1、 第一节第一节 概述概述 第二节第二节 主要研究内容主要研究内容 第三节第三节 研究实例研究实例1分子流行病学产生的背景分子流行病学产生的背景 疾病防治使流行病学遇到了一些新的挑战疾病防治使流行病学遇到了一些新的挑战 传染病防治传染病防治发现病原体耐药性和变异发现病原体耐药性和变异(流感疫苗流感疫苗)病原生物的多样性病原生物的多样性(H5N1)慢性非传染病慢性非传染病复杂性状疾病的病因学问题复杂性状疾病的病因学问题:基因基因-环境交互作用环境交互作用2分子生物学理论和技术的飞速发展分子生物学理论和技术的飞速发展1953-Discovery of DNA double helix(Crick&W
2、atson)1960s-DNA transcription mechanism1972-Recombinant DNA technology1985-PCR(Kary Mullis)1990s-Human Genome Project2000s-Human Haplotype Project 31990年启动，年启动，2003年发表完整的基因序列图年发表完整的基因序列图4 reference samples:4 world populationsNigeria30 sets of triosJapan 45 unrelated individuals China45 unrelated ind
3、ividuals U.S.30 sets of trios SNPs:computational candidates where both alleles were seen in multiple chromosomes genotypes:high-accuracy assays from various platforms;fast public data release hapmap.org5分子流行病学的发展历程分子流行病学的发展历程 国外：国外：1972年年-提出提出“流感分子流行病学流感分子流行病学”1993年年：美国美国Schulte出版了世界上第一本分子流行病学专出版了世界
4、上第一本分子流行病学专著著分子流行病学分子流行病学-原理和实践原理和实践(Molecular Epidemiology:Principles and Practice)。1996年国际流行病学学术会议：年国际流行病学学术会议：狭义分子流行病学是测量狭义分子流行病学是测量作为暴露或效应的生物标志作为暴露或效应的生物标志信息大分子：信息大分子：DNA、RNA和蛋白质。从和蛋白质。从广义上广义上包括任何实验的、生化的测量。包括任何实验的、生化的测量。6Numbers of Papers with Subject Words“Molecular Epidemiology”on Medline2008,
5、more than 2000 on PubMed!7 国内：国内：1985年开始年开始,将分子生物学研究中一些技术应用于流行病中将分子生物学研究中一些技术应用于流行病中疾病诊断以及追踪传染源的调查研究。疾病诊断以及追踪传染源的调查研究。1990年后年后在流行病学教材中正式列入分子流行病学一章。在流行病学教材中正式列入分子流行病学一章。从从1992 年第年第4 期起期起,中华流行病学杂志中华流行病学杂志连续连续7 期发表文期发表文章，介绍分子流行病学的产生、定义、研究内容、研究手章，介绍分子流行病学的产生、定义、研究内容、研究手段及其应用。段及其应用。8分子流行病学定义分子流行病学定义分子流行病
6、学是应用先进分子流行病学是应用先进的的实验技术实验技术测量测量生物学标生物学标志志，结合流行病学现场研，结合流行病学现场研究方法，从究方法，从分子水平分子水平阐明阐明疾病的疾病的病因病因及其相关的及其相关的致致病过程病过程，并提出与评价相，并提出与评价相应应防制措施防制措施的科学。的科学。(徐德忠，徐德忠，1998年年)分子流行病学是阐明疾病分子流行病学是阐明疾病和健康状态相关和健康状态相关生物标志生物标志（或分子事件）在（或分子事件）在人群人群和和生物群体中的生物群体中的分布及其影分布及其影响因素响因素，并研究防制疾病、，并研究防制疾病、促进健康的促进健康的策略与措施的策略与措施的科学科学。
