1、打开打开ClustalX进行完全比对进行完全比对由于后面无法用由于后面无法用aln格式转化的格式转化的meg格式打开，格式打开，所以此改用所以此改用fasta格式保存并命名为格式保存并命名为cob2选择此项可打开比对过的文件选择此项可打开比对过的文件选择邻接法（选择邻接法（NJ法）构建系统发育树法）构建系统发育树设置设置Bootstrap值为值为100设置设置Gap处理为两两删除处理为两两删除设置模型为设置模型为Kimura-2-Parameter此为原始的树此为原始的树此为经过此为经过Bootstrap计算的计算的树树并选择左边图标并选择左边图标Place Root on Branch选择选
2、择NC 006081为外群为外群此为树根，即所有此为树根，即所有物种最近共同祖先物种最近共同祖先外群外群树上的数字代表自展支持率，支持率树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。对较近。选择最大简约法（选择最大简约法（MP法）构建系统发育树法）构建系统发育树设置设置Bootstrap值为值为100此为原始的树此为原始的树此为经过此为经过Bootstrap计算的树计算的树并选择左边图标并选择左边图标Place Root on Branch选择选择NC 006081作为
3、外群作为外群此为树根此为树根外群外群树上的数字代表自展支持率，支持率树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性越高，越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在进化上相图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。对较近。对比对比NJ法和法和MP法做出来的树，法做出来的树，NJ法的自展支持率相对较高，且法的自展支持率相对较高，且两树中个别序列的位置也不同。两树中个别序列的位置也不同。以同样的方法制作以同样的方法制作cox1序列的系统发育树序列的系统发育树结果如下结果如下此为此为NJ法的原始树法的原始树此为此为NJ法经过法经过Bootstrap计计算的树算的树并选择左边
4、图标并选择左边图标Place Root on Branch选择选择NC 006081作为外群作为外群此为树根此为树根外群外群树上的数字代表自展支持率，支持树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。进化上相对较近。此为此为MP法原始的树法原始的树此为此为MP法经过法经过Bootstrap计计算的树算的树并选择左边图标并选择左边图标Place Root on Branch选择外群选择外群此为树根此为树根外群外群树上的数字代表自展支持率，支持树上的数字代表自展支持率，支持率越高就代表属于这一支的可能性率越高就代表属于这一支的可能性越高，图上属于同一支的即代表在越高，图上属于同一支的即代表在进化上相对较近。进化上相对较近。
