1、第三章第三章 医学数据库检索医学数据库检索第一节 英文医学数据库检索 一、PubMed 二、英文期刊全文数据库第二节 中文医学数据库检索 一、中国生物医学文献数据库（CBM）二、中国知网（CNKI）三、万方数据知识服务平台及万方医学网 四、维普期刊资源整合服务平台PubMedo 一、概况o 二、基本检索途径与方法o 三、检索结果输出o 四、特色功能 PubMed是由美国国立医学图书馆（NLM）附属美国生物技术信息中心（NCBI）研制的数据库，是NCBI的Entrez检索系统中的数据库之一。1997年6月26日，前美国副总统戈尔宣布其为免费网站。其网址为：http:/www.ncbi.nlm.n
2、ih.gov/pubmed（http:/）。它具有收录范围广(医学及相关学科)、内容全(包括超过2000万文献记录)、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获取全文。一、概况一、概况1.特定短语检索：在短语上加双引号，PubMed将其作为特定的短语进行检索。例如:“pressure point”2.PubMed支持布尔逻辑运算（算符要大写），逻辑符的运行次序是从左至右，括号内的检索式可作为一个单元，优先运行。例如：检索有关药物治疗哮喘或枯草热的文献，其检索式：drug therapy AND(asthma OR hay fever)3.PubMed支持截词检索，截词符采用*
3、表示。例如：bacter*可检出以bacter为词干的单词bacteria,bacterium等，但仅限于600个相同词干的单词。一、概况一、概况检索规则检索规则一、概况一、概况 字段构成字段构成PubMed的字段限定格式:检索词检索词字段标识字段标识例如:aspirinti：题目中包含aspirin的文献hepatitisMesH：主题词是hepatitis的文献smith-abau：作者smith-ab的文献一、概况一、概况 字段构成字段构成第一节第一节 PubMedo 一、概况o 二、基本检索途径与方法o 三、检索结果输出o 四、特色功能二、基本检索途径与方法二、基本检索途径与方法o 1
4、.基本检索（Search）o 2.主题词检索（MeSH）o 3.期刊检索（Journal）o 4.特定文献查找（Citation Matcher）o 5.临床查询（Clinical Queries）点击此键点击此键执行检索执行检索检索框检索框1.基本检索基本检索主题主题o#1 cancero#2 liver cancero#3 “liver cancer”o#4 leukemia AND childo#5 liver cancer OR leukemiao#6 leukemia NOT childo#7 cancertio#8 reviewpt o#9 infection*1.基本检索基本检索
5、作者作者o#1 smith abo#2 smith abau 格式：姓格式：姓+名缩写，如要查找王智彪教授发表的文章，输名缩写，如要查找王智彪教授发表的文章，输入格式为：入格式为：wang zbwang zb，系统会自动在作者字段内进行检索。，系统会自动在作者字段内进行检索。o#1 cancersoo#2 cancerta1.基本检索基本检索期刊期刊 建议期刊检索使用期刊名称检索字段标识建议期刊检索使用期刊名称检索字段标识tata或者是或者是so,so,因为：因为：1.1.如果期刊名称正好是一个如果期刊名称正好是一个MeSHMeSH中的词，系统会将其作中的词，系统会将其作MeSHMeSH词进词
6、进行检索。行检索。2.2.如果期刊名称是一个单词，系统会在所有字段中进行检索。如果期刊名称是一个单词，系统会在所有字段中进行检索。例：查找近5年有关子宫内膜异位症的综述文献步骤1.在检索框内输入endometriosis，步骤2.在检索结果界面中左侧选择：在Article types中选择review，在Publication Date中选择5 years，二、基本检索途径与方法二、基本检索途径与方法o 1.基本检索（Search）o 2.主题词检索（MeSH）o 3.期刊检索（Journal）o 4.特定文献查找（Citation Matcher）o 5.临床查询（Clinical Quer