7、(段广才，段广才，1999年年)9 分子流行病学是流行病学的一个分支分子流行病学是流行病学的一个分支(分子生物学？群体分子生物学？群体遗传学？遗传学？)分子流行病学的主要研究内容是各种生物标志物及相关过分子流行病学的主要研究内容是各种生物标志物及相关过程程分子流行病学的研究方法是随着分子生物学的进展不断更分子流行病学的研究方法是随着分子生物学的进展不断更新的新的几个要点：几个要点：10 特点：特点：与传统流行病学不同与传统流行病学不同 与分子生物学不同与分子生物学不同 与群体遗传学不同与群体遗传学不同 宏观与微观相结合的人群研究！宏观与微观相结合的人群研究！11传统流行病学传统流行病学暴露暴露
8、疾病疾病？前瞻性研究前瞻性研究回顾性研究回顾性研究分子流行病学分子流行病学传统流行病学与分子流行病学的关系（传统流行病学与分子流行病学的关系（EDC模型）模型）（Schulte,1993）暴露暴露疾病疾病12 研究内容研究内容生物标志探讨生物标志探讨 暴露测量暴露测量(E,ID,BED)效应测量效应测量(EBE,ASF,CD,PS)易感性测量易感性测量(DNA,RNA,Protein,Phenotype)13生物标志的概念生物标志的概念 生物标志生物标志(biological markers,biomarkers)是指能代表生是指能代表生物结构和功能的物结构和功能的可识别物质可识别物质(Phe
9、notype,可测量可测量)。分子生物标志物分子生物标志物(molecular biomarkers)直接反映外来理直接反映外来理化因素与细胞靶分子化因素与细胞靶分子,特别是生物大分子如核酸和蛋白质特别是生物大分子如核酸和蛋白质的相互作用及其后果的相互作用及其后果,是生物标志的主要部分。是生物标志的主要部分。生物标志生物标志14生物标志物的种类生物标志物的种类 暴露标志（暴露标志（exposure marker,ME）与疾病或健康状态有与疾病或健康状态有关的暴露因素的生物标志，称为暴露标志。关的暴露因素的生物标志，称为暴露标志。外暴露标志外暴露标志:暴露因素进入机体之前的标志和剂量，如暴露因素
10、进入机体之前的标志和剂量，如病毒、细菌、吸烟烟雾等。病毒、细菌、吸烟烟雾等。内暴露标志：内暴露标志：暴露因素进入机体之后的标志。暴露因素进入机体之后的标志。15 1.体内剂量标志（体内剂量标志（ID）：）：外源性物质于暴露后在外源性物质于暴露后在体内可测量到的剂量标志，表示被人体吸收的体内可测量到的剂量标志，表示被人体吸收的外源性物质（性质未改变的或其代谢产物）的外源性物质（性质未改变的或其代谢产物）的数量。数量。吸烟吸烟-血或尿中的烟草代谢产物可的宁浓度血或尿中的烟草代谢产物可的宁浓度多环芳烃多环芳烃-尿中的尿中的1-羟基芘水平羟基芘水平饮食暴露饮食暴露-黄曲霉毒素黄曲霉毒素B1(AFB1)
11、和尿中和尿中N-亚硝基化合物亚硝基化合物的浓度的浓度工作暴露和环境污染工作暴露和环境污染-血清或脂肪组织中的杀虫剂血清或脂肪组织中的杀虫剂DDT、多氯联苯多氯联苯PCBs、二氧杂芑环氧化物含量、二氧杂芑环氧化物含量 16 2.生物有效剂量标志（生物有效剂量标志（BED）：）：表示已与靶组织表示已与靶组织细胞内细胞内 DNA或蛋白质相互作用的外源性物质或或蛋白质相互作用的外源性物质或其反应产物的含量。它是反映靶细胞分子内接触其反应产物的含量。它是反映靶细胞分子内接触剂量的生物标志物剂量的生物标志物,主要包括主要包括蛋白质加合物蛋白质加合物(Protein adduct)、DNA 加合物加合物(D
