1、外文摘要信息获取,夏 旭 南方医科大学医学情报学教研室 电话：61648544 Email：xiaxu99,常用外文摘要数据库,PubMed（核心内容，MEDLINE网络版） EMBase （荷兰医学文摘EM） Engineering Village 2（工程索引EI） Web of Science（科学引文索引SCI） Scopus BIOSIS Preview（生物学文摘BP） SciFinder Scholar（化学文摘CA）,一、PubMed简介（了解） 二、认识PubMed文献（了解） 三、PubMed检索特点（掌握） 四、PubMed基本检索（重点） 五、PubMed高级检索（重点
2、） 六、特征栏检索（重点） 七、PubMed检索结果处理（重点） 八、PubMed主题词检索（掌握） 九、MyNCBI个性化服务（了解）,PubMed主要内容,一、PubMed简介（了解） 二、认识PubMed文献（了解） 三、PubMed检索特点（重点） 四、PubMed基本检索功能（重点） 五、PubMed高级检索功能介绍（掌握）,PubMed（1）,一、PubMed简介,PubMed概况,http:/www.pubmed.gov。 美国国立医学图书馆(NLM)下属国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information-NCBI)开
3、发的免费网上检索系统，检索MEDLINE、In process citation等数据库。 1997年6月26日开始向因特网用户提供免费MEDLINE检索服务。,收录80多个国家5400多种生物医学期刊的题录与文摘，是世界上最权威的生物医学数据库。 现有1809年以来的2500万篇文献记录。 每年增加100余万条文献记录。 90%的文献为英文；70%以上的文献有摘要； 截至2012年8月21日，PubMed收录127种中国期刊（我校学报被收录）合计21542篇论文 。,PubMed概况,PubMed的外部链接功能,提供NCBI开发的分子生物学数据库的链接，如Nucleotide、Protein
4、、Genome、OMIN、Structure、Taxonomy等。 提供美国国立医学图书馆多种资源的链接，如PubMed Central(PMC)全文。 提供相关文献（RELATED ARTICLES）的链接 提供其它外部资源的链接，如生物医学期刊网站全文链接、NCBI资源。 出版商提供的电子文献全文。,PubMed主页简介,PubMed主页界面分为三个区： 检索区 主要功能区 辅助功能区,辅助功能区,主要功能区,检索区,检索区,位于主页上方，通过点击数据库栏列表中PubMed旁边的下拉菜单，根据实际检索需要可以更改数据库（主要用来检索的数据库有：all database、PubMed、Pro
5、tein、Nucleotide、GSS、EST、Structure、Genome等），高级检索（Advanced ），点击Help可查看检索帮助，在检索式输入框中输入检索式，点击“Search”按钮，可执行检索操作。,外部链接,主要功能区,包括Using PubMed、PubMed Tools和More Resources三部分。,1）Using PubMed 主要介绍如何使用PubMed，分为PubMed Quick Start Guide、Full Text Articles、PubMed FAQs、PubMed Tutorials和New and Noteworthy共5个部分。 Pub
6、Med Quick Start Guide:如何快速使用PubMed。 Full Text Articles：介绍如何获得电子版全文； PubMed FAQs：介绍在使用PubMed时的一些常见问题。 PubMed Tutorials：详细介绍PubMed使用指南。 New and Noteworthy：PubMed未来更新告示。,2）PubMed Tools 包括PubMed Mobile、Single Citation Matcher、Batch Citation Matcher、Clinical Queries和Topic-Specific Queries五个部分， PubMed Mob
7、ile:是PubMed手机版。 Single Citation Matcher和Batch Citation Matcher: 为单一/批量引文匹配检索工具，是用不完整的文献信息为线索来查特定文献的工具。 Clinical Queries:可实现将检索范围限定为与临床相关的诊断、治疗、病因和预后四个方面。 Topic-Specific Queries:是指按某一特殊主题来检索文献。,3）More Resources 包括MeSH Database、Journals in NCBI Databases、Clinical Trials、E-Utilities和LinkOut五个部分。 MeSH D