7、ies）2.主题词检索主题词检索-基本操作基本操作 使用该项功能可选择规范化的医学主题词（MeSH词）、副主题词、查看词义注释、浏览树状结构表等，可执行主题词检索，因而可以提高检索效率。点击Pubmed界面左边的Mesh Database，进入主题词检索界面。在Mesh Brower的检索框中，输入检索词，如果不是MeSH词，系统将提供同义或近义MeSH词给予选择，同时显示MeSH树。2.主题词检索主题词检索o 单主题词检索单主题词检索o 多主题词检索o 主题词/副主题词检索1.1.输入检索词输入检索词3.3.点按此处可获详细注解点按此处可获详细注解2.2.执行浏览执行浏览2.主题词检索主题词
8、检索o 单主题词检索o 多主题词检索多主题词检索o 主题词/副主题词检索2.主题词检索主题词检索o 单主题词检索o 多主题词检索o 主题词主题词/副主题词检索副主题词检索主题词注释主题词注释可选副可选副主题词主题词限定作为主要限定作为主要主题词检索主题词检索不进行下位词扩检不进行下位词扩检主题词树形主题词树形结构表结构表选取副主题词选取副主题词二、基本检索途径与方法二、基本检索途径与方法o 1.基本检索（Search）o 2.主题词检索（MeSH）o 3.期刊检索（Journal）o 4.特定文献查找（Citation Matcher）o 5.临床查询（Clinical Queries）3.期
9、刊检索期刊检索 供查询PubMed和Entrez其他数据库收录期刊的信息。刊名检索的检索词有：刊名全称、Medline刊名缩写、期刊的ISSN、NLM刊号、国际标准刊名缩写（ISO Abbreviation）和刊名中含有的词。该数据库的主要用途是进行刊名缩写和刊名全称转换的查询，还可以获得PubMed等收录的期刊一览（Entrez journals）以及PubMed收录全文电子期刊网站链接一览（the list of journals with links to full-text web sites）。关于AIDS的期刊期刊名期刊名该期刊提供商该期刊提供商3.期刊检索期刊检索 除此之外，还可
10、通过如下途径查询某一期刊上的文献：（1）直接在基本检索中直接输入：刊名so或刊名ta 例如：jamata （2）在单一引文匹配器中，期刊一栏输入刊名，若查某一卷某一期，则再输入卷和期的信息即可。例如：Journal:jama二、基本检索途径与方法二、基本检索途径与方法o 1.基本检索（Search）o 2.主题词检索（MeSH）o 3.期刊检索（Journal）o 4.特定文献查找（Citation Matcher）o 5.临床查询（Clinical Queries）4.特定文献查找特定文献查找 用残缺不全的题录信息为线索来查特定记录的工具。当投稿稿件的参考文献信息不完整时，可利用引文匹配器来
11、核对补充信息。引文匹配器分以下两种：单一文献查找（Single Citation Matcher）：查找 特定一篇文献；一批文献查找（Batch Citation Matcher）:查找一组特定的文献。virus genes|1992|6|393|p27423-1|yeast|1992|8|253|sasnausk|p24813-1|二、基本检索途径与方法二、基本检索途径与方法o 1.基本检索（Search）o 2.主题词检索（MeSH）o 3.期刊检索（Journal）o 4.引文匹配检索（Citation Matcher）o 5.临床查询（Clinical Queries）5.临床查询临床
12、查询 是一个专门为临床医生和临床试验工作者设计的检索服是一个专门为临床医生和临床试验工作者设计的检索服务，有以下三个方面的检索：务，有以下三个方面的检索：n 研究类别查询：治疗、诊断、病因及预后n 系统评价查询n 医学遗传学查询：诊断、临床描述、管理、基因、分子遗传学、基因测试等内容。研究类别查询研究类别查询系统评价查询系统评价查询医学遗传学查询医学遗传学查询保证查准保证查准保证查全保证查全 Clinical Queries还可以通过还可以通过broad和和narrow两个选项来调整检全率和检准率两个选项来调整检全率和检准率:Prognosis Therapy Diagnosis Etiolo
13、gy broad 99%/74%92%/73%82%/70%92%/73%（查全率（查全率/查准率）查准率）narrow 57%/97%55%/98%40%/98%49%/97%（查全率（查全率/查准率）查准率）选用选用broad或或narrow选项时的查准率和查全率选项时的查准率和查全率第一节第一节 PubMedo 一、概况o 二、基本检索途径与方法o 三、检索结果显示与输出o 四、特色功能三、检索结果的显示与输出三、检索结果的显示与输出o 1.结果显示o 2.结果输出o 3.相关链接1.结果显示结果显示o显示记录格式显示记录格式：PubMed检索结果的默认显示格式是Summary，即题录格