12、NA adduct)。17生物有效剂量标志生物有效剂量标志DNA加合物加合物 苯并（苯并（a）芘）芘 白细胞白细胞生物学标志生物学标志环境暴露物质环境暴露物质生物材料生物材料蛋白质加合物蛋白质加合物（血红蛋白）（血红蛋白）环氧乙烯环氧乙烯红细胞红细胞18 效应标志（效应标志（effect marker,MEF）机体暴露后产生功能性或结构性的生机体暴露后产生功能性或结构性的生物标志，称为效应标志。物标志，称为效应标志。生物学反应标志（生物学反应标志（BR）:反映了由于结合到靶细胞的外源性物质的持反映了由于结合到靶细胞的外源性物质的持续作用，进一步引起细胞与组织的生物学或生化学的变化。这些变化续作
13、用，进一步引起细胞与组织的生物学或生化学的变化。这些变化主要发生在细胞特定部位，尤其在基因的某些特定序列；这些变化可主要发生在细胞特定部位，尤其在基因的某些特定序列；这些变化可引起机体某些引起机体某些不可逆转不可逆转的生物学效应。的生物学效应。疾病标志（疾病标志（MD）健康状态标志（健康状态标志（MH）19生物学反应标志生物学反应标志生物学标志生物学标志染色体染色体畸变畸变姊妹染色体单体交换姊妹染色体单体交换微核（微核（micronuci）癌基因激活癌基因激活原嘌呤比例升高原嘌呤比例升高乙酰胆碱脂酶降低乙酰胆碱脂酶降低环境暴露物质环境暴露物质诱变化学物诱变化学物苯并（苯并（a）芘）芘苯并（苯并
14、（a）芘）芘苯并（苯并（a）芘）芘苯并（苯并（a）芘）芘铅铅有机磷杀虫剂有机磷杀虫剂生物材料生物材料白细胞白细胞白细胞白细胞白细胞白细胞组织组织红细胞红细胞血浆血浆20亚临床（早期）疾病的生物学标志亚临床（早期）疾病的生物学标志 血清甲胎蛋白血清甲胎蛋白肝癌、肠道疾病、胎儿神经管缺失肝癌、肠道疾病、胎儿神经管缺失癌胚抗原癌胚抗原胃肠道癌、其它胃肠道疾病胃肠道癌、其它胃肠道疾病肿瘤特异性抗原肿瘤特异性抗原 各种癌症各种癌症生物学标志生物学标志疾病疾病血清谷草转氨酶血清谷草转氨酶心肌梗塞心肌梗塞21 易感性标志（易感性标志（susceptibility markers,MS）个体对疾病发个体对疾病
15、发生、发展易感程度的生物标志。生、发展易感程度的生物标志。易感性主要与宿主的遗传特征易感性主要与宿主的遗传特征,以及生长发育、营养、免以及生长发育、营养、免疫、机体活动状态等有关。疫、机体活动状态等有关。不同疾病的不同阶段，都有不同疾病的不同阶段，都有可能具有不同的易感性标志。可能具有不同的易感性标志。易感性影响着其它生物学标志在机体内的水平易感性影响着其它生物学标志在机体内的水平；不同；不同个体的易感性不同，与之相关的其它生物学标志的水平个体的易感性不同，与之相关的其它生物学标志的水平也可以不同。也可以不同。22突变剂敏感性分析突变剂敏感性分析23易感性基因标志物：易感性基因标志物：1.人类
16、基因组多态性人类基因组多态性(SNPs,CNVs)2.基因组表遗传修饰基因组表遗传修饰(甲基化，乙酰化甲基化，乙酰化)2425 SNP是指在人群中出现的频率是指在人群中出现的频率 1%的先天突变。的先天突变。SNP存在于整个人存在于整个人类基因组中，可能每类基因组中，可能每100300bp就存在一个就存在一个SNP，估计总数在数百万个，估计总数在数百万个 人类基因组计划研究结果表明，不同个体的基因人类基因组计划研究结果表明，不同个体的基因99.9%是一样的，是一样的，但在序列上有极小但在序列上有极小(0.1%)的遗传差异，其中主要是的遗传差异，其中主要是 SNP。研究表明，正是这研究表明，正是
17、这0.1%的差异授予你我他特有的表型；这个小小的的差异授予你我他特有的表型；这个小小的差异还与个体对疾病差异还与个体对疾病(包括肿瘤包括肿瘤)的易感性、对药物的反应性差别有密的易感性、对药物的反应性差别有密切关系。切关系。单核苷酸多态单核苷酸多态(Single nucleotide polymorphism,SNP)26SNP1(locus 1)SNP2(locus 2)GATC 基因型基因型 G/T A/CGATCModified from Yang bioinfoamss.org/seminars/ppt/hap-pool.ppt.27Haplotype Blocks 单倍型区段单倍型区段