8、atabase：是具有检索功能的MeSH词表。可实现主题词检索方式，即通过主题词组配副主题词来检索文献。 Journals in NCBI Databases：查询PubMed和Entrez其他数据库收录期刊的信息。 Clinical Trials：可浏览定期更新的有关政府和私人资助的临床研究项目信息。 E-Utilities：可实现自动化大批量的从Entrez数据库下载数据。并且提供了几种常用的程序语言以供选择，像Perl, Python, Java, 和 C+等。 LinkOut：是指外部资源链接。,辅助功能区,包括Getting Started、Resources、Popular、Fea
9、tured和NCBI Information五个部分。 Getting Started包括了NCBI的帮助指南、NCBI工具书和NCBI的检索练习及检索指南。 Resources列出了除PubMed之外的NCBI其他类数据库。 Popular列出了比较常用的一些数据库。 Featured列出NCBI的特色数据库。 NCBI Information包含了NCBI的相关信息及资源。,二、认识PubMed文献,作者AU,题名TI,来源SO,记录状态,PubMed记录类型（状态）,PubMed除了1966年以前的OldMedline，其余文献记录按处理过程分4种类型（或状态）,三、PubMed检索特点
10、,自动词语匹配 检索词可在系统中实现词语的自动匹配和转换。输入检索词后，系统依次在MeSH转换表、刊名转换表、作者转换表、作者索引等依次进行自动搜索对比。 当匹配到合适的结果后，即停止搜索。 如无合适结果，则将检索词分拆开进行单个词的组配检索，如sing cell会拆成 sing AND cell。,PubMed检索特点,PubMed检索特点,检索运算符AND、NOT、OR必须大写。 (vitamin c OR zinc) AND common cold 支持截词检索（*），但对词组无效。 如bacter*, 可以检出以bacter为词干的单词bacteria、bacterium等最多600个
11、单词。 截词检索时，系统的自动词语匹配功能和MeSH自动扩展功能将不再被执行，如：heart attack* 将不映射到 MeSH 词 Myocardial Infarction。,PubMed检索特点,强制检索：双引号“ ”或限定检索字段 “Medical disputes” Medical disputes 注意：所有的 “ “ 、*、 ( )、- 都必须是英文状态下输入。,四、PubMed基本检索功能,1. 关键词检索,在检索框中键入一个或多个单词，如键入： vitamin c AND common cold hepatitis b AND (diagnosis OR therapy)
12、检索词可出现于PubMed记录的标题、摘要等全部可检索字段。,作者AU,题名TI,来源SO,MEDLINE 收录文献,OLDMEDLINE 文献,举例,甲型病毒（H1N1）性流感（flu,influenza）/猪流感swine flu 检索词：H1N1;flu;influenza;swine flu 造血干细胞移植(hsct)治疗地中海贫血 检索词：hematopoietic stem cell transplantation；thalassemia,2. 字段限定检索,篇名字段检索 TI 作者字段检索 AU 机构字段检索 AD 刊名字段检索 TA SO,常用字段（检索时大小写都可以）,篇名检
13、索,在文章的标题中进行检索 字段标识TI 检索举例：篇名中检索亚健康的相关文献 检索词：subhealth，sub-health 构建检索表达式： subhealthti OR sub-healthti,查作者文章被收录。 西方人姓名书写格式：first name、 Middle Name、last name。 美国肯尼迪总统： John Frank Kenedy，Kenedy為 last name（姓） Frank為 middle name，比较少见，多看到 John F. Kenedy，中间名用缩写。 如果姓名中间有逗号，逗号前肯定是姓。 Kenedy， John F. Kenedy jf
14、,作者检索,中国人姓名格式：first name、last name Shi-zhen Zhong（ Shi zhen Zhong ） zhong sz Shizhen Zhong zhong s 当作者三个字以上的中国人时，注意这两种格式都要检索。即： Zhong szau OR zhong sau,“姓”+空格+“名首字母缩写” 例如键入phillips c，系统会自动在作者字段内进行检索。 如果想进行更精确的检索，可以用双引号将作者名引起来，再加au（作者字段标识符），如：“phillips c“au。,Phillips CD,Phillips C,检索举例,查找钟世镇院士发表的显微外科