14、式，包括作者、标题、出处和PMID号。在Display下拉菜单中，还有多种显示格式可选择。常用的显示格式有：（1）Summary：包括著者、篇名、出处、语种（非英语时列出）、出版物类型（只有当是综述文献时列出）、PMID、记录状态等；（2）Brief：著者、篇名前30个字母、PMID；（3）Abstract：Summary格式中的所有字段加上摘要、著者单位和地址、人名主题；（4）Citation：Abstract格式中的所有字段加上MeSH、化学物质名称、基金号等字段；若要查看MeSH字段，首选Citation格式；（5）Medline：全字段显示，所有的字段都以字段标识符开头。若要将检索结果
15、输出到Reference Manager之类的文献管理软件中，应选用Medline格式。o每屏显示数量每屏显示数量：限定每屏显示的篇数，选项包括每屏5、10、20、50、100、200至500条。由于打印或存盘以每屏为单位进行，因此根据检索结果的数量，可选择适宜的每屏显示数值。o显示特定记录显示特定记录：PubMed设有不同选项，可显示特定的记录。点击Display按钮，可浏览所有的记录；点击题录前的方框，对所需文献进行标记，然后再点击“Display”，则显示标记的记录；点击某一感兴趣记录的著者名，仅显示该条记录。o排序排序：对当前显示的记录可按出版时间、第一作者、最后作者、期刊和标题进行排
16、序。没有文摘没有文摘有文摘有文摘有免费全文有免费全文2.结果输出结果输出o保存保存：检索结果显示页上的send to提供了多种保存方式。保存操作时，可先用鼠标对记录左边的复选框打标记，从Display下拉菜单中选择欲保存的记录格式，然后选用下列主要操作：（1）选Send to下拉菜单中的Text，点击Send to，屏幕按文本格式显示当前页面上的记录（或选定的记录），然后通过浏览器中的保存功能保存所见页面。（2）选File，点击Send to，直接将所有检出的记录（或选定的记录）按文本格式进行保存，最大保存记录数为1万条。（3）选Clipboard，点击Send to，将所有记录（或选定的记录
17、）添加到临时的粘贴板中。用Clipboard适用于将多个检索式查到的文献记录集中保存到一个文件中。（4）选E-mail，点击Send to，将检索结果发送到指定的电子信箱中。（5）选Order为原文订购，此项服务不对中国国内用户开放。o打印打印：（1）选Send to 中的Text，然后通过浏览器中的打印功能进行打印（文本格式）。（2）直接使用浏览器中的打印功能打印所见的页面（html格式）。（3）直接选Send to下拉菜单中的Printer进行检索显示检索结果的打印。3.相关链接相关链接o PubMed在详细记录格式（即Abstract、Citation和MEDLINE）每条记录间建立了相
18、关链接，该链接可链至相关的文献记录，可链至Entrez其他分子生物数据库中的相关信息，还可链至文献的全文。操作方法是点击记录右侧的“Related Articles”获得相关记录；点击“Links”可链接到Entrez系统的其他数据库中的相关信息。点击“Linkout”可获取该记录的外部链接：期刊出版商、期刊全文、生物学数据库、图书馆馆藏信息、大众健康信息和研究工具等。其中的Free Linkout Journals提供了一部分供免费使用的电子期刊全文链接。属于这部分期刊的记录上有全文链接图标。o获取全文是检索的最终目的。PubMed中提供免费期刊全文的至少有两种类型：PMC中的免费电子期刊和
19、网上免费电子期刊。在PubMed文摘格式的记录中有这些期刊的全文链接图标。oPubMed Central（PMC）是NCBI开发的免费电子期刊全文库，含有200多种生物医学和生命科学相关期刊。可以通过PubMed主页左下角的PubMed Central链接进入PMC界面，可检索其中的期刊全文。PMC提供的检索途径有：输词检索、刊名浏览检索和高级检索。也可以在PubMed主页上选Search下拉菜单中的PMC，然后直接输词检索。o另一种有期刊全文链接的记录属于网上免费电子期刊，例如Indian Pediatrics,Chinese Medical Journal,Heart,Chest等。其中的Heart和Chest都是延迟一年才免费的期刊，因此这两种期刊最新一年的记录中无全文链接图标。第一节第一节 PubMedo 一、概况o 二、基本检索途径与方法o 三、检索结果显示与输出o 四、特色功能PubMedo 一、概况（重点）一、概况（重点）o 二、基本检索途径与方法（重点）二、基本检索途径与方法（重点）o 三、检索结果显示与输出o 四、特色功能
