中中产量产量低低 Sac.erythraea 和和 E.coli相比较，发酵过程难以扩大化，相比较，发酵过程难以扩大化，菌体倍增时间长菌体倍增时间长(4小时小时),发酵和生产工艺需严格控制。发酵和生产工艺需严格控制。大肠杆菌系统中表达大肠杆菌系统中表达DEBS产生产生6-dEBu 如何表达正确折叠和翻译后修饰的如何表达正确折叠和翻译后修饰的PKS。催化表达产生。催化表达产生6-dEB的巨大的的巨大的DEBS蛋白为两个相同的蛋白为两个相同的28个活性位点个活性位点a a2 2b b2 2g g2 2的二的二聚
31、体聚体,有有7个必需磷酸泛酰乙胺化的残基个必需磷酸泛酰乙胺化的残基。E.coli 没有保证没有保证ACP的活性的磷酸泛酰乙胺化酶。的活性的磷酸泛酰乙胺化酶。u 组成部件必需在组成部件必需在E.coli 中有供应。中有供应。6-dEB是由是由1个丙二酰个丙二酰CoA和和7个个(2S)-甲基丙二酰甲基丙二酰CoA(2S-mmCoA)作为骨架所组成的。作为骨架所组成的。E.coli 没有没有 (2S)-mm CoA。u 为保证产生有效的细胞内产生为保证产生有效的细胞内产生6-dEB的系统，的系统，DEBS在胞内的在胞内的活力必须与前体的生物合成相适应活力必须与前体的生物合成相适应,以对相关的立体化学
32、和动力以对相关的立体化学和动力学参数进行最优化。学参数进行最优化。产产6-dEB的的工程菌工程菌E.coli BAP1的构建的构建基基 因因来来 源源备注备注Three DEBS genesSac.erythraea插入插入Sfp(phosphopantetheinyl transferase)B.subtilis插入插入Propionyl-CoA carboxylaseS.coelicolor插入插入prpRBCD genes(丙酸代谢丙酸代谢)内源内源删除删除prpE,birA genes(丙酸丙酸-mmCoA)内源内源超超表达表达编码编码6dEB合成酶的质粒图合成酶的质粒图6-dEB的产
33、量已达到红霉素工业菌株的生产水平的产量已达到红霉素工业菌株的生产水平本实验的成功是生物学诸多技术的综合，它包含了对本实验的成功是生物学诸多技术的综合，它包含了对6-dEB分子水平的催化，对分子水平的催化，对E.coli 基因组和生理功能的了基因组和生理功能的了解等，强调解等，强调了了学科交叉的重要性。学科交叉的重要性。抗生素的产生菌大多是抗生素的产生菌大多是好好氧的，因此为保证其生长和有效氧的，因此为保证其生长和有效地地产生抗生素，必须保证氧气的充足供应。在大规模的发产生抗生素，必须保证氧气的充足供应。在大规模的发酵种，常需要不断地添加氧气以满足细胞生长和代谢。然酵种，常需要不断地添加氧气以满
34、足细胞生长和代谢。然而在培养基而在培养基中中，氧气的溶解度低。工业上常通过改良生物，氧气的溶解度低。工业上常通过改良生物反应器反应器(如改变搅拌浆的形状，增加档板和搅拌功率）或增如改变搅拌浆的形状，增加档板和搅拌功率）或增加通气量，但这些设备的要求高，能耗大。加通气量，但这些设备的要求高，能耗大。E.引入异源基因，改善培养和生产工艺引入异源基因，改善培养和生产工艺血红蛋白基因在放线菌中的应用血红蛋白基因在放线菌中的应用 将从透明颤菌中考虑的血红蛋白基因将从透明颤菌中考虑的血红蛋白基因(vhb)转至天蓝色转至天蓝色链霉菌发现，菌体可在限氧的条件下生长，而且其中链霉菌发现，菌体可在限氧的条件下生长
35、，而且其中放线紫红素的产量增加了十倍。放线紫红素的产量增加了十倍。vhb在在Sac.erythraea中表达，可将红霉素的产量提高中表达，可将红霉素的产量提高60%。将将vhb基因转至头孢菌素产生菌中，不仅提高了工程菌对基因转至头孢菌素产生菌中，不仅提高了工程菌对氧气的利用量，而且大幅度提高了抗生素的产量。氧气的利用量，而且大幅度提高了抗生素的产量。在好氧菌透明颤菌中发现血红蛋白为在好氧菌透明颤菌中发现血红蛋白为氧气氧气携带者，能促携带者，能促进氧气扩散到细胞末端的氧化酶上，进氧气扩散到细胞末端的氧化酶上，这这使得细胞在缺氧使得细胞在缺氧状态下也可能良好生长。状态下也可能良好生长。以以DNA改