18、人类基因组是由呈现高度人类基因组是由呈现高度连锁不平衡连锁不平衡(LD)的快状区的快状区段排列构成的段排列构成的这些区段是由小的低这些区段是由小的低LD的的重组热点区域分隔的重组热点区域分隔的一个单倍型区段可以由一一个单倍型区段可以由一些常见的单倍型的组合来些常见的单倍型的组合来代表代表ChromosomesSNPSHaplotype BlockPatil,Science,200128分子流行病学的应用分子流行病学的应用1、疾病病因的探讨、疾病病因的探讨 遗传因素起重要作用的疾病往往与遗传因素起重要作用的疾病往往与基因基因有关，这不言而喻；而很有关，这不言而喻；而很多与多与环境环境因素有关的疾
19、病，也常常需从基因方面去研究，因为环境因素有关的疾病，也常常需从基因方面去研究，因为环境因素可以通过宿主的基因突变或异常表达引起疾病。因素可以通过宿主的基因突变或异常表达引起疾病。慢性非传染性疾病慢性非传染性疾病 肝癌肝癌 黄曲霉毒素黄曲霉毒素（体内外检测）（体内外检测）传染病传染病 AIDS、SARS（分子分型）（分子分型）292、疾病分布规律以及危险因素致病机理的研究、疾病分布规律以及危险因素致病机理的研究 分子流行病学不仅研究环境与宿主体内的致病因子，分子流行病学不仅研究环境与宿主体内的致病因子，而且着重研究这些致病的危险因素，特别是化学物质与生物而且着重研究这些致病的危险因素，特别是化
20、学物质与生物活性物质从暴露开始至疾病发生活性物质从暴露开始至疾病发生全过程全过程的各个环节。的各个环节。慢性非传染性疾病慢性非传染性疾病鉴定各种恶性肿瘤的危险因素鉴定各种恶性肿瘤的危险因素,并并根据个体暴露与遗传等易感因素的相互作用根据个体暴露与遗传等易感因素的相互作用,确定危险度确定危险度,筛筛选对特定致癌因子敏感的个体和亚群。选对特定致癌因子敏感的个体和亚群。传染病传染病如确定风疹病毒（如确定风疹病毒（RV）和巨细胞病毒（）和巨细胞病毒（CMV）等在人群中母婴传播的危害程度有多大，诱发畸形或死产、等在人群中母婴传播的危害程度有多大，诱发畸形或死产、流产的危险度如何等。流产的危险度如何等。3
21、03、疾病易感性的测定、疾病易感性的测定 在相同的致病因素作用下，只有一部分人发生某种疾病。在相同的致病因素作用下，只有一部分人发生某种疾病。这是因为人群对致病因子的反应存在个体差异，只有一部分人这是因为人群对致病因子的反应存在个体差异，只有一部分人对其易感。对其易感。慢性非传染性疾病慢性非传染性疾病肿瘤的遗传易感性在暴露到疾病发生的肿瘤的遗传易感性在暴露到疾病发生的每一步都起作用，包括人群中较常见、低危险度的遗传多态性每一步都起作用，包括人群中较常见、低危险度的遗传多态性和高外显率、人群中罕见的抑癌基因突变。和高外显率、人群中罕见的抑癌基因突变。传染病传染病测定机体内是否存在某种特异性保护（
22、中和）抗体测定机体内是否存在某种特异性保护（中和）抗体的方法了解其对某种传染病是否具有易感性或免疫力的方法了解其对某种传染病是否具有易感性或免疫力 。314、防治效果评价、防治效果评价传染病预防传染病预防 提出的控制措施更有针对性，更有成效提出的控制措施更有针对性，更有成效 基因工程疫苗研制基因工程疫苗研制 非传染病的预防非传染病的预防 分子机理的探讨、易感标志物的确定，为筛选和确定高分子机理的探讨、易感标志物的确定，为筛选和确定高危险人群提供了科学依据，使慢性病的预防更具有针对性。危险人群提供了科学依据，使慢性病的预防更具有针对性。可以缩短效果评价周期可以缩短效果评价周期!32 研究方法研究
23、方法测量指标的一般原则测量指标的一般原则生物标志应特异、稳定；生物标志应特异、稳定；标本采集、储存方便；标本采集、储存方便；检测方法比较简单、实用，而且操作规范，便于检测方法比较简单、实用，而且操作规范，便于与同类研究结果比较。与同类研究结果比较。检测方法灵敏度和特异度高。检测方法灵敏度和特异度高。33常用的实验室检测技术常用的实验室检测技术核酸技术（核酸技术（DNA&RNA）核酸体外扩增核酸体外扩增（PCR）核酸电泳图谱核酸电泳图谱 核酸酶切电泳图谱核酸酶切电泳图谱 （RFLP）核酸分子杂交核酸分子杂交 有原位杂交、斑有原位杂交、斑点杂交、转印杂交（包括点杂交、转印杂交（包括Southern