15、学(microsurgery)论文 zhong szau AND microsurgery 检索姚开泰院士发表的鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)论文 yao ktau AND (nasopharyngeal carcinoma OR NPC),机构检索,查某一机构发表论文被收录情况 机构字段 AD 检索南方医院发表的SARS论文 南方医院：nanfang hospital; south hospital;southern hospital 表达式：SARS AND nanfang hospitalad,预检索,标准检索,思考题：如何查全南方医院发表的文献？,n
16、anfang hospitalad nan fang hospitalad southern hospitalad south hospitalad 还有其它的检索形式吗？ 有！错误的拼写形式 nangfang hospitalad nang fang hospitalad,输入期刊全名，如：molecular biology of the cellmol biol cell” Journal Name），系统自动转换； 键入期刊标准缩写形式如：mol biol cell，或期刊的ISSN（国际标准出版物代码）如：1059-1524进行检索； 如果期刊名恰好是MeSH词表中的词或一个单词，如：
17、Gene Therapy，Science，Cell等，加ta（杂志名称） 。,刊名检索,如果杂志全名中包括括弧或方括号，键入时应该予以取消，例如杂志名为：J Hand Surg Am，检索时应转成：J Hand Surg Am. 语种为中文的期刊直接用汉语拼音 南方医科大学学报：Nan Fang Yi Ke Da Xue Xue Bao（继承 Di Yi Jun Yi Da Xue Xue Bao）,2020年4月6日星期一,49,检索问题,检索南方医科大学学报（原第一军医大学学报有多少篇文献被收录，最早收录时间是哪一年？ 提示：中文刊名用拼音。,五、 PubMed高级检索,高级检索,高级检索
18、策略编辑器（advanced search builder） 检索策略编辑器(builder) 查看索引表(show Index list 特征栏) 检索史(Search History 特征栏),检索史,查看索引表,检索策略编辑器,高级检索策略编辑器,高级检索界面,检索策略编辑器（Builder）,Choose a field to search：选定检索字段 Enter search term(s)：输入检索词 Click the Show Index link to display a list of terms, if desired：点击索引链接查看索引表 Change the de
19、fault AND operator, if necessary. 改变字段/算符 Click the Add to Search Box button. 单击添加到检索框按钮 Repeat steps as necessary 视情况重复上述步骤 Click Search to run your query, or click Preview to see the result count of your query in the Search History section. 单击搜索运行查询；或点击预览在检索史区显示查询结果数量。,举例,小剂量阿斯匹林治疗高血压 Small dose;
20、aspirin;hypertension 方法：通过搜索器和索引表将检索词逐一导入 1、输入Small dose ，点击SHOW INDEX 2、在新界面选择索引表中的一个或多个索引词，加入到检索框。 3、 aspirin、hypertension同理。最后搜索。 4、可以改变默认字段和逻辑算符。 5、检索史直接显示于高级检索界面的检索史区,查看索引表,输入检索词,点选高频词,实习(1),篇名中包含SARS的论文（Severe acute respiratory syndrome，SARS） 阿司匹林（aspirin）临床应用于高血压（hypertension） Piotr J Durka发表
21、的英文综述，要求保存下来。 篇名中检索阅读疗法(bibliotherapy)论文 最早发表的转化医学translational medicine论文 基于电子病历(electronic record)的数据挖掘(data mining) 2000年以来侯凡凡教授发表的肾脏纤维化（renal fibrosis）论文,PubMed (2),六、特征栏检索(重点) 七、PubMed检索结果的处理(掌握) 八、PubMed主题词检索(掌握) 九、MyNCBI个性化服务(了解),六、特征栏检索,1. Limits(限定检索) 2. Show Index（查看索引） 3. History（检索史） 4.