36、组为代表的体外定向进化改组为代表的体外定向进化(directed evolution)定向进化定向进化不需事先了解酶的空间结构和催化机制不需事先了解酶的空间结构和催化机制,通过通过模拟自然进化机制模拟自然进化机制,以改进的诱变技术结合确定进化方以改进的诱变技术结合确定进化方向的选择方法，在体外改造酶基因，定向选择有价值向的选择方法，在体外改造酶基因，定向选择有价值的非天然酶。短期内可以在试管中完成自然界需要几的非天然酶。短期内可以在试管中完成自然界需要几百万年的进化过程，是发现新型酶和新的生理生化反百万年的进化过程，是发现新型酶和新的生理生化反应的重要途径。应的重要途径。目的：增加酶的底物专一
37、性、立体选择性、比活、稳定目的：增加酶的底物专一性、立体选择性、比活、稳定性、溶剂耐受性、增加性、溶剂耐受性、增加pH H范围，以及这些特性的组合。范围，以及这些特性的组合。The fundamental rule of directed evolution is you get what you screen forFrancis Arnold定向进化的定向进化的根本根本规则是规则是获得你希望通过获得你希望通过筛选筛选得到得到的的突变体突变体在待进化酶基因的在待进化酶基因的PCR扩增反应中扩增反应中,利用利用Taq DNA多聚酶多聚酶不具有不具有35校对功能的性质校对功能的性质,配合适当条件
38、配合适当条件,以很低的以很低的比率向目的基因中随机引入突变比率向目的基因中随机引入突变,构建突变库构建突变库,凭借定向的凭借定向的选择方法选择方法,选出所需性质的优化酶选出所需性质的优化酶,从而排除其他突变体。从而排除其他突变体。定向进化的一般原理定向进化的一般原理在定向进化中在定向进化中,尽管突变具有随机性尽管突变具有随机性，但通过但通过选择特定选择特定方向的突变限定了进化趋势方向的突变限定了进化趋势，加之控制实验条件加之控制实验条件，限定限定突变种类突变种类，降低突变率降低突变率，缩小突变库的容量，这不仅缩小突变库的容量，这不仅减少了工作量减少了工作量，更重要的是加快了酶在某一方向的进化更
39、重要的是加快了酶在某一方向的进化速度速度。定向进化定向进化 =随机突变随机突变 +选择选择 与自然进化不同与自然进化不同,定向进化是人为引发的，整个进化定向进化是人为引发的，整个进化过程完全是在人为控制下进行的。过程完全是在人为控制下进行的。DNANA改组改组(DNA Shuffling)原理原理项目项目进化速度进化速度进化对象进化对象进化进化周期周期影响对象影响对象突变效率突变效率常规定常规定向进化向进化缓慢进化缓慢进化整个基因组整个基因组多年多年完整基因组完整基因组高高DNAShuffling快速进化快速进化特定基因特定基因/操纵子操纵子/病毒病毒几天几天部分基因组部分基因组低低DNA S
40、huffling 与常规定向进化的比较与常规定向进化的比较v 错误倾向性错误倾向性PCR(Error-prone PCR)v 外显子改组外显子改组(Exon shuffling)v 点饱和突变点饱和突变 (Saturation mutagenesis)v 体外随机引发重组体外随机引发重组(Random priming in vitro recombination)v 交错延伸交错延伸(Staggered extension process)v 区域化自我复制区域化自我复制(Compartmentalized self replication)v 体外随机定位诱变体外随机定位诱变 (Random
41、 site-directed mutagenesis)部分部分类似的类似的和和发展发展的的方法方法酶酶性质性质突变方法突变方法枯草杆菌蛋白酶枯草杆菌蛋白酶E有机相活性有机相活性/稳定性稳定性易错易错PCR-内酰胺酶内酰胺酶总活力总活力/底物专一性底物专一性DNA改组改组枯草杆菌蛋白酶枯草杆菌蛋白酶BPN稳定性稳定性盒式诱变盒式诱变对硝基苯酯酶对硝基苯酯酶底物专一性底物专一性/有机相活性有机相活性易错易错PCR/DNA改组改组胸腺嘧啶核苷激酶胸腺嘧啶核苷激酶底物专一性底物专一性盒式诱变盒式诱变-半乳糖苷酶半乳糖苷酶底物专一性底物专一性DNA改组改组绿色荧光蛋白绿色荧光蛋白荧光荧光DNA改组改组核