24、 blot检测检测DNA和和Northern blot检测检测RNA）等。）等。核酸序列分析核酸序列分析蛋白质技术蛋白质技术 蛋白质分离鉴定技术主要有：电蛋白质分离鉴定技术主要有：电泳、凝胶电泳、蛋白质转印杂交泳、凝胶电泳、蛋白质转印杂交（Western blot）、色谱分析、蛋）、色谱分析、蛋白质测序等。白质测序等。酶学技术酶学技术 包括定性和定量检测，要求一定包括定性和定量检测，要求一定的条件。的条件。多位点酶电泳（多位点酶电泳（multilocus enzyme electrophoresis,MEE）法。）法。其它技术其它技术 免疫学技术：酶联免疫吸附试验免疫学技术：酶联免疫吸附试验（
25、ELISA）、荧光免疫试验）、荧光免疫试验（FIA）、放射免疫试验（）、放射免疫试验（RIA）、）、免疫细胞化学检测（免疫细胞化学检测（ICC）等；）等；色谱技术：高效液相色谱技术色谱技术：高效液相色谱技术HPLC）、液相蛋白色谱技术）、液相蛋白色谱技术（FPLC）等。）等。34Automated Liquid HandlerSpectroPREPTMNanoliter DispenserSpectroJETTMMALDI-TOF Mass SpectrometerSpectroREADERTMAutomated AnalysisSpectroTYPERTMMiniaturized Bioch
26、ipSpectroCHIPTM35Blood Sample Processing and Biomarker Assay Flow Chart36实验室中的质量控制实验室中的质量控制1一般实验质量控制一般实验质量控制 (1)(1)标本采集和储存标本采集和储存 (2)(2)试剂和材料试剂和材料 (3)(3)仪器仪器 (4)(4)实验方法实验方法 (5)(5)操作规范操作规范2设立多重对照设立多重对照 为保证检测质量，可以设立多种对照，而且可以采为保证检测质量，可以设立多种对照，而且可以采取取“盲法盲法”。(1)(1)标准对照标准对照 (2)(2)空白对照空白对照 (3)(3)重复对照重复对照3重
27、复试验重复试验 (1)(1)实验室内重复试验实验室内重复试验 (2)(2)实验室间重复试验实验室间重复试验37研究实例研究实例38年龄调整年龄调整肺癌发病率肺癌发病率 2002(10万万-1)Parkin et al.CA Cancer J Clin.200539中国烟草生产及销售情况中国烟草生产及销售情况资料来源资料来源:中国烟草发展报告中国烟草发展报告40Yang et al.JAMA 1999中国人群年龄和性别特异的吸烟率中国人群年龄和性别特异的吸烟率6.9%60.2%200135-74Gu et al.Am J Public Health 200410.6%41性别特异的非吸烟者性别特
28、异的非吸烟者“二手烟二手烟”暴露情况暴露情况2000-2001Gu et al.Am J Public Health.2004男性男性女性女性42肺癌肺癌暴露暴露非肺癌非肺癌遗传易感性遗传易感性?43Genetic Susceptibility44“Genetics loads gun,but Environments trigger.”45Category of SNPsuCoding SNPs(cSNPs):non-synonymous SNPs(nsSNPs)synonymous SNPs(sSNPs)uNon-coding SNPs(ncSNPs):regulatory SNPs(rS
29、NPs)Other intronic SNPs(iSNPs)rSNPs:located at 3UTR/5UTR,promoter region or exon-intron boundaryThe large number of other intronic SNPs!Only genetic marker?46Common genetic variants in miRNAs and flaking regionsHu Z,Chen J,Tian T,et al.JCI 2008PNAS 104(9):3300-3305,200747Hu Z,Chen J,Tian T,et al.JCI