22、Clipboard（剪贴板） 5. Details（检索策略细节） 用于查看检索词自动转换,1、 限定检索(limits),设置与选择检索条件，包括日期、文献类型、语种、子集（subsets）、年龄段、性别、文本选择（有无摘要/全文）等。 研究对象：人类或动物（Humans or Animals） 出版物类型包括：临床试验、评论、信件、Meta分析、实践指南、随机对照实验、综述。 全文链接（Full Text 或 Free Full Text）、有摘要（Abstracts）。,年龄选择,性别选择,出版时间,文本选择,文献类型,检索举例,姚开泰院士1985年以来发表的鼻咽癌（nasopharyn
23、geal cancer）论文 分析 姚开泰；1985年以来；nasopharyngeal cancer,主体检索,时间选择,时间选择,2、检索史（Search History）,各检索式可以进行逻辑组配，可以#n代替检索式。,3、查看索引,查看索引,4、剪贴板(clipboard),点击剪贴板,加入剪贴板,5、检索策略细节,检索策略细节,七、PubMed检索结果处理,（一）显示格式设置 (Display Settings) （二）文件保存（10000篇）(Send to File) （三）放进剪贴板 (Send to Clipboard) （四）发送电子邮件 (Send to E-mail)
24、（五）结果排序 (Display Settings - Sort by) （六）存为馆藏 (Send to Collections),（一）显示格式设置（Display Settings）,题录格式：作者、题名、出处,显示格式Summary格式（默认）,显示格式Abstract格式,显示格式MEDLINE格式,导入NoteExpress的必选格式,（二）文件保存,（三）放进剪贴板（Clipboard）,将每次选中的检索结果暂时保存至此； 最后集中处理（下载存盘或发E-mail）； 最多500条记录； 断开连接后仍可保存8小时。,选取记录，将记录发送到Clipboard,记录保存到Clipboa
25、rd后有提示信息,在Clipboard中查看保存的记录,在检索历史中显示Clipboard操作历史,（四）发送电子邮件,（五）结果排序 (Display Settings - Sort by),排序字段： 1、Recently Added（收录日期） 2、Pub Date（出版时间） 3、First Author（第一作者） 4、 Last Author （最后一名作者） 5、Journal（刊名） 6、Title（篇名）,（六）存为馆藏 (Send to Collections),八、PubMed主题词检索,MeSH (Medical Subject Headings),PubMed记录中的
26、医学主题词(MeSH)是由标引员为PubMed中的Medline文献所人工指定的词。 例：ascorbic acid是MeSH Terms，而vitamin c则不是。 标引员使用能恰当描述文章内容的最相关MeSH词。通常一篇文章可有多个MeSH词。,PubMed能自动地为输入的检索词寻找相应的MeSH词 用户利用一个MeSH词能找出所有有关该主题的文献 不同拼写：leukemia(s), leukaemia(s)leukemia 同义词：tumor(s), tumour(s), cancer(s),neoplasm(s) neoplasms,MeSH (Medical Subject Hea
27、dings),MeSH词独有特征,主要MeSH词(MAJOR TOPIC): MeSH term as main subject of the article (*) 次要MeSH词 扩展(EXPLODE)：chosen MeSH term and all more specific underlying MeSH terms 副主题词(SUBHEADINGS),SubHeadings 副主题词,对一个主题词的多个方面进行修饰限定的词，又称限定词。 目前有83个副主题词 并非每个主题词都能和83个副主题词组配。 与医学影像相关的副主题词主要包括： radiography(放射照相术)、radi
28、onuclide imaging (放射性核素成像)、ultrasonography(超声检查)、radiotherapy(放射疗法) 等。,主题词等级排列，检索时可以将包含其下位词的文献都检索出来。,一个主题词可以同时处在不同的类目下。,可选用的副主题词,举例,阿司匹林治疗高血压的论文 阿司匹林 / 治疗应用 Aspirin / therapeutic use 高血压 / 药物疗法 Hypertension / drug therapy,第一步：输入检索词,阿司匹林（aspirin ）治疗高血压(hypertension)的文献,第二步：确定主题词,第三步：确定副主题词,第四步：add to
29、 search builder,第五步：检索,第五步：检索,检索结束,第六步：输入检索词：hypertension, 重复以上一至五步。 然后利用高级检索，将两个检索式进行检索。 也可先不检索，在输入第2个主题词后先组配，再检索。,九、MyNCBI个性化服务,存储检索式，定期发送最新相关文献。 设定检索过滤器，检索结果个性化。 存储检索结果文献。,注册My NCBI账号,注意大小写,1. 存储检索式,2. 设定检索过滤器,查找可设定的过滤器,可自行定制过滤器,查看设定的过滤器,3. 存储检索结果文献,实习(2),肌肉疲劳（muscle fatigue）无创检测（noninvasive detection）综述 1950年以来麻疹爆发的英文综述（Measles；outbreak） 近30年来论述公立医院(public hospital)医疗纠纷(medical dispute)的相关文献 南方医院发表的SARS中文论文(Nanfang Hospital) 抗甲型流感病毒的疫苗Influenza A Virus，vaccine 限制性液体复苏在妊娠失血性休克中的应用 注册NCBI帐号，保存以上所有检索式。,