42、酶核酶底物专一性底物专一性易错易错PCR/DNA改组改组天冬氨酸酶天冬氨酸酶活性与稳定性活性与稳定性随机随机/定位诱变定位诱变药物和疫苗药物和疫苗活性活性/专一性专一性/最佳表达最佳表达DNA改组改组酶的体外定向进化应用实例酶的体外定向进化应用实例 改组的酶库较天然酶的一个优势在于前者可能含有后者经改组的酶库较天然酶的一个优势在于前者可能含有后者经天然选择压力所不能表现出来的一些特性天然选择压力所不能表现出来的一些特性(或特性的综合或特性的综合)。如对有着很高商业价值的如对有着很高商业价值的 Savinase 酶进行改组时，挑取了酶进行改组时，挑取了654个克隆研究如个克隆研究如pH、热稳定性
43、、溶剂稳定性等特征。发热稳定性、溶剂稳定性等特征。发现现12%的克隆在所有检测的特征中均有提高。的克隆在所有检测的特征中均有提高。值得一提的是，有的克隆表现出了原株没有的特点。同时值得一提的是，有的克隆表现出了原株没有的特点。同时发现，热稳定性最佳的的嵌合株与其他的相比，在序列上发现，热稳定性最佳的的嵌合株与其他的相比，在序列上并不比与起始的热稳定株更近。这提示根据酶的序列来选并不比与起始的热稳定株更近。这提示根据酶的序列来选择起始改组的材料时必须慎重。择起始改组的材料时必须慎重。v选择一个最接近人们需要的酶分子作为起点选择一个最接近人们需要的酶分子作为起点v建立有效且灵敏的选择方法建立有效且
44、灵敏的选择方法，确保检测出功能变化确保检测出功能变化关键点：关键点：与与DNA改组相同，全基因组改组是美国改组相同，全基因组改组是美国Maxygen 公司公司(DNA改组发明人改组发明人W.P.C.Stemmer为为CEO)开发开发的一种新的菌株育种技术。的一种新的菌株育种技术。全基因组改组全基因组改组(Whole Genome Shuffling)全基因组改组可以说是经典的原生质体融合基础上的全基因组改组可以说是经典的原生质体融合基础上的一个突破。与原生质体融合的重复操作一个突破。与原生质体融合的重复操作不不同，全基因同，全基因组改组是在第一轮诱变后，选取多个而非单个高活性组改组是在第一轮诱
45、变后，选取多个而非单个高活性的菌株进行原生质体融合。后面的几轮也如法炮制。的菌株进行原生质体融合。后面的几轮也如法炮制。这样这样,全基因组改组是有性的重复重组全基因组改组是有性的重复重组(Sexual recursive recombination),而非简单原生质体融合的无而非简单原生质体融合的无性重复突变性重复突变(Asexual recursive mutagenesis)。Asexual vs.sexual evolution全基因组改组与经典原生质体融合的比较全基因组改组与经典原生质体融合的比较:泰洛菌素产量提高泰洛菌素产量提高实验。研究发现一年、四轮、实验。研究发现一年、四轮、24
46、,000次全基因组改组就达到了次全基因组改组就达到了20年、年、106次经典的育种方法次经典的育种方法(化学突变和筛选化学突变和筛选)的效果。的效果。一个菌种选育的新纪元正在出现，一个菌种选育的新纪元正在出现，其中其中基因组学、基因组学、蛋蛋白质组学白质组学、代谢组学已经用来阐述基因和代谢旁路的代谢组学已经用来阐述基因和代谢旁路的相互作用。尽管传统的、经验的方法如随机诱变和选相互作用。尽管传统的、经验的方法如随机诱变和选择等仍然是非常有效的择等仍然是非常有效的(虽然它们很费时虽然它们很费时)，基因组学，基因组学可运用更加直接，理性的方法用来减少不必要、有害可运用更加直接，理性的方法用来减少不必
47、要、有害突变的引入。突变的引入。基因组在应用于发酵过程来获得高产率、为得到新的基因组在应用于发酵过程来获得高产率、为得到新的化合物而创造新的旁路、提高产生菌的细胞生长和发化合物而创造新的旁路、提高产生菌的细胞生长和发酵的能力等方面有着巨大的潜力。酵的能力等方面有着巨大的潜力。v经典诱变经典诱变 手段成熟，有许多成功的经验可以借鉴。手段成熟，有许多成功的经验可以借鉴。染色体的随机突变，筛选量大，效率低，可逆性强，染色体的随机突变，筛选量大，效率低，可逆性强，周期长，分子水平的机理不清周期长，分子水平的机理不清楚楚。v现代生物技术现代生物技术 基因水平的定向突变，目标明确，可设计，基因水平的定向突变，目标明确，可设计，机理清晰，筛选量少。机理清晰，筛选量少。仍处于发展时期。仍处于发展时期。经典诱变与理性菌种选育的比较经典诱变与理性菌种选育的比较