30、 2008Common Pre-miRNA SNPs and miRNA secondary structure prediction using Mfold 3.2 48Genotype-phenotype correlationHu Z,Chen J,Tian T,et al.JCI 200849Predicted targets of mir-196a2 3p and Report gene assaysMiRNAs3pGenes LSP KIFPSMD10BAG3ALOX15Full name or Alternative titlesLymphocyte-specific prote
31、in 1Kinesin-like protein KIF26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 10BAG family molecular chaperone regulator 3Arachidonate 15-lipoxygenaseP value2.73E-032.89E-032.92E-033.14E-033.25E-03Hu Z,Chen J,Tian T,et al.JCI 200850Pre-miRNAs SNPs and NSCLC patients survivalGenotypemiR-146a rs2910164CCCG
32、GGmiR-149 rs2292832GGGTTTGG/GTTTmiR-196a2 rs11614913TTCTCCTT/CTCCmiR-499 rs3746444AAAGGGTest Set,TSPatients(n=556)982721866624724331324315226414041614041113114Deaths(n=223)3410287269510212110261996316063162556Validation Set,VSPatients(n=107)2452311053446344325223842380270Deaths(n=45)1323951723222311
33、2014311431140Log-rank Log-rank P P TS/VS/Merged TS/VS/Merged A A 0.229/0.377/0.5060.306/0.106/0.0600.129/0.055/0.0230.095/0.081/0.0160.032/0.033/0.0040.958/0.454/0.859Adjusted HR B(95%CI)C1.00 1.05(0.75-1.47)1.28(0.89-1.82)1.00 1.03(0.69-1.54)1.32(0.89-1.97)1.00 1.29(1.01-1.65)1.00 1.09(0.81-1.46)1.
34、86(1.32-2.62)1.00 1.76(1.34-2.33)1.00 1.11(0.84-1.46)1.24(0.55-2.83)Hu Z,Chen J,Tian T,et al.JCI 200851分子流行病学目前面临的问题和展望分子流行病学目前面临的问题和展望1、干扰或混杂因素的影响干扰或混杂因素的影响2、生物标志物的应用局限性、生物标志物的应用局限性3、疾病位点的低外显率问题和高阶交互作用、疾病位点的低外显率问题和高阶交互作用4、Epistatic 疾病位点疾病位点5、生物统计学方面的制肘、生物统计学方面的制肘 6、多中心合作和行业规范、多中心合作和行业规范52Traditional EpidemiologyOne tree at a time53“-Omic”EpidemiologyForests&Mountains54谢谢!55
